lista de exercícios primers

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INSTITUTO FEDERAL DE EDUCAÇÃO, CIÊNCIA E TECNOLOGIA 
DO RIO DE JANEIRO - IFRJ 
UNIDADE MARACANÃ 
COORDENAÇÃO DE BIOTECNOLOGIA 
 
LISTA DE EXERCÍCIOS (PRIMERS) 
 
 
DEVIL é uma proteína hipotética que será o 
objeto do nosso problema. Abaixo, estão 
representadas as sequências da proteína (em 
animoácidos, figura 1) e do cDNA de 
expressão (em nucleotídeos, figura 3). 
 
 
DEVIL 
MGGVFTVNCPLGSTSSVSYAKYAPYSRQSRS
MARLALCPVHDLMGLSYLAVHLRISHRYYHG
DAVLAVHQWAWIAVSLTGISKSPPHSRQWEF
VLAPKSTGLSKMSSQLRPIDANGRSACTVGG
LYKQSWFSEPSDPLA* 
 
*=códon de parada (TGA) 
 
Figura 1. Sequência em aninoácidos da proteína 
DEVIL. 
 
Figura 2. Representação do código genético 
universal. 
 
 
 
 1 tagttattaa tagtaatcaa ttacggggtc attagttcat agcccatata tggagttccg 
 61 cgttacataa cttacggtaa atggcccgcc tggctgaccg cccaacgacc cccgcccatt 
 121 gacgtcaata atgacgtatg ttcccatagt aacgccaata gggactttcc attgacgtca 
 181 ATGggtggag tatttacggT AAactgccca cttggcagta catcaagtgt atcatatgcc 
 241 aagtacgccc cctattcccg tcaatcccgg tccatggccc gcctggcatt atgcccagta 
 301 catgacctta tgggactttc ctacttggca gtacatctac gtattagtca tcgctattac 
 361 catggtgatg cggttttggc agtacatcaa tgggcgtgga tagcggtttc cctcacgggg 
 421 atttccaagt ctccacccca ttcccgtcaa tgggagtttg ttttggcacc aaaatcaacg 
 481 ggactttcca aaatgtcgtc ccaactccgc cccattgacg caaatgggcg gtccgcgtgt 
 541 acggtgggag gtctatataa gcagagctgg tttagtgaac cgtcagatcc gctagcgTGA 
 601 ccggtcgcca ccatggtgag caagggcgag gagctgttca ccggggtggt gcccatcctg 
 661 gtcgagctgg acggcgacgt aaacggccac aagttcagcg tgtccggcga gggcgagggc 
 721 gatgccacct acggcaagct gaccctgaag ttcatctgca ccaccggcaa gctgcccgtg 
 781 ccctggccca ccctcgtgac caccctgacc tacggcgtgc agtgcttcag ccgctacccc 
 841 gaccacatga agcagcacga cttcttcaag tccgccatgc ccgaaggcta cgtccaggag 
 901 cgcaccatct tcttcaagga cgacggcaac tacaagaccc gcgccgaggt gaagttcgag 
 961 ggcgacaccc tggtgaaccg catcgagctg aagggcatcg acttcaagga ggacggcaac 
 
Figura 3. Sequência em nucleotídeos do cDNA correspondente à proteína DEVIL. 
 
 
 
(a) desenhe oligonucleotídeos iniciadores (primers) adequados visando um produto de amplificação 
restrito à região destacada em cinza; 
 
primer 1a: 5’ 
 
primer 2a: 5’ 
 
(b) desenhe oligonucleotídeos iniciadores (primers) adequados visando um produto de amplificação 
restrito à região sublinhada; 
 
primer 1b: 5’ 
 
primer 2b: 5’ 
 
(c) desenhe oligonucleotídeos iniciadores (primers) adequados visando um produto de amplificação 
restrito à região destacada em cinza sublinhada; 
 
primer 1c: 5’ 
 
primer 2c: 5’ 
 
 
(d) determine o tamanho de cada um dos produtos amplificados no itens (a), (b) e (c); 
 
(e) considere a sequência “ATG" indicada (posição 181), como o códon de iniciação (Met) da proteína 
DEVIL; desenhe um par de oligonucleotídeos iniciadores (primers) visando um produto de 
amplificação restrito à região sublinhada; esses primers devem conter sítios de restrição para as 
enzimas BglII e BamHI, de tal forma que o produto de interesse possa ser clonado no vetor 
pEGFP-C1, no adequado quadro de leitura para expressão de uma proteína quimérica EGFP-
DEVIL (1,0 ponto); 
 
primer 1e: 5’ 
 
primer 2e: 5’ 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
(f) considerando a região do MCS do vetor pACT2, desenhe oligonucleotídeos iniciadores (primers) 
adequados visando a amplificação dessa região, de tal forma que o produto amplificado não 
encerre sítios de restrição para BglII; 
 
primer 1f: 5’ 
 
primer 2f: 5’ 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
(g) as duas sequências representadas abaixo são ortólogas, desenhe três oligonucleotídeos 
iniciadores (primers) adequados visando a amplificação exclusiva de cada uma das sequências, 
de tal forma que a reação de amplificação usando uma mistura dos três sirva como estratégia para 
o reconhecimento desses ortólogos; 
 
primer 1g: 5’ 
 
 
primer 2g: 5’ 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
SEQUÊNCIA ALFA 
 
