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INTRODUCAO REVISAO BIBLIOGRAFICA Historial da Descoberta do DNA como material genético Em 1869, o bioquímico suíço Friedrich Miescher (1844-1895) isolou, de núcleos de células, um ácido que continha fósforo e nitrogénio, que denominou nucleína. Em 1889 seu discípulo, Richard Altmann mudou o nome para ácido nucléico. Em 1910, o bioquímico russo-americano Phoebus Aaron Levene descobriu no ácido nucléico a presença de um açúcar, a ribosa, uma pentosa que tinha sido sintetizada por Emil Fischer. Posteriormente, em 1903, Levene constatou que nem todos os ácidos nucléicos continham ribosa, alguns continham um tipo de ribosa ao qual faltava um átomo de oxigénio, a desoxirribosa. Havia, portanto, dois ácidos nucléicos, o ribonucléico (RNA) e o desoxirribonucléico (DNA). Albrecht Kossel descobriu que os compostos nitrogenados dos ácidos nucléicos eram bases aminadas cíclicas dos grupos das purinas (com um anel) e das pirimidinas, com dois anéis (EMBRAPA, 2004). Segundo RAHAL (2013), em 1953, os cientistas Watson e Crick apresentaram um modelo compatível com os resultados experimentais que haviam sido obtidos ate aquele momento. Esse modelo, da dupla hélice serviu de base para os experimentos históricos que confirmaram a hipótese inicial desses cientistas. Fig.1 – Modelo de Watson e Crick (1953) do DNA (dupla hélice). Fonte: www.todamateria.com.br http://www.todamateria.com.br/ Estrutura e Função do DNA A molécula de ácido desoxirribonucleico (DNA) consiste em duas longas cadeias polipeptídicas compostas por quatro tipos de sub-unidades nucleotídicas. Cada uma dessas cadeias é conhecida como uma cadeia de DNA, ou fita de DNA. As cadeias são antiparalelas entre si, e ligações de Hidrogênio entre a porção base dos nucleotídeos unem as duas cadeias (ALBERTS et al., 2017). Para o mesmo autor, os nucleotídeos são compostos de açúcares com cinco carbonos, aos quais um ou mais grupos fosfatos estão ligados, e uma base contendo Nitrogênio. No caso dos nucleotídeos do DNA, o açúcar é uma desoxirribose ligada a um único grupo fosfato, e a base pode ser adenina (A), citosina (C), guanina (G) ou timina (T). Os nucleotídeos estão covalentemente ligados em uma cadeia por açúcares e fosfatos, os quais formam a estrutura principal alternada de açúcar-fosfato-açúcar-fosfato. Como apenas a base difere em cada uma das quatro subunidades nucleotídicas, cada cadeia polinucleotídica no DNA assemelha-se a um colar de açúcar-fosfato (cadeia principal) do qual os quatro tipos de contas se projectam (as bases A, C, G e T). Esses mesmos símbolos normalmente são usados para representar as quatro bases. Fig. 2 e 3 – Estruturas químicas das bases azotadas. Fita de DNA e sua dupla hélice em modelo ilustrativo. Fontes: www.querobolsa.com.br e www.todamateria.com.br http://www.querobolsa.com.br/ http://www.todamateria.com.br/ As funções do DNA podem ser compreendidas, segundo como Ribeiro (2009), especifica: 1. Função de genótipo ou replicação – estrutura capaz de armazenar a informação genética e transmitir essa informação fielmente dos pais para os descendentes, de geração após geração; 2. Função de fenótipo ou expressão gênica – controla o desenvolvimento do fenótipo do organismo, sejam vírus, bactérias, plantas ou animais. Ou seja, o material genético deve dirigir o crescimento e a diferenciação do organismo a partir do zigoto unicelular até o adulto maduro. Para controlar esse processo, o material genético deve não apenas se expressar apuradamente, mas cada gene deve agir no momento e no local precisos, garantindo que o fígado seja formado por células hepáticas, o sistema nervoso, por células nervosas e assim por diante; 3. Função de adaptação ou