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Organização dos Genomas ORGANIZAÇÃO DO GENOMA NOS DIFERENTES ORGANISMOS Genoma = conjunto de genes e seqüências intergênicas de DNA de todos os cromossomos de uma célula Um genoma, seja ele de um procarioto ou de um eucarioto, possui sempre a mesma função básica, que é a de servir como um repositório replicativo da informação codificada pelo DNA que o constitui. Algumas Definições: De que forma o DNA está organizado na célula? Conjunto completo do DNA no organismo GENOMA Composto de longas moléculas de DNA DNA: componentes principais dos cromossomos cada cromossomo contêm uma molécula de DNA que transporta muitos genes Genes: regiões do DNA que podem ser transcritos em RNA GENOMA Procariontes: apenas um cromossomo Eucariontes: vários a muitos cromossomos maior parte crs. está no núcleo Vírus: contêm seus próprios conjuntos de genes Moléculas de DNA que não fazem parte de genomas de organismos PLASMÍDEOS: moléculas acessórias de DNA genes necessários para sua própria propagação A NATUREZA DOS GENES Principais regiões de um gene em eucariontes: GENE �precisa ser transcrito em RNA funcional � RNAm precisa ser produzido no momento e no lugar corretos no desenvolvimento de um organismo considerado FUNCIONALconsiderado FUNCIONAL • região reguladora • sinais de término de transcrição • íntrons • exons Estrutura do gene em procariontes e eucariontes Estrutura do gene em eucariontes UTR Região não traduzida 5’ UTR Região não traduzida 3’ Processamento DNA Eucariotos Processamento DNA Eucariotos Definição de genes quanto a atividade Distribuição no número de éxons nos genes de três organismos P o r c e n t a g e m d e g e n e s Número de éxons Tamanho dos genes em diferentes organismos Relação entre o tamanho do gene e o tamanho do mRNA � DNA de função desconhecida � presente entre os genes � tamanho e natureza varia de acordo com o genoma menor freqüência: fungos grande freqüência: mamíferos Regiões intergênicas � eucariontes: parte deste DNA é repetitivo: dispersos ou in tandem encontrado também em íntrons extensão difere em diferentes espécies função desconhecida - hipóteses Organização genômica em diferentes espécies Regiões intergênicas branco: regiões intergênicas A NATUREZA DOS GENOMAS Todos organismos: genoma: DNA e genes ���� Qual o tamanho dos genomas? ���� Quantos genes contêm e como eles variam entre as espécies? ���� Quantos cromossomos contêm e de que maneira os genes estão agrupados nos cromossomos? TAMANHO DO GENOMA Quantidade de DNA nos genomas de vários organismos Quilobases (kb): unidades de milhares de pares de nucleotídeos Megabases (mb): unidades de milhões de pares de nucleotídeos Tamanho do genoma aumenta de procariotos a eucariotos Porque os genomas eucariotos são tão grandes??? • Não há relação clara entre o tamanho do genoma e a complexidade genética. • No entanto, entre os diferentes filos há a necessidade de um aumento mínimo do genoma, o que pode ser refletido em um aumento da complexidade anatômica e fisiológica. TAMANHO DO GENOMA GENOMAS DE PLASMÍDEOS Plasmídeos: � pequenos elementos de DNA contidos nas células bacterianas que não são essenciais a operação básica das bactérias � moléculas simbióticas que não podem sobreviver fora das células � alguns bem complexos com muitos genes � genes úteis ao hospedeiro bacteriano resistência a antibióticos, produção toxinas � em sua maioria são circulares, contudo há lineares � carregam informação genética adicional � produz cópias que passam para céls filhas na divisão celular � replicação e manutenção: dependem da maquinaria celular codificada pelo genoma hospedeiro � também encontrados ocasional/e em células de fungos e plantas � plasmídeos eucarióticos: não conferem benefícios a seus hospedeiros Plasmídeos: GENOMAS DE PLASMÍDEOS DNA de uma célula de E. coli lisada (setas indicam plasmídeos) Origem de replicação GENOMAS DE PLASMÍDEOS GENOMAS DE ORGANELAS maior parte genoma eucariótico núcleo mitocôncrias e cloroplastos genoma específico múltiplas cópias idênticas de seus cromossomos crs: moléculas DNA bifilamentares cada célula contém inúmeras dessas organelas no cópias desses cromossomos por célula é alto ���� circulares ���� muitos possuem íntrons Cromossomos organelares: � genes específicos para as funções da organela genes no genoma nuclear maioria funções biológicas dentro da organela Genoma mitocôndrias: � maioria dos organismos não podem sobreviver sem eles � alguns organismos podem ser eliminados: leveduras Cloroplastos: � podem ser eliminados somente nos organismos fotossintéticos que podem atuar como heterotrófico (captam nutrientes do ambiente) GENOMAS DE ORGANELAS GENOMAS VIRAIS Vírus � partícula sem vida � composição: revestimento protéico e centro (contêm seu genoma) � reprodução: infecção célula viva genoma viral entra na célula gera partículas prole viral � genoma