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Modificação da informação genética (II) Principais mecanismos que geram variabilidade genética nas bactérias e contribuem para o processo de evolução: . Mutação . Transposição . Transferência de genes ( veiculada por plasmídeos ou bacteriófagos) . Recombinações entre regiões das moléculas do DNA Como surgem as mutações ? • Espontâneas – na ausência de qualquer agente mutagénico – aleatórias; podem resultar de erros durante a replicação do DNA – Baixa frequência: ~ 10-8 por par de nucleótidos e por geração • Induzidas – Desenvolvem-se após exposição a um agente mutagénico, que aumenta a frequência de mutação. Mutação- qualquer alteração permanente de uma sequência de bases do DNA, mesmo que não tenha efeito detectável no fenótipo. Pode levar ao estabelecimento de uma subpopulação. Teste de Ames – usado para despistar a potencial acção mutagénica de compostos químicos (por exemplo, compostos aditivos de alimentos ou cosméticos, pesticidas, etc.); recorre a mutantes auxotóficos de bactérias (ex. Mutante His- de Salmolella sp.). Neste teste, é analisada a frequência de reversão das células de mutante auxotrófico a prototróficas por acção do composto a testar. (In Prescott, Harley & Klein, Microbiology, McGrawHill, 6th ed) Teste de Ames- detecção de compostos mutagénicos Placa controlo (colónias de revertentes espontâneos) Placa onde foi introduzido o possível agente mutagénico – maior nº de colónias prototróficas em relação à histidina do que na placa controlo Estirpe ou clone- uma população de células geneticamente idênticas Gene- um fragmento de DNA em que a sequência de bases, após transcrição e tradução, origina uma proteína com uma sequência de aminoácidos bem definida Genoma- conjunto de todos os genes de um organismo. Genótipo- conjunto de genes específico que um organismo possui. (Ex. his, his-) - gene hisC (codifica para proteína HisC); hisC- Fenótipo- propriedade observável. A expressão fenotípica é profundamente influenciada por factores ambientais. Ex. Estirpe His+ versus estirpe His- →→→→ Mutação espontânea Tautomerismo de bases- resulta de erros na replicação do DNA devido à incorporação de nucleótidos contendo for- mas tautoméricas raras das bases. Os níveis de mutação espontânea são controlados pela actividade de polimerases 5´-3´ e exonucleases 3´-5´ (reconhecimento e reparação de erros durante a replicação do DNA) (In Prescott, Harley & Klein, Microbiology, McGrawHill, 6th ed) Mutação espontânea por transição (In Prescott, Harley & Klein, Microbiology, McGrawHill, 6th ed) Neste tipo de mutação uma purina é substituída por outra purina diferente (ou uma pirimidina por outra pirimidina diferente) ex: G A C T Neste tipo de mutação uma purina é substituída por outra purina diferente (ou uma pirimidina por outra pirimidina diferente) ex: G A C T Outras causas de mutações espontâneas: - radicais de oxigénio (p.ex. Guanina →→→→ 8-Hidroxiguanina) Mutação pontual Adição e eliminação de bases (In Prescott, Harley & Klein, Microbiology, McGrawHill, 6th ed) Seta azul – indica a direcção da replicação Hipotéticamente, pode ocorrer um escorregamento numa das cadeias (cadeia em formação ou parental) que leva à formação de um “laço” estabilizado por ligações de –H- A continuação da replicação de DNA leva à adição ou remoção de nucleotídeo(s), respectivamente. Adição de 1 T Eliminação de 2 Ts Transposição - requer a enzima transposase e extremidades contendo sequências de repetição invertida (IR); recombinação não-homóloga - em células do tipo procariótico e do tipo procariótico - sequências de inserção são transposões simples Transposões complexos – podem transportar genes diversos (p.ex. Genes que conferem resistência a antibióticos ou a metais pesados, genes que codificam para toxinas, etc) (~750 – 1600 bp) Tn-5 Tn-10 Canamicina (resistência) Tetraciclina (resistência) Tn-1681 →→→→ Heat-stable enterotoxin formation (virulência) A mutação pode ocorrer por inserção de uma sequência de inserção ou de um transposão complexo dentro da sequência codificante de um gene ou na sua região reguladora. Consequências possíveis: - paragem prematura da tradução por introdução de um codão „stop“; - interrupção da sequência