mutação e recombinação – o material genético deve possibilitar plasticidade ao genoma, permitindo a variabilidade genética que, consequentemente influencia na capacidade de adaptação ao ambiente do organismo. Sendo que o DNA é uma molécula reactiva, alvo de alterações espontâneas e induzidas por agentes físicos, químicos e biológicos, os sistemas de reparo do DNA atuam para corrigir essas alterações, preservando a integridade do genoma. Os mecanismos de recombinação possibilitam o reagrupamento da informação, gerando novas combinações de sequências codificadas e individualidade aos organismos (RIBEIRO, 2009). Tipos de DNA em sistemas biológicos O DNA apresenta diferentes conformações, que dependem de vários factores da própria sequencia: a intensidade e direcção do super-enrolamento, modificações químicas das bases e a solução na qual o DNA esta presente (concentrações de metais, iões ou poliaminas). Em sistemas biológicos, os tipos mais comuns são: A-DNA, B-DNA e Z-DNA (DIGAMO, 2015). O A-DNA aparece em condições de humidade escassa e menor temperatura, comparado ao B- DNA. Trata-se de uma dupla hélice com um sulco menor pouco profundo e um pouco mais amplo que o sulco maior, que é mais profundo. Em comparação com a dupla hélice do B-DNA, esta é mais aberta, tem maior diâmetro e uma disposição das bases nitrogenadas mais distante do eixo da hélice. As bases nitrogenadas estão mais inclinadas em relação à horizontal, mais próximas entre si e localizadas mais simetricamente em relação ao centro (CHOUDHURI; DIGAMO, 2014; 2015). Das três conformações existentes, a forma B-DNA é a mais comum, ou seja, é o DNA como conhecemos que ao contrario do B-DNA, encontra-se basicamente em condições de solução, e sua dupla hélice é mais longa e fina (CHOUDHURI, 2014). Para o mesmo autor, o Z-DNA é uma hélice do tipo canhoto (Z= zig-zag), este formulário foi identificado in vitro e dentro da célula. Regiões pequenas e localizadas dentro do tipo B fisiológica do DNA podem atingir uma conformação esquerda. Esta conformação é ditada por regiões de resíduos de purinas e pirimidinas alternadas, como 5'- GCGCGCGCGCGCGCGC - 3'. Assim, as conformações Z é mais estreita e mais longa que a B De uma outra forma, é possível constatar suas diferenças no quadro seguinte: Tipo/confor. Configurações A – DNA Diâmetro da hélice 2,3 nm (= 23 Å) Tamanho de volta completa (360 o ) 2,6 nm (= 26 Å) Número de pares 11 pares de bases B – DNA Diâmetro da hélice 2 nm (= 20 Å) Tamanho de volta completa (360 o ) 3,4 nm (= 34 Å) Número de pares 10 pares de bases Z – DNA Diâmetro da hélice 1,8 nm(= 18Å) Tamanho de volta completa (360 o ) 3,7 nm (= 37 Å) Número de pares 12 pares de bases Fonte: www.sciencedirect.com http://www.sciencedirect.com/ Fig.4 – representação dos principais tipos de DNA presentes nos sistemas biológicos. Fonte: www.aminoapps.com/tudosobreciencias Replicação do DNA A replicação do DNA ocorre num momento preciso do ciclo celular denominado fase S (Syntesis), que sucede outra fase denominada G1. A consequência da replicação do DNA é a divisão celular, quando são geradas novas células-filhas com o mesmo conteúdo genômico da célula precursora (Fissão binária) (DAVIS, 2016). Segundo a OpenStax College (2018), na teoria, este fenómeno pode acontecer através de três mecanismos: 1. Replicação Semiconservativa Neste mecanismo, ocorre a síntese de duas moléculas – filhas de DNA na qual a fita original de molécula – mãe, é mantida, e a segunda complementar corresponde à fita – filha sintetizada a partir do molde. Desta forma, temos uma molécula – mãe que é aberta e a partir de cada fita desta, é originada uma outra complementar, atribuindo-se esta terminologia porque a molécula – filha não é identicamente