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Biologia Molecular Aplicada à Biomedicina Responsável pelo Conteúdo: Prof.ª Me. Thaís de Oliveira Cardoso Revisão Técnica: Prof.ª Dr.ª Gabriela Cavagnolli Revisão Textual: Prof.ª Dr.ª Selma Aparecida Cesarin Descobrindo o DNA e a Origem da Vida Descobrindo o DNA e a Origem da Vida • Apresentar ao aluno as bases da Biologia Molecular, o avanço histórico e como ela se relaciona com as demais Áreas da Ciência; • Apresentar a estrutura do DNA e como ocorre a replicação do DNA; • Abordar o reparo do DNA e o desenvolvimento do câncer. OBJETIVOS DE APRENDIZADO • A Origem da Vida e a Evolução Molecular dos Organismos; • O Dogma Central da Biologia Molecular e suas Exceções; • Compreendendo a Estrutura do DNA; • Organização do DNA, Estudo dos Cromossomos e Genes; • Replicação do DNA; • Sistema de Reparo de DNA; • Metilação: O Reparo de DNA e o Câncer. UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida A Origem da Vida e a Evolução Molecular dos Organismos Acredita-se que a primeira forma de vida na Terra tenha surgido há cerca de 3,5 bilhões de anos. O processo evolutivo resultou em uma extraordinária diversidade de formas vivas e, atualmente, estima-se que mais de dez milhões de espécies habitem a Terra, cada qual com suas diferenças e, necessariamente, com capacidade de se multiplicar. Figura 1 Fonte: Fotolia Observando um urso e um polvo, quão parecidos você diria que eles são? E você, comparado(a) a uma aranha? Mesmo em meio a tal paradigma, nossos ancestrais, sem conhecimento da exis- tência do ácido desoxirribonucleico (DNA) conseguiram determinar que tudo que era “vivo” tinha algo em comum que o capacitava como tal. Estudos bioquímicos revelaram que a matéria viva e a matéria inorgânica são compostas pelos mesmos elementos, apenas com diferenças em sua organização. Assim, tudo é um aglomerado de Sistemas Químicos. Posteriormente, determinou-se que o padrão de organização em nível molecular é preservado em todos os seres vivos, constituindo uma célula. Logo, a célula é a uni- dade mínima que constitui todas as espécies, devendo possuir elementos para obter matéria-prima do ambiente e produzir uma nova cópia. 8 9 É possível classificar as células em duas diferentes categorias – procariontes e eucariontes (Figura 2), com a diferença de que as células procariontes não possuem membrana nuclear e, evolutivamente, antecedem as células eucariontes. Eucariote Procarionte Nucléolo Mitocôndria Membrana celular Ribossomos Nucleóide Flagelo Núcleo fechado por membrana Cápsula (alguns procariontes) Parede celular (em alguns eucariotos) Figura 2 – Célula eucarionte e célula procarionte Fonte: Adaptado de Wikimedia Commons Embora sejam diferentes, é incrível notar que todas as células vivas do Planeta Terra, sem qualquer exceção, de acordo com nosso conhecimento, armazenam suas informações hereditárias da mesma maneira – na forma de ácidos nucleicos. Agora, imagine que você é um cientista vivendo no ano de 1928, e acredita que exista alguma forma comum para que os seres vivos armazenem suas informações (sem saber da existência do DNA). Como você poderia comprovar sua hipótese? Parece difícil? Vamos facilitar! Para isso, você dispõe, em seu Laboratório, de duas linhagens de bactérias – uma delas é virulenta, possui uma cápsula de polissacarídeo que previne sua fagocitose e é letal quando injetada em camundongos. A outra linhagem é avirulenta, não possui cápsula e não transmite doença (quando injetada em camundongos, eles sobrevivem). Agora, pense num experimento que comprove que as informações hereditárias podem ser transmitidas de um organismo para outro. Ficou curioso? Então, antes de prosseguir, que tal pesquisar mais na Bibliografia recomendada sobre o “Experimento de Griffth”? Experimentos Clássicos: DNA como material genético . Acesse em: https://bit.ly/2ZpSnJ2 Esse foi o primeiro indício da troca de informação genética, sem saber que o que permitia isso era a existência do DNA. Assim, foi chamado apenas de “princí- pio transformante”. 9 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida Somente em 1944, Avery, MacLeod e McCarty isolaram o “princípio transfor- mante”, revelando que o componente responsável pela transformação das linhagens bacterianas avirulentas em virulentas era o DNA, fornecendo uma das indicações conclusivas de que o DNA é responsável por carregar a informação genética dos seres vivos. Tudo que se encontra no Planeta é constituído por átomos, unidade básica da matéria, que estabelece ligações químicas e, em níveis mais complexos, resulta na formação dos seres. Vimos que a principal característica que constitui um ser vivo é o fato de possuir material genético e ser capaz de transmiti-lo às células-filhas. Compreender a estrutura do DNA, sua atuação e como é possível manipulá-lo, de- pende do entendimento das ligações e das reações químicas dos compostos, integran- do seus conhecimentos de Bioquímica, Química, Biologia Celular e Biologia Molecular. Trocando Ideias Se o DNA carrega a informação genética, essencial para definir as funções e as diferenças entre uma célula e outra, podemos determinar, com total certeza que, quanto mais complexo o organismo, maior será seu genoma (conjunto total de DNA contido em um organismo), certo? Não!! Você consideraria uma cebola um ser mais complexo que você? O tamanho do genoma haploide de um ser humano é de 3.000Mb e o de uma cebola, por exemplo, é de 15.000Mb. O que explica isso? Fique atento, você compreenderá adiante, quando forem explicados os íntrons e os éxons. Teste seu conhecimento: • Qual é a diferença entre células eucariontes e procariontes? • O que é o Experimento de Griffth? • Qual é a função do DNA? O Dogma Central da Biologia Molecular e suas Exceções As instruções requeridas para uma célula realizar suas funções estão contidas no DNA, essa informação hereditária deve ser passada de uma célula às suas células- -filhas durante a divisão celular (Figura 3). 