codificadora de um gene; - activação da transcrição de um gene (o transposão pode transportar uma região reguladora); - transferência de genes para plasmídeos, ou de plasmídeos para o cromossoma; (P.ex. Os transposões complexos que transportam genes de resistência a antibióticos podem contribui para a criação de plasmídeos R e para a disseminação deste fenómeno entre bactérias) Efeito das mutações ao nível das proteínas Mutação "missense" Molécula de DNA normal ⇒⇒⇒⇒ Proteína normal Mutação pontual num codão pode levar à substituição de um aminoácido por outro, resultando numa proteína diferente (p.ex. inactiva) Mutação "nonsense“ (sem sentido) Origina o aparecimento de um codão STOP, tendo como consequência a produção de uma proteína truncada, sem actividade Mutação "frameshift„ (mutação desfasada) A adição ou eliminação de pares de bases não múltiplos de 3, leva à alteração da gre- lha de leitura aberta do segmento de DNA que codifica para uma proteína Expressão das mutações A detecção de mutantes numa população microbiana só é posível se as alterações ocorridas no património genético do microrganismo causar uma alteração de fenótipo ���� "Forward mutation„ (mutação directa) ���� "Reverse mutation" (mutação inversa) AAA (K, Lys) GAA (E, Glu) AAA (K, Lys) selvagem mutante selvagem Forward Reverse UCC (S, Ser) UGC (C, Cys) AGC (S, Ser) selvagem mutante selvagem Forward Reverse Gene →→→→ gene mutado →→→→ proteína modificada selvagem „Forward“ Estirpe selvagem →→→→ Mutante Contudo, a seguir a uma primeira mutação directa, podem seguir-se mutações (mutação inversa ou mutação supressão) que restabelecem o genótipo selvagem ou um genótipo equivalente ao que existia antes da 1ª mutação ⇒⇒⇒⇒ restabelecimento do fenótipo original ���� "Suppressor mutation" (mutação supressão) As mutações de supressão (alteração compensatória) podem restabelecer o fenótipo original. Podem ser intragénicas ou extragénicas K S P S L R A AAG AGU CCA UCA CUU AAU GCC (-A) (+G) AAG GUC CAU CAC UUA AUG GCC K V H H L M A Selvagem Mutante duplo Ex. mutação supressão intragénica Mutação silenciosa Devido à degenerescência do código genético, nem todas as mutações são expressas fenotipicamente. Em muitos codões, a modificação na 3a base é uma mutação silenciosa. GCU GCC, GCA, GCG A A A A Mutação neutra Resulta na codificação de um aminoácido diferente, mas funcionalmente equivalente AAA AGA K R Lisina Arginina (aminoácidos com cadeias laterais iónicas) ���� Agentes mutagénicos ����Químicos ����Físicos Exemplo: Radiação UV Mutações induzidas ���� Preparação e selecção de mutantes Agentes mutagénicos - são agentes que aumentam a taxa de mutação (~ 1000 x) Taxa de mutação- é a probabilidade de haver uma mutação num gene quando a célula divide. A taxa de mutação espontânea num determinado gene é de 10- 8 (1 mutação em cada 108 genes que replicam) • Os agentes mutagénicos são frequentemente usados em laboratório para a produção de mutantespara investigação ou melhoramento de estirpes para fins biotecnológicos ⇒⇒⇒⇒ Selecção de mutantes • Para fins biotecnológicos, os mutantes obtidos por manipulação genética são mais difíceis de aceitar �Bioquímicos- levam a alterações metabólicas - Auxotróficos - Têm mutações em vias metabólicas - Necessitam de um produto de uma via metabólica no meio de cultura, porque não são capazes de o sintetizar - Prototróficos • Crescem em meio mínimo (sem suplementos adicionais) Exemplos • Auxotróficos para a síntese de aminoácidos, vitaminas, etc. - Placas réplica com meio de cultura completo e meio mínimo Tipo de mutantes Selecção Detecção e selecção de mutantes Mutantes nutricionais (auxotróficos Lys-) obtidos por réplica plating "Master plate " Meio de crescimento completo (contendo lisina) (os mutantes Lys- estão assinalados com um x) " Replica plate " Meio mínimo (sem lisina) Selecção indirecta (negativa)- „replica plating“ (In Prescott, Harley & Klein, Microbiology, McGrawHill, 6th ed) 1) Tratamento com agente mutagénico 2) Selecção de mutantes auxotróficos para a Lisina (Lys-) A selecção indirecta permite detectar Mutantes bioquímicos e mutantes condicionais Por exemplo, a técnica de replica plating é usada para identificar mutantes que perderam a capacidade de sintetizar