igual a da mãe, pois durante a replicação a enzima que faz essa polimerização de DNA, comete alguns erros a cada nucleotídeo, por esse motivo não é exactamente igual a da mãe. 2. Replicação Conservativa Ocorre a síntese de duas fitas complementares que usam a molécula – mãe como molde, que após a síntese,essas moléculas seriam separadas dos seus moldes e formariam uma nova molécula, recebendo tal terminologia pelo facto de originar fitas iguais de DNA. http://www.aminoapps.com/tudosobreciencias 3. Replicação Dispersiva As sínteses de duas fitas complementares, que usam a molécula – mãe como molde, mas, após a síntese, as moléculas resultantes seriam formadas pela junção de partes da fita – mãe e partes da fita recém – sintetizada, gerando, moléculas mistas. Desse modo, as fitas filhas são partes da fita – mãe e da fita – filha, gerando assim uma mistura. Fig. 5 – Modelos ilustrativos dos tipos de replicação do DNA, da esquerda a direita: R. conservativa, R. semiconservativa e R. dispersiva. Fonte: www.pt.khanacademy.org Na teoria podem ocorrer esses três mecanismos de replicação, porem na pratica, o mecanismo de replicação do DNA é sempre o semiconservativo (DAVIS, 2016). A seguir, é descrito o processo de replicação semiconservativo das bactérias E.coli, porém, temos em conta que os mecanismos de replicação descritos são aplicáveis a todos os organismos, plantas e animais (MORAES et al., 2013) Início da replicação de DNA De acordo com o mesmo autor, a E. coli, como a maioria das bactérias, tem uma única origem de replicação em seu cromossomo. A origem tem cerca de 2t45 pares de bases e tem principalmente pares de bases A/T (que estão ligadas por menos pontes de hidrogênio que os pares de bases G/C), tornando as fitas de DNA mais fáceis de separar. Proteínas especializadas reconhecem a origem, ligam-se a este sítio, e abrem o DNA. http://www.pt.khanacademy.org/ Conforme o DNA se abre, duas estruturas com formato de Y, chamadas de garfos de replicação, são formadas, juntas compõem o que é chamada uma bolha de replicação. Os garfos de replicação movem-se em direcções opostas à medida que a replicação acontece (Idem). A Helicase é a primeira enzima de replicação a se ligar na origem de replicação. A função da helicase é avançar os garfos de replicação "desenrrolando" o DNA (quebrando as pontes de hidrogênio entre os pares de bases nitrogenadas). Proteínas chamadas proteínas ligadoras de fita simples recobrem as fitas separadas de DNA próximo ao garfo de replicação, impedindo-as de ligarem-se novamente em uma hélice dupla (Idem). Primers e primase Polimerases de DNA somente podem adicionar nucleotídeos à extremidade 3' de uma fita existente de DNA (elas utilizam o grupo -OH livre encontrado na extremidade 3' como um "gancho", adicionando um nucleotídeo a este grupo na reacção de polimerização), a DNA polimerase adiciona o primeiro nucleotídeos em um novo garfo de replicação com a ajuda de uma enzima chamada primase. A primase faz um primer de RNA, ou um trecho curto de ácido nucleico complementar ao molde, que fornece uma extremidade 3' para a DNA polimerase trabalhar. Um primer típico tem cerca de cinco a dez nucleotídeos. O primer inicia a síntese de DNA, isto é, faz com que ela comece. Uma vez que o primer de RNA está em seu lugar, a DNA polimerase o "amplia", adicionando nucleotídeos um por um para fazer uma nova fita de DNA que é complementar à fita molde (Idem). Fita líder e fita tardia DNA polimerases podem somente fazer DNA na direção 5' para 3', e isto coloca um problema durante a replicação. Uma dupla hélice de DNA é sempre antiparalela; em outras palavras, uma fita vai na direção 5' para 3', enquanto a outra vai na direção 3' para 5'. Isto faz com seja