10 11 Figura 3 – Divisão celular Fonte: Getty Images O DNA constitui-se por longas cadeias poliméricas, pareadas entre si e compostas sempre pelos mesmos quatro monômeros – denominados nucleotídeos. Suas estrutu- ras contêm bases orgânicas cíclicas. As duas fitas se ligam pelas bases e se enrolam, for- mando uma estrutura de dupla-hélice (Figura 4) (descrita em 1953, por Watson e Crick). Figura 4 – Estrutura do DNA de uma célula eucariótica Fonte: Pixabay A informação genética transportada pelo DNA reside na sua sequência, a ordem linear de nucleotídeos ao longo de uma fita. Cada segmento específico de DNA denominado gene, carrega a instrução para a produção de uma proteína específica. 11 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida Existem dois tipos de ácidos nucleicos – o ácido desoxirribonucleico (DNA) e o ácido ribonucleico (RNA). A diferença é que o ácido desoxirribonucleico tem um átomo de oxigênio a menos. A informação genética contida no DNA é copiada (ou transcrita) em moléculas de RNA, constituído também por nucleotídeos. Sua sequência pode ser traduzida e determinar a disposição de cada aminoácido em uma cadeia que originará uma pro- teína (Figura 5). Essa série de acontecimentos, nessa ordem, é conhecida como “Dogma Central da Biologia Molecular”. Proteína RNA DNA Replicação /DNA DNA/ Transcrição /DNA RNA/ Tradução /RNA Proteína/ Figura 5 – Dogma Central da Biologia Molecular Fonte: Adaptado de Getty Images O Dogma Central da Biologia Molecular, proposto por Francis Crick, na época, es- tabelecia que o fluxo de informação genética era único (DNA → RNA → Proteína), de maneira que uma molécula de DNA serve de molde para a formação de um RNA que, por sua vez, serve de molde para a cadeia de aminoácidos, que forma uma proteína. Entretanto, o aprofundamento desses conhecimentos revelou novas possibilidades a serem incluídas no fluxo de informação genética: • Não é todo RNA que é traduzido originando umaproteína. Existem RNAs que por si são funcionais e apresentam importantes atividades na célula; • Existem vírus de RNA que possuem a capacidade de, a partir de sua molécula de RNA, originar uma molécula de DNA, processo denominado transcrição reversa (DNA ← RNA); • Foram descobertos os príons – Basicamente, proteínas que se propagam em cé- lulas hospedeiras, capazes de alterar a conformação proteica de outras proteínas. Dessa forma, o fluxo gênico pode ser interpretado como Proteína ← Proteína. 12 13 Trocando Ideias Vamos tornar mais claro com uma analogia? Imagine que uma pessoa cuja língua nativa é o japonês tem uma importante informa- ção a ser passada para um brasileiro que não sabe japonês. Assim, a informação fala- da, servindo como “molde” (seria a sequência de DNA) é captada por um dispositivo de voz que transcreve a informação para escrita em japonês (ou seja, a informação é transcrita – Processo no qual a “linguagem” do DNA e RNA é a mesma – Nucleotídeos). Lembrando-se de que a fala em japonês não é magicamente transformada na escrita, mas serve como um “molde”, sendo reconhecida na sua ordem correta e gerada a infor- mação escrita, que é traduzida e, por fim, capaz de ser interpretada (Tradução – RNA e proteína possuem “linguagens” diferentes, assim, a informação em nucleotídeos precisa ser traduzida para aminoácidos). Teste seu conhecimento: • Qual é a diferença entre DNA e RNA? • Quais etapas fazem parte do Dogma Central da Biologia Molecular? • O que são príons? Compreendendo a Estrutura do DNA Você já aprendeu que a molécula de DNA contém a informação genética dos seres vivos e que é constituída por longas cadeias poliméricas, pareadas entre si e compostas por nucleotídeos (Figura 6). Os nucleotídeos são moléculas formadas por um grupo fosfato unido por uma ligação fosfodiéster a um carboidrato (pentose), que pode ser uma ribose ou desoxir- ribose, conectado a um anel que contém um nitrogênio (base nitrogenada). Grupo fosfato Ribose Timina Adenina Citosina Guanina Figura 6 – Estrutura química do nucleotídeo Fonte: Adaptado de Getty Images 13 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida As bases nitrogenadas são divididas em purinas – adenina e guanina, que pos- suem um par de anéis fusionados, e pirimidinas – citosina, timina e uracila, que possuem um anel único. A adenina (A), a guanina (G) e a citosina (C) são encontradas no DNA (Figura 7A) e no RNA (Figura 7B). A timina (T) é encontrada apenas no DNA, e a uracila (U), apenas no RNA. A B Timina Ligação de hidrogênio Adenina Adenina Adenina Citosina Citosina Citosina Uracilo Uracilo Nucleotídeo Nucleotídeo Fosfato Espinha dorsal do fosfato de açúcar Ribose Guanina Guanina Guanina