um nutriente essencial (são auxotróficos em relação a esse nutriente) (In Prescott, Harley & Klein, Microbiology, McGrawHill, 6th ed) Mutantes nutricionais (auxotróficos Lys-) obtidos por réplica plating "Master plate " Meio de crescimento completo (contendo lisina) (os mutantes Lys- estão assinalados com um x) " Replica plate " Meio mínimo (sem lisina) �Bioquímicos- levam a alterações metabólicas - Auxotróficos - Têm mutações em vias metabólicas - Necessitam de um produto de uma via metabólica no meio de cultura, porque não são capazes de o sintetizar - Prototróficos • Crescem em meio mínimo (sem suplementos adicionais) Exemplos • Auxotróficos para a síntese de aminoácidos, vitaminas, etc. • Deficientes na capacidade de fermentar açúcares - Placas réplica com meio de cultura completo e meio mínimo - Meio contendo um indicador de pH Tipo de mutantes Selecção Detecção e selecção de mutantes Tipo de mutantes Selecção ����Morfológicos Análise da morfologia colonial (cor, mucosidade) Ex: mutantes pigmentados e despigmentados de Aspergillus nidulans ���� de Resistência (resistentes) Crescimento em meio de cultura que contém concentrações seleccionadas do agente de resistência (ex. toxina, antibiótico, etc.) Ex: Desenvolvimento de colónias resistentes a um antibiótico Selecção directa A selecção directa permite detectar mutantes morfológicos, mutantes de resistência e mutantes prototróficos (a partir de população de mutante auxotrófico) (In Prescott, Harley & Klein, Microbiology, McGrawHill, 6th ed) Teste de Ames – usado para despistar a potencial acção mutagénica de compostos químicos (por exemplo, compostos aditivos de alimentos ou cosméticos, pesticidas, etc.); recorre a mutantes auxotóficos de bactérias (ex. Mutante His- de Salmolella sp.). Neste teste, é analisada a frequência de reversão das células do mutante auxotrófico a prototróficas por acção do composto a testar. (In Prescott, Harley & Klein, Microbiology, McGrawHill, 6th ed) ���� Exemplos de agentes mutagénicos ����Químicos ����Físicos Exemplo: Radiação UV Incorporação de análogos de bases Nos análogos de bases existe maior frequência da forma enol rara Ex: 5-bromouracilo (In Prescott, Harley & Klein, Microbiology, McGrawHill, 6th ed) A molécula de 5-bromouracilo é incorporada no DNA em lugar de timina, mas muitas vezes emparelha com guanina. O crescimento de uma população de células na presença deste análogo origina uma descendência de células onde ocorreu substituição de bases (par A-T →→→→ par G-C). Agentes alquilantes Agentes: Hidroxilamina Metanossulfonato de etilo (EMS) Metanossulfonato de metilo (MMS) N-metil-N´-nitro-N-nitrosoguanidina Posições de alquilação: N7 e O6 da guanina N3 da adenina O4 da timina A alquilação de purinas (A, G) também torna mais lábil a sua ligação à desoxirribose ⇒⇒⇒⇒ depurinação do DNA (In Prescott, Harley & Klein, Microbiology, McGrawHill, 6th ed) ⇒⇒⇒⇒ Emparelhamento errado de bases Desaminação oxidativa das bases por acção de HNO2 A adenina é desaminada a hipoxantina a qual forma ligação com citosina em vez de timina A citosina é desaminada a uracilo, o qual liga a adenina em vez de guanina A guanina é desaminada a xantina, a qual continua a emparelhar com citosina, mas só por duas ligações de hidrogénio ⇒⇒⇒⇒ Ligação mais lábil (In Prescott, Harley & Klein, Microbiology, McGrawHill, 6th ed) Ácido nitroso como agente mutagénico A adenina desaminada emparelha com a citosina (In Prescott, Harley & Klein, Microbiology, McGrawHill, 6th ed) O ácido nitroso pode ser gerado na água a partir de NO2- (nitrito; poluente da água) Agentes que se intercalam entre as bases da cadeia dupla de DNA Estes agentes químicos intercalam-se entre as bases do DNA formando um "laço" numa das cadeias. Quando ocorre replicação, uma ou mais bases podem ser inseridas ou eliminadas. Estes agentes causam mutações do tipo "frameshift". Exemplos: -Brometo de etídeo -Acridina laranja -Proflavina Agentes mutagénicos físicos – Radiação UV Mutantes de interesse são seleccionados entre as células sobreviventes. Vantagem: é eficiente e evita o recurso a compostos químicos (que são tóxicos) Realizar selecção de mutantes na ausência de luz visível (mutação pode ser eficientemente reparada por acção fotoquímica)