 1 tcatgaattc acttcctcct ggttactttc gttgatgcgc tgttgcaata tcgacagaag 
 61 cgctttgcga tccgtctttc ccgatgacaa ctgcggaaac tgctcgagaa ccttgacgtg 
 121 gcggggcacc atgtaggcgg gcagctccgc cgcgaggcgc tgcctgattt cgtcggcctt 
 181 gcaatcggcg tcgagcggcg cgccgcgttc gagcagcacg ccggcggcga gcagcgtctc 
 241 gccgtagcgc gattcgagca gcaccacctc cgatccgtac acgtgcggca cgctgttgat 
 301 gacccgctgg atttcgctca aatggatccg gtagccgccg atcttcactt cgttatcctt 
 361 gcggcccatg tagtagaggc tgccgtcggc gagatacgcg cagacgtcgc ccgttcgata 
 421 gaacggcacg ccgtcgagac gcacgagccg cgccgccgtt tcttccggca gattccagta 
 481 gccctgcatt acctgcgtgc cgccgatcat caactcgccc ggcacgcccg gcgccgtgat 
 541 tcggttgccg ccctcgtcga cgagcagcgc ccgcacgtgc tcgagcggct tgccgatcgg 
 601 gtagagcgtg cgccgctccg gctcgatctc gcggatcacg tgcgcggtcg ccgcgcaggt 
 661 ggcttcggtc ggcccgtagg cgttgatcac ctgcacgccc gcgctcttcc tgagccagcg 
 721 ctggaccgtc ttcacgtcgg gcacgtcggt gccggtgagg atcgtcttca gatgcggcag 
 781 cggcgcggat tcgaattcct cagcttgcgc aatcaggccg agcatcattc cccacgcgga 
 841 aaagtgggtg acgtcgtgca cgcggatcgc gtcgaacagc agatcgggcg cgttcacgtc 
 901 gtcgtgcacg tatagcgacg cgccctgcgc gagcggaaac agcatgtcca tcaggtacac 
 961 gtcgaagttc agcggcgaga agctcgcgca gcgcgattgc gccgtgacat cgtagacggc 
 
 
SEQUÊNCIA BETA 
 
 1 tcatgaattc acttcctcct ggttactttc gttgatgcgc tgttgcaata tcgacagaag 
 61 cgctttgcga tccgtctttc ccgatgacaa ctgcggaaac tgctcgagaa ccttgacgtg 
 121 gcggggcacc atgtaggcgg gcagctccgc cgcgaggcgc tgcctgattt cgtcggcctt 
 181 gcaatcggcg tcgagcggcg cgccgcgttc gagcagcacg ccggcggcga gcagcgtctc 
 241 gccgtagcgc gattcgagca gcaccacctc cgatccgtac acgtgcggca cgctgttgat 
 301 gacccgctgg atttcgctca aatggatccg gtagccgccg atcttcactt cgttatcctt 
 361 gcggcccatg tagtagaggc tgccgtcggc gagatacgcg cagacgtcgc ccgttcgata 
 421 gaacggcacg ccgtcgagac gcacgagccg cgccgccgtt tcttccggca gattccagta 
 481 gccctgcatt acctgcgtgc ttttcccggg gagagagaga ttaaagtcgg gcgccgtgat 
 541 tcggttgccg ccctcgtcga cgagcagcgc ccgcacgtgc tcgagcggct tgccgatcgg 
 601 gtagagcgtg cgccgctccg gctcgatctc gcggatcacg tgcgcggtcg ccgcgcaggt 
 661 ggcttcggtc ggcccgtagg cgttgatcac ctgcacgccc gcgctcttcc tgagccagcg 
 721 ctggaccgtc ttcacgtcgg gcacgtcggt gccggtgagg atcgtcttca gatgcggcag 
 781 cggcgcggat tcgaattcct cagcttgcgc aatcaggccg agcatcattc cccacgcgga 
 841 aaagtgggtg acgtcgtgca cgcggatcgc gtcgaacagc agatcgggcg cgttcacgtc 
 901 gtcgtgcacg tatagcgacg cgccctgcgc gagcggaaac agcatgtcca tcaggtacac 
 961 gtcgaagttc agcggcgaga agctcgcgca gcgcgattgc gccgtgacat cgtagacggc