Açucar Purinas Pirimidinas Purinas Base BASE Pirimidinas Fosfato Figura 7 – Estrutura do DNA (A), estrutura do RNA (B) Fonte: Adaptado de Getty Images Com base em seus conhecimentos químicos, observe a molécula de DNA e de RNA e responda: Por qual razão o DNA é o carreador da informação genética nas células e não o RNA? É im- portante lembrar qual a diferença entre uma desoxirribose e uma ribose. A razão encontra-se no hidrogênio, na posição 2’ da desoxirribose do DNA, vez que o grupo hidroxila presente no RNA na posição 2’ da ribose o deixa suscetível a ataques nucleofílicos. A ausência de hidroxila do DNA reduz sua suscetibilidade à hidrólise alcalina e favorece a formação de dupla hélice, tornando-o uma molécula mais estável, característica essencial para sua função de armazenamento da informação genética em longo prazo. A ligação fosfodiéster é feita entre um grupo químico hidroxila (OH) ligado ao 3º carbono da pentose de um nucleotídeo e o fosfato do nucleotídeo seguinte ligado ao carbono 5 da pentose dele (Figura 8). Na estrutura do DNA, a extremidade da molécula que contém a pentose com o carbono 5 livre é denominada extremidade 5′, a que tem a pentose com o carbono 3 livre é denominada extremidade 3′. Importante! Note que é uma ligação fosfodiéster pois o ácido fosfórico foi unido a dois álcoois (os grupos hidroxila das pentoses) por uma ligação do tipo éster em ambos os lados, logo → diéster. 14 15 A B Adenina Extremidade 5’ fosfato Extremidade 5’ – fosfato Ligação glicosídica Ligação glicosídica Extremidade 3’ – hidroxila Extremidade 3’ – hidroxila Ligação fosfodiéster Ligação fosfodiéster Citosina Guanina Timina Figura 8 – Ligação fosfodiéster Fonte: Adaptado de ZAHA et al., 2014, p. 21 Observe que o ácido fosfórico utiliza dois de seus três grupamentos ácidos nas ligações 3′,5′ – diéster, e o grupamento restante confere ao ácido nucleico suas pro- priedades ácidas Importante! O caráter ácido do DNA possibilitará a formação de ligações iônicas com proteínas básicas. Além disso, torna os ácidos nucleicos basófilos (evidenciados por corantes básicos). Os nucleotídeos também são descritos como monofosfato de nucleosídeo (NMP). Por sua vez, a adição de um ou dois grupos fosfatos resulta em difosfatos de nucleo- sídeo (NDP) e trifosfato de nucleosídeo (NTP) (Figura 9). É necessário destacar a forma trifosfato que você verá adiante como a molécula precursora durante a síntese do ácido nucleico no interior da célula. Além do mais, sem dúvida, você conhece outras moléculas trifosfatadas essenciais para a célula – o ATP (trifosfato de adenosina) e o GTP (trifosfato de guanosina), fundamentais na bioenergética celular, em vista da enorme quantidade de energia envolvida na adição ou remoção do grupo fosfato terminal. 15 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida Nucleosídeo monofosfato Pirimidinas Purinas Deoxirribose Pentose Ligação glicosídica Base Ribose Nucleosídeo difosfato Nucleosídeo trifosfato Nucleosídeo Adenina Guanina Citosina Uracila Timina Figura 9 – Nucleotídeos Fonte: Adaptado de Wikimedia Commons As fitas de DNA são complementares (conhecida como Regra de Chargaff): sempre que há um A, a fita correspondente apresenta um T. Por sua vez, o C pareia com G. A complementaridade é tamanha que, mesmo sendo separadas, elas se juntam es- pontaneamente sob condições adequadas de concentração salina e temperatura. Dessa forma, a detecção de uma das fitas já permite descobrirmos a sequência da correspondente, o que pode ser muito útil em diversos experimentos e técnicas de Biologia Molecular. A estrutura tridimensional do DNA, em dupla hélice, deve-se às características químicas e estruturais das duas fitas, mantidas unidas por ligações de hidrogênio (Figura 10). Além disso, há ligações hidrofóbicas e de van der Waals entre os pares de bases adjacentes, contribuindo para a estabilidade da estrutura de hélice. As bases de cada nucleotídeo são voltadas para o interior da dupla hélice e a pentose ligada ao fosfato posiciona-se na região externa. Perceba que, em um DNA nativo, uma base de anel único (pirimidina) sempre se liga a uma base de dois anéis (purina), de forma que A sempre está ligada com T, e G com C. Essa é a disposição energeticamente mais favorável e, dessa forma, cada base apresenta uma largura semelhante e a estrutura de pentose ligada ao fosfato encontra-se equidistante na molécula de DNA. Em vista dessa disposição e da complementaridade das bases, necessariamente, para que seja possível esse encaixe, as duas fitas são antiparalelas (uma fita deve estar em orientação oposta à da outra fita). Observe na Figura que, enquanto numa fita observa-se a extremidade 5’, na sua complementar está a extremidade 3’ (Figura 10). 