variado: compostos DNA uni ou bifilamentar um único cromossomo retrovírus: possuem RNA uni ou bifilamentar(HIV) moléculas lineares ou circulares DNA ou RNA não possui introns: maioria Diversidade nos tipos de moléculas dos genomas virais várias estratégias compactação genoma viral evolução diversa dos vírus genoma viral dentro célula convertido em molécula DNA bifilamentar incorporada em cromossomo hospedeiro molécula distinta GENOMAS VIRAIS Micrografias eletrônicas de alguns genomas pequenos Fago T2 Plasmídeo E. coli DNA mitocondrial seres humanos GENOMAS DE PROCARIONTES � genoma: contido dentro de um único cromossomo � dupla hélice DNA única, fechada e circular (nucleoíde) - maioria � genoma compacto: pouco ou nenhum espaço intergênico � introns raros � poucas ou nenhuma seqüência repetitiva � óperon: vários genes relacionados transcritos como uma molécula de mRNA � genoma bactéria: genoma aprox. 20X maior que o de vírus � DNA organizado em bloco (ME) NUCLEÓIDE proteínas associadas ao DNA: compactar genoma DNA corado fluoresce quando exposto a luz UV. Algumas células tem o DNA duplicado, mas a célula não sofreu divisão celular, por isso aparece múltiplos nucleóides GENOMAS DE PROCARIONTES GENOMAS DE PROCARIONTES Micrografia eletrônica do genoma da bactéria E.coli liberado da célula por choque osmótico Célula procariota (bactérias) GENOMAS DE PROCARIONTES →→→→ O cromossomo contém somente uma cópia dos genes. Poucos genes como os rRNA estão repetidos várias vezes no genoma. NÚMERO DE GENES EM BACTÉRIAS O tamanho do genoma é proporcional ao número de genes. Haemophilus influenzae Mycoplasma genitalium GENOMAS DE PROCARIONTES Mapa genético Xylella fastidiosa GENOMAS DE PROCARIONTES PEQUENOS GENOMAS PLASMÍDEOS, ORGANELAS, VÍRUS E GENOMAS PROCARIÓTICOS � pouco espaço intergênico � genes agregados � não possuem grandes qtdades proteínas GENOMAS EUCARIÓTICOS (ANIMAIS E PLANTAS) � grandes trechos DNA entre os genes GENOMAS DE EUCARIONTES A molécula do DNA está organizada em estruturas chamadas CROMOSSOMOS Cromossomos de um núcleo eucariótico � tamanhos dos genomas muito diferentes (não se relacionam com o número de genes) � muitas seqüências repetitivas não codificantes � genes com muitos introns Eucariontes: Relação entre o no de genes e o tamanho do genoma � não há relação entre a quantidadede DNA e o número de genes presentes no organismo GENOMAS DE EUCARIONTES Células Eucarióticas célula animal célula vegetal GENOMAS DE EUCARIONTES maioria espécies eucarióticas DIPLÓIDE HAPLÓIDE apenas um grupo de cromossomos por núcleo fungos e algas GENOMAS DE EUCARIONTES HAPLÓIDE: n (1xn) DIPLÓIDE: 2n ( 2xn) n: designa no cromossomos em genoma nuclear no haplóide de cromossomos 3n, 4n, 5n ,6n (poliplóides) plantas no conjuntos de cromossomos: ploidia ou nível de ploidia Membros de um par cromossômico: CROMOSSOMOS HOMÓLOGOS � parecidos em tamanho e contéudo gênico � transportam mesmo genes nas mesmas posições relativas Gene A Gene B Gene C Gene D Gene A Gene B Gene C Gene D DIPLÓIDE: dois grupos de cromossomos dois cromossomos de cada tipo GENOMAS DE EUCARIONTES � um ou dois grupos de cromossomos lineares nucleares � múltiplas cópias de um cromossomo mitocondrial circular � múltiplas cópias de um cromossomo de cloroplasto circular (apenas plantas) � múltiplas cópias de plasmídeos (alguns fungos e plantas) GENOMAS DE EUCARIONTES Células eucariótica contêm... →→→→ Cada cromossomo possui um número característico de genes e a quantidade de DNA no genoma chega a ser 4 a 100 vezes maior que a quantidade presente em E. coli. célula vegetal DNA nuclear + DNA cloroplastidial + DNA mitocondrial DNA nuclear + DNA mitocondrial célula animal GENOMAS DE EUCARIONTES GENOMAS DE EUCARIONTES Cromossomos diferentes: contêm diferentes grupos de genes Demonstrado examinando-se indivíduos anormais que contêm um cromossomo extra produz aparência anormal característica para aquele cromossomo cada cromossomo é diferente Confirmação: � variação cromossomos sob microscópio � mapeamento � sequenciamento Frutas da planta Datura, cada uma possuindo um cromossomo extra diferente. Suas aparências características sugerem que cada cromossomo é diferente Representação do tamanho e organização genética dos vários tipos de genomas DIFERENTES ORGANISMOS, DIFERENTES QUESTÕES: • Eucariontes � Genomas grandes e complexos (introns, transposons, alelos, etc.) � Características gerais do organismos � Aumento do conhecimento básico • Bactérias � Genomas médios e de baixa complexidade (ORFs, operons) � Fácil dedução de vias metabólicas � Maior aplicabilidade: • Busca de genes ligados a patogenicidade • Busca de proteínas imunogênicas • Vírus � Genomas muito pequenos e simples (poucos genes compactos) � Fácil resolução da maquinaria completa � Busca de variabilidade: deleções, SNPs, diagnóstico, etc.
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