necessário que as duas novas fitas, que também são antiparalelas a seus moldes, sejam feitas de maneiras ligeiramente diferentes (AMABIS e MARTHO, 2011). Uma das novas fitas, a que se desloca de 5' para 3' em direção ao garfo de replicação, é a fácil. Esta fita é feita continuamente, porque a DNA polimerase está se movendo na mesma direção que o garfo de replicação. Esta fita sintetizada continuamente é chamada fita líder (Idem). A outra fita nova, que se desloca de 5' para 3' distanciando-se do garfo, é mais intricada. Esta fita é feita em fragmentos porque, conforme o garfo avança, a DNA polimerase (que se afasta do garfo) se separa e se religa ao DNA recentemente exposto. Esta fita intricada, que é feita em fragmentos, é chamada fita tardia (Idem). Manutenção e limpeza Algumas outras proteínas e enzimas, além das principais citadas acima, são necessárias para manter a replicação do DNA funcionando adequadamente. Uma é a proteína chamada pinça deslizante, mantém as moléculas de DNA polimerase III no lugar à medida que elas sintetizam DNA. A pinça deslizante é uma proteína em forma de anel e evita que a DNA polimerase da fita tardia escape quando ela reinicia em um novo fragmento de Okazaki (RIBEIRO; ALBERTS, 2009; 2017). Topoisomerase também desempenha um importante papel na manutenção durante a replicação do DNA. Esta enzima evita que a dupla hélice de DNA à frente do garfo de replicação torne-se muito estreitamente enrolada à medida que o DNA é aberto. Ela age fazendo cortes temporários na hélice para liberar tensão, depois fecha os cortes para evitar dano permanente (Idem). Finalmente, há um pequeno trabalho de limpeza a fazer se queremos que o DNA não contenha nenhum RNA ou lacunas. Os primers de RNA são removidos e substituídos por DNA através da actividade da DNA polimerase I, a outra polimerase envolvida na replicação. Os cortes que permanecem depois dos primers são substituídos e fechados pela enzima DNA ligase (Idem). Fig. 6 – Replicação semiconservativa do DNA. Fonte: www.blog.mepassai.com.br http://www.blog.mepassai.com.br/ Comparação do DNA de procariontes e eucariontes Cromatina e Eucromatica DNA viral CONSIDERACOES FINAIS REFERENCIAS BIBLIOGRAFICAS ALBERTS, B. et al. Trad. Ardala Andrade. Biologia Molecular da Celula. 6 a ed. São Paulo: Artmed. 2017 AMABIS, José; MARTHO, Gilberto. Biologia. São Paulo:Moderna. 2011. Disponível em https://www.infoescola.com/genetica/replicacao, acesso aos 16 de Abril de 2020, as 18:32 CHOUDHURI, Supratim. Bioinformatics for beginners. Elsevier B.V. 2014. Disponivel em www.sciencedirect.com/topics/neuroscience/, acesso aos 14 de abril de 2020, as 23:54. DAVIS, Timóteo. A arte da replicação do Material Genético. Pensilvânia. 2016. Disponível em http://www.pt.khanacademy.org, acesso aos 16 de Abril de 2020, as 16:23 DIGAMO, Rajesh. Adenovirus DNA Polymerase. Saxena. 2015. Disponível em www.wikipedia.org/aadn/, acesso aos 14 de Abril de 2020, as 23:59. EMBRAPA. Em 1953 foi descoberta a estrutura do DNA – Etapas de um grande avanço científico. Brasil: Nova Vieira. 2004 MORAES, C. et al. Serie em Biologia Celular e Molecular – métodos experimentais no estudo de proteínas. 1 a ed. Rio de Janeiro: IOC. 2013 OpenStax College of Biology. Basics of DNA replication. Disponivel em http://www.cnx.org/contents/185cbf87-c72e-48f5-b51e-f14f21b5eabd@10,53, acesso aos 16 de Abril de 2020, as 16:18 RIBEIRO, Maria. Genetica Molecular. Florianópolis: UFSC. 2009 https://www.infoescola.com/genetica/replicacao http://www.sciencedirect.com/topics/neuroscience/ http://www.pt.khanacademy.org/ http://www.wikipedia.org/aadn/ http://www.cnx.org/contents/185cbf87-c72e-48f5-b51e-f14f21b5eabd@10,53
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