16 17 Bases nitrogenadas Ligações de hidrogênio Esqueleto de açúcar–fosfato Esqueleto de açúcar–fosfato Bases Par de bases Açucar Adenina Adenina Timina Timina Guanina Guanina Citosina Citosina Figura 10 – Fita dupla com extremidade 5’, na sua complementar está a extremidade 3’ e ligações de hidrogênio Fonte: Adaptado de Wikimedia Commons Em teoria e nos DNAs sintéticos, outros pares de bases podem ser formados, como, por exemplo, aguanina (G) poderia teoricamente formar ligações de hidro- gênio com a timina (T), resultando em uma pequena distorção na hélice e poderia ocorrer, também, o pareamento entre citosina (C) e timina (T). Os pares de bases não convencionais G-T e C-T, via de regra, não são encontrados no DNA e, por sua vez, pares de bases G-U podem ser comuns em regiões de dupla- -hélice que se formam com o RNA, originalmente de fita simples. A enzima responsável pela cópia do DNA (discutida adiante) não permite que- pares de bases não convencionais ocorram naturalmente na dupla fita de DNA. O DNA das células encontra-se majoritariamente na forma B, uma dupla hélice dextrógira (seu sentido de rotação é para a direita). A cada volta completa da hélice, há cerca de 10 a 10,5 pares de bases por volta. Apesar de a maioria do DNA cromossômico estar na forma B, sob certas condi- ções, assume a forma A ou Z (Figura 11). Em condições laboratoriais, a retirada da maior parte da água do DNA resulta na estrutura cristalográfica do DNA na forma A, mais larga e mais curta do que a forma B. É também uma dupla hélice dextrógira e para completar uma volta na hélice são ne- cessários 11 pares de bases. O DNA, em solução com altas concentrações de cátions, assume a conformação Z-DNA. A forma Z-DNA é uma dupla hélice levógira, seu sentido de rotação é para a esquerda, apresenta uma conformação mais alongada e mais fina do que o B-DNA e para completar uma volta da hélice são necessários 12 pares de bases. 17 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida Figura 11 – Formas de DNA Fonte: Adaptado de Wikimedia Commons Estudos mais recentes demonstraram que o DNA em forma de tripla hélice pode ocorrer espontaneamente no organismo, possivelmente relacionado à regulação dos genes. Constatamos, portanto, que estamos longe de atingir o completo entendimento sobre a incrível molécula que é o DNA, o que deixa aberto um vasto campo de pes- quisa e de novas descobertas surpreendentes. Teste seu conhecimento: • Como é constituído o DNA? • O que são nucleotídeos? • O que são as bases nitrogenadas? Quais os tipos? • Como as bases nitrogenadas são pareadas? • O que é uma ligação fosfodiéster? • Quais os tipos de DNA existentes? Quantos pares de bases são necessários em cada tipo para completar uma volta na hélice? • O que significa dizer que a disposição e a complementaridade das bases são antiparalelas? Organização do DNA, Estudo dos Cromossomos e Genes Para atingir o complexo empacotamento do DNA necessário a suas funções e armazenamento na célula, existem proteínas especializadas que se ligam ao DNA e o dobram. Por conseguinte, uma série de alças e espirais são formadas e permitem níveis elevados de organização, impedindo que o DNA se emaranhe (Figura 12). 18 19 O DNA presente no núcleo encontra-se compactado e distribuído em múltiplas estruturas lineares longas denominadas cromossomos. A compactação do DNA cro- mossômico é realizada por uma família de proteínas nucleares denominadas histonas. O complexo de histonas associadas ao DNA é chamado de cromatina. Figura 12 – Diferentes níveis de condensação do DNA Fonte: Wikimedia Commons (1) Cadeia de DNA em dupla hélice – (2) Filamento de cromatina (DNA com histonas) – (3) Cromatina condensada em interfase com centrômeros – (4) Cromatina condensada em prófase (Existem agora duas cópias da molé- cula de DNA) – (5) Cromossomo em metáfase. Se fosse possível pegar todo o DNA que compõe uma célula humana e o reunir numa fita ligada à extremidade da outra, isso resultaria em um comprimento total de aproximada- mente 2 metros! Pense bem: o DNA é armazenado no núcleo, que possui somente cerca de 6µm de diâmetro. Como pode ser possível compactar o DNA de maneira precisa e que caiba em um espaço tão pequeno? Lembre-se: é essencial que essas compridas fitas de DNA não sejam desordena- damente emaranhadas umas nas outras, sobretudo na divisão celular, em que elas devem ser separadas e divididas entre as células-filhas. Em células procarióticas, quase todo o genoma está em uma única molécula de DNA circular dobrada várias vezes sobre si mesma, situando-se na região central da célula. Por outro lado, nas células eucarióticas, o DNA presente no núcleo encontra-se compactado e distribuído em múltiplas estruturas lineares longas, denomina- das cromossomos. Apesar de a grande molécula de DNA genômica em procariotos estar associada a proteínas e ser referida como cromossomo, a disposição dentro de um cromossomo bacteriano difere bastante da observada em cromossomos de células eucarióticas (Figura 13). 19 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida DNA humano DNA bacteriano Figura 13 – DNA de humano e DNA bacteriano Fonte: Adaptado de Getty Images Em eucariotos, cada cromossomo compreende uma única molécula de DNA asso- ciada a numerosas proteínas. A compactação do DNA cromossômico é realizada por uma família de proteínas nucleares denominadas histonas (Figura 14). O complexo de histonas associadas ao DNA é chamado de cromatina. As histonas são proteínas de caráter básico que interagem com os grupos fosfato de carga negativa do DNA e seus principais tipos são: Hl, H2A, H2B, H3 e H4. As histonas agrupam-se em um octâmero, formando um centro proteico, no qual o DNA enrola-se como em um carretel. Essa estrutura formada consiste no nucleossomo. O DNA que compõe os nucleossomos é muito menos suscetível à digestão por enzimas nucleases, possibilitando sua proteção, organização e elevada compactação. Figura 14 – Compactação do DNA cromossômico Fonte: Adaptado de Wikimedia Commons 20 21 O comprimento e o número de cromossomos são os mesmos em todas as células de um organismo eucarioto, mas variam entre as diferentes espécies. Os cromossomos (em metáfase) coram-se intensamente com corantes básicos e são visíveis em microscópios óptico e eletrônico, mas apenas durante a divisão celular. Cada cromossomo é uma unidade estrutural distinta, e uma cópia de cada um deve ser transmitida à célula-filha durante a divisão celular. Durante a interfase, ocorre a duplicação dos cromossomos. Na mitose, eles ficam altamente condensados (possibilitando sua visualização em microscópio), o que é im- portante para a correta separação dos cromossomos duplicados pelo fuso mitótico. Você quer saber como a divisão celular é observada no microscópio? Acesse o Atlas Digital , disponível em: https://bit.ly/32fxK46 Os cromossomos carregam os genes, designados como um segmento de DNA com as “instruções” para produzir uma proteína. No entanto, devemos considerar que certos genes apresentam como produto final uma molécula de RNA funcional ao invés de uma proteína. A complexidade de um organismo deve estar relacionada ao número de genes em seu genoma. Uma bactéria simples, em geral, apresenta cerca de 500 genes e, você, como ser humano, apresenta cerca de 25 mil genes. No entanto, o tamanho dos genomas é muito variável e não reflete a sua complexidade. O genoma humano é 200 vezes menor que de uma espécie de ameba. Lembra- -se de que ficou curioso se uma cebola seria um ser vivo mais complexo que você? Essa discrepância acontece porque nem todo o DNA presente em um cromossomo será codificado e originará uma proteína. Existem regiões de DNA – íntrons – que são DNAs não codificantes. Essas re- giões não formam um RNA mensageiro (mRNA). As regiões de DNA codificantes são denominadas éxons e sua sequência de nucleotídeos corresponderá à sequência do mRNA. Posteriormente, você aprenderá que tanto os éxons quanto os íntrons são trans- critos para produzir um longo transcrito de RNA primário (Figura 15). Contudo, os íntrons são removidos por splicing para formar um mRNA maduro. Durante muito tempo, os íntrons eram classificados como “DNA lixo”, vez que era desconhecida qualquer função para essas regiões de DNA. Atualmente, sabemos que são indispensáveis para a correta expressão gênica de muitos genes, tal como você poderá ver em outras Unidades.21 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida Além disso, o fato de a variação no número de genes não explicar a variação no tamanho dos genomas entre os eucariotos, em grande parte, é devido à variação na quantidade de DNA repetitivo. Em procariotos, diz-se que há colinearidade da informação genética, isto é, a sequência nucleotídica do DNA equivale à sequência de aminoácidos na proteína, portanto íntrons são praticamente inexistentes. Figura 15 – Regiões de DNA codificantes Fonte: ZAHA et al., 2014, p. 87 Teste seu conhecimento: • Em que local da célula o DNA se encontra? Qual formato fica armazenado nesse local? • O que é cromatina? • O que é histona? • Como o DNA é compactado? • Qual é a diferença entre o DNA humano e o DNA bacteriano? • O que são íntrons e éxons? Replicação do DNA Em algum momento, você já se perguntou: “Qual o sentido da vida?”. Devemos nos lembrar de que, para a existência de vida, a unidade mínima é a célula. Sabemos, também, que, na célula, é fundamental a presença de material genético e sua trans- missão para células-filhas, sendo isso o que caracteriza a “vida”. 22 23 Na estrutura do DNA, ao ser sintetizada, são adicionados nucleotídeos por liga- ções fosfodiéster sempre seguindo o sentido 5’ para o sentido 3’ e, por esse motivo, diz-se que: “O sentido da vida é 5’ → 3’.” É do nosso conhecimento que, durante a divisão celular, cada célula-filha deve herdar o material genético contido em sua célula progenitora. Para que isso ocorra, cada molécula de DNA deve gerar uma outra idêntica à original. Pensando que no DNA constam todas as “instruções” para as funções celulares, o que aconteceria se a cada vez que ele fosse duplicado houvesse algumas alterações nessas sequências? Em longo prazo, pequenas alterações genéticas aleatórias constituem um fator que aumenta a sobrevivência de uma espécie e confere variabilidade genética. No entan- to, a alta estabilidade genética é fundamental para a sobrevivência de um organismo. O processo em que o DNA é duplicado denomina-se replicação, no qual costuma ser muito raro que ocorra qualquer alteração na sequência de nucleotídeos. Quando ocorre uma alteração, denominada mutação, pode ocorrer alteração de funções celulares, levando a doenças ou até mesmo à destruição do organismo. A duplicação do DNA atinge uma velocidade de até mil nucleotídeos por segundo! Ainda assim, a maquinaria de replicação é tão elaborada e coordenada que o faz com alta precisão e estabilidade genética. Primeiramente, para que ocorra a duplicação da dupla hélice de DNA, suas fitas precisam ser separadas e, assim, são utilizadas como fitas moldes para a construção de cadeias complementares. A dupla-hélice de DNA é muito estável sob condições fisiológicas normais. Conse- quentemente, para que haja a abertura das fitas, é necessária a participação de duas proteínas – as DNA–helicases e as proteínas ligadoras de DNA de fita simples (SSB, single strand DNA-binding). As helicases usam energia da hidrólise do ATP para separar as fitas parentais (moldes) de DNA (Figura 16). As SS B não realizam a abertura da dupla-fita, contudo, são importantes estabilizando a conformação de fita simples, o que evita a formação de pequenos grampos de DNA. Essas ligações em forma de grampos podem prontamente ocorrer em fitas sim- ples com a complementaridade de bases e acarreta no impedimento da síntese de DNA catalisada pela DNA polimerase. 23 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida DNA Original Topoisomerase Nucleotídeos livres Helicase DNA polimerase Adenina Timina Citosina Guanina Figura 16 – Replicação do DNA Fonte: Adaptado de Getty Images As fitas moldes, uma vez separadas, não voltam a se unir. Isso se dá, pois, as cadeias recém-sintetizadas permanecem ligadas às suas respectivas fitas de DNA molde, formando duas novas duplas-hélices de DNA idênticas à anterior. As novas duplas-hélices portarão uma fita preexistente e uma fita recém-sintetizada. Esse mecanismo de replicação é determinado como semiconservativo. As posições nas quais a hélice inicialmente é aberta são chamadas de origens de replicação. Para que ocorra a síntese da nova fita (cadeia polinucleotídica), as enzimas DNA polimerases (Figura 17) catalisam as ligações fosfodiésteres da desoxirribose de um nucleotídeo com o fosfato do nucleotídeo livre a ser adicionado. Diz-se que são polimerases com atividade exonucleolítica revisora, o que implica que possuem a incrível e importante capacidade de, imediatamente após a adição de nucleotídeos, rever se o pareamento da base adicionada com a base da fita molde foi correto. Caso contrário, o nucleotídeo é retirado e adicionado o correto. Os nucleotídeos livres que servem como substrato à enzima DNA polimerase são desoxirribonucleosídeos 5’ trifosfatos. Todavia, para a polimerização, essa enzima necessita que haja uma pequena fita simples preexistente de RNA ou DNA iniciador com uma extremidade 3’-OH livre (também chamado de primer). Para resolver esse problema, uma enzima especializada do tipo RNA-polimerase nomeada DNA-primase forma um pequeno fragmento de RNA como iniciador, com cerca de 10 nucleotídeos, complementar às fitas-molde (já separadas pela helicase). Ao contrário da DNA polimerase, a primase pode iniciar uma nova cadeia de polinucleotídeos pela ligação de dois trifosfatos de nucleosídeo (Figura 17). 24 25 DNA polimerase Fragmento de Okazaki Iniciador de RNA DNA original Helicase Primase Topoisomerase Fita molde Fita descontínua Fita contínua Figura 17 – Enzimas presentes na replicação do DNA Fonte: Adaptado de Getty Images Vimos que a estrutura do RNA é muito semelhante à do DNA. Assim, ribonucleotídeos podem parear suas bases com as de uma fita de DNA se as duas sequências forem complementares, produzindo uma dupla-hélice híbrida DNA/RNA. O iniciador de RNA, que apresenta um grupo 3’-OH livre, pode ser estendido pela DNA-polimerase a partir dessa extremidade. A síntese de DNA sempre ocorrerá na direção 5’ → 3’, já que o crescimento da cadeia se deve à formação da ligação fosfodiéster entre o oxigênio 3’ de uma fita crescente e o fosfato de um dNTP. Além do mais, já sabermos que não existe DNA- -polimerase capaz de adicionar desoxirribonucleosídeos trifosfatos na direção 3’ → 5’. Com um iniciador pareado à fita-molde, a DNA-polimerase segue catalisando as ligações ao grupo hidroxila livre na extremidade 3’ do iniciador conforme especifica- do pela sequência da fita-molde. A energia necessária para a replicação do DNA é obtida dos próprios desoxirribo- nucleosídios trifosfato, que liberam dois fosfatos (pirofosfato) quando se ligam entre si. A síntese do DNA ocorre pela ação da DNA polimerase e pelo fornecimento de desoxirribonucleotídios. Estes estão localizados no núcleo como desoxirribonucleosídios trifosfato (dATP, dTTP, dCTP, dGTP) e são adicionados sequencialmente na extremidade 3’ da cadeia em crescimento, seguindo a ordem marcada pelos nucleotídeos da cadeia de DNA que serve de molde. Se a duplicação do DNA começasse em uma das extremidades do cromossomo, seguindo continuamente até alcançar a outra extremidade, todo o processo demoraria aproximada- mente 30 dias! No entanto, sabemos que o tempo que o DNA leva para se duplicar (fase S do ciclo celular) dura cerca de 7 h. Isso é possível porque, na realidade, a replicação do DNA acontece com múltiplas origens de replicação, uma quantidade estimada entre 20 e 80 para cada alça da cromatina. Ao decorrer da replicação, é natural a formação de supertorções de DNA emara- nhados. Estas, por sua vez, são desfeitas por proteínas DNA topoisomerase. 25 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida Um tipo, a topoisomerase I, realiza uma temporária clivagem na fita simples, vez que faz uma ligação covalente a um fosfato quebrando a ligação fosfodiéster. Como a ligação covalente que une a proteína topoisomerase I ao fosfato do DNA conserva a energia da ligação fosfodiéster,a religação é rápida e não requer forneci- mento adicional de energia. Um segundo tipo, a topoisomerase II, forma uma ligação covalente com ambas as fitas da hélice de DNA ao mesmo tempo, formando uma quebra de fita dupla temporária na hélice. Quando em uma origem de replicação a dupla-hélice do DNA se abre, forma-se a chamada bolha de replicação, cujo tamanho, em ambas as extremidades, aumenta à medida que se avança na separação das cadeias. Em cada extremidade é formada uma estrutura em formato de Y denominada forquilha de replicação. À medida em que a replicação procede, a forquilha de replicação e as proteínas associadas distanciam-se da origem de replicação. A replicação do DNA ocorre por um mecanismo dito bidirecional, não apenas porque as duas cadeias são sintetizadas em direções opostas, mas também porque duas forquilhas se formam em uma origem de replicação e se movem em direções opostas, sendo ambas as fitas-molde copiadas em cada forquilha. É importante estabelecer que cada molécula de DNA cromossomal eucariótica possui múltiplas origens de replicação. As duas forquilhas que nascem em cada origem avançam em sentidos opostos e desaparecem quando colidem com seus semelhantes nas bolhas contíguas. Em vista da orientação antiparalela das duas fitas da dupla hélice de DNA, em cada forquilha, a sequência de uma das fitas caminha na direção 5’ → 3’ e da outra fita na direção 3’ → 5’. Portanto, a primeira, ao ser copiada, teria de gerar uma fita-filha na direção 3’ → 5’, o que já sabemos que nenhuma DNA polimerase é capaz de fazer. Como, então, pode ser feita a cópia das duas fitas? A solução da célula é utilizar diferentes estratégias para a síntese de cada uma. Na síntese da fita-filha que cresce na direção 5’ → 3’ (também chamada de fita contínua ou líder), cujo molde é a fita progenitora 3’ → 5’, não há grandes com- plicações e é necessário apenas um iniciador (sintetizado pela primase) para que ocorra a replicação. Na fita líder, a DNA polimerase é mantida até o término da sua síntese, ocorrendo o acréscimo contínuo de nucleotídeos em sua extremidade 3’ à medida que a forqui- lha se desloca. No caso da outra fita-filha, que teria sua síntese teoricamente crescendo em sen- tido 3’ → 5’ (também chamada fita descontínua ou atrasada), há a formação de uma série de segmentos transitórios com cerca de 100 a 200 nucleotídeos de 26 27 comprimento (em eucariotos), comumente conhecidos como fragmentos de Okazaki. Observou-se que esses fragmentos descontínuos são sintetizados apenas nesta fita. Cada vez que a DNA polimerase completa um pequeno fragmento de Okazaki, ela deve novamente iniciar a síntese de um novo fragmento em um sítio mais adiante na fita molde. Um mecanismo especial produz uma fita iniciadora complementar à DNA poli- merase, a partir da DNA primase para sintetizar pequenos iniciadores de RNA. Em eucariotos, esses iniciadores possuem cerca de 10 nucleotídeos e são produzidos em intervalos de 100 a 200 nucleotídeos na fita descontínua. Além de bidirecional, diz-se que a replicação do DNA é assimétrica, já que uma mesma cadeia se replica de modo contínuo de um lado da bolha e de maneira des- contínua do outro lado. As enzimas DNA-polimerases são de dissociação rápida, isto é, possuem a ten- dência de sintetizar pequenos fragmentos de DNA e já desfazerem sua ligação. Isso confere uma vantagem no caso da síntese da fita descontínua, permitindo que a DNA polimerase que recém terminou a síntese de um fragmento de Okasaki seja reciclada e rapidamente já inicie a síntese de um próximo fragmento de Okasaki na mesma fita. Diante disso, como pode ser possível a síntese de longas fitas contínuas? Existe uma proteína acessória denominada cinta reguladora, a qual encaixa-se de forma a manter a DNA-polimerase firmemente associada ao DNA enquanto está sintetizando a nova fita, porém, caso a polimerase encontre uma região de DNA de fita dupla, ela é rapidamente libertada e se associa a uma nova cinta montada sobre o iniciador de RNA para a síntese do próximo fragmento de Okazaki. E agora, você deve estar se perguntando: como é possível que a cinta evite a dissociação da polimerase e isso não impeça o rápido deslocamento e a síntese da fita de DNA? Ela liga-se ao redor da hélice de DNA como se fosse um anel, de maneira que apenas uma pequena parte se liga na DNA-polimerase, e toda a cinta pode deslizar ao longo da molécula de DNA conjuntamente ao deslocamento da DNA-polimerase (Figura 18). A ilustração a seguir mostra a diferença entre uma DNA-polimerase processiva e uma nã o processiva. Ambas as DNA-polimerases se ligam à junção iniciador: molde. Após a ligação, a enzima não processiva adiciona um único dNTP à extremidade 3’ do iniciador e é liberada da junção iniciador: molde. Em contrapartida, uma DNA-polimerase processiva adiciona vários dNTPs cada vez que se liga ao molde. 27 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida Figura 18 – As DNA-polimerases sintetizam o DNA de maneira processiva Fonte: WATSON et al., 2015, p. 267 Para que a cadeia da fita descontínua possa ser uma fita completa de DNA, um Sistema de Reparo atua rapidamente para a retirada do iniciador. Dessa forma, os ribonucleotídeos na extremidade 5’ de cada fragmento de Okazaki são removidos e substituídos por desoxirribonucleotídeos. Uma enzima chamada DNA-ligase faz a ligação dos fragmentos de Okasaki, completando o processo. A DNA-ligase religa a ligação fosfodiéster utilizando uma molécula de ATP para ativar a extremidade 5’ antes da formação da nova ligação. Embora didaticamente expliquemos a replicação etapa a etapa, com uma série de proteínas, como se atuassem de forma independente, é necessário imaginar que tudo isso está ocorrendo praticamente junto (Figura 19). Figura 19 – Replicação do DNA Fonte: Adaptado de Pixabay 28 29 Para visualizar melhor e compreender estas etapas acesse o vídeo “DNA replication – 3D”. Disponível em: https://youtu.be/TNKWgcFPHqw Apesar da alta eficiência das DNA-polimerases, elas, eventualmente, cometem erros. Contudo, existe outro processo que possibilita corrigi-los, chamado de reparo de pareamento incorreto. Você vai ver isso mais adiante. Após termos compreendido o princípio básico da replicação do DNA, que se aplica tanto a procariotos quanto a eucariotos, agora vamos estudar, de maneira mais detalhada, como ela é executada e regulada, evidenciando o que difere entre esses dois grupos. Primeiramente, iremos considerar o caso das bactérias, mais simples e melhor compreendido e, por fim, discutiremos processos mais complexos observados em le- veduras (principal organismo eucarioto utilizado em estudos) e em outros eucariotos. Teste seu conhecimento: • Qual é a função da enzima DNA-Helicase? • Qual é a função da enzima DNA-Polimerase? • O que são fragmentos de Okazaki? • Qual é a função da enzima DNA-Ligase? • Qual é a função da DNA-primase? • Qual é a função da Topoisomerase? • Em qual direção a síntese de DNA sempre ocorre? Replicação do DNA em Procariontes Em células mais simples, como de bactérias, as origens de replicação são de- terminadas por sequências de DNA fita dupla formadas por centenas de pares de nucleotídeos, segmentos que atraem proteínas iniciadoras e são especialmente fáceis de separar. Vimos que o par de base A-T é unido por duas ligações de hidrogênio, enquanto o par G-C é unido por três ligações de hidrogênio. Isso implica que segmentos de DNA ricos em pares de bases A-T são relativamente mais fáceis de serem separados e estão normalmente presentes nas origens de replicação. No caso dos procariotos, usaremos como referência a bactéria Escherichia coli. Em bacté rias, uma vez que a proteína iniciadora está corretamente ligada à única origem de replicação, as forquilhas de replicação seguem de modo quase automático, em direções opostas, distanciando-se da origem até que todo o DNA contido em um único cromossomo circular seja replicado(Figura 20). 29 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida Figura 20 – Replicação do cromossomo de E. coli, com uma única origem de replicação; portanto, com um único replicon Fonte: Adaptado de edisciplinas.usp.br O genoma bacteriano é relativamente pequeno, levando cerca de 30 minutos para ser totalmente duplicado (Figura 21). Figura 21 – Genoma bacteriano Fonte: Adaptdo de ufjf.br Uma característica interessante de procariotos é sua organização de genes em operons, de forma que genes que codificam produtos com funções relacionadas são agrupados, tais como componentes de uma mesma rota metabólica. 30 31 Enfim, o único ponto de controle da replicação do DNA é o seu início. Dessa forma, o início da replicação deve ser um processo altamente controlado. O processo inicia quando múltiplas cópias de proteínas iniciadoras se ligam a sí- tios específicos no DNA localizados nas origens de replicação, enrolando o DNA em volta das proteínas, formando um grande complexo proteína-DNA que desestabiliza a dupla-hélice adjacente. A seguir, esse complexo atrai duas DNA-helicases, cada uma ligada a um carrega- dor de helicase, e elas são colocadas em torno de fitas simples de DNA adjacentes, cujas bases foram expostas pela montagem do complexo de iniciação proteína-DNA. O carregador da helicase é análogo ao montador da cinta visto anteriormente, mas possui a tarefa adicional de manter a helicase na forma inativa até que ela esteja corretamente colocada na forquilha de replicação nascente. Uma vez colocadas na posição, os carregadores se dissociam e as helicases começam a desenrolar o DNA, expondo DNA de fita simples suficiente para a DNA-primase sintetizar os primeiros iniciadores de RNA. Isso rapidamente determina o arranjo das demais proteínas para formar duas forquilhas de replicação, com maquinarias que se deslocam em direções opostas em relação à origem de replicação. Elas continuam a sintetizar DNA, até que toda a fita de DNA-molde à frente de cada forquilha tenha sido replicada. Na E. coli, a interação da proteína iniciadora com a origem de replicação é cuidado- samente regulada, e o início ocorre apenas quando há nutrientes suficientes disponí- veis para a bactéria completar todo o processo de replicação. A iniciação também é controlada de maneira a garantir que ocorra somente um ciclo de replicação do DNA a cada divisão celular. Após o início da replicação, a proteína iniciadora é inativada pela hidrólise da molécula de ATP ligada, e a origem de replicação passa por um “período refratário”. O período refratário é causado por um atraso na metilação de nucleotídeos “A” recém-incorporados na origem. A iniciação não pode ocorrer novamente até que os As estejam metilados e a proteína iniciadora restaurada ao estado com ATP-ligado. Replicação do DNA em Eucariotos A proteína SSB de eucariotos possui três subunidades, enquanto a procariótica possui apenas uma. Além disso, a DNA-primase eucariótica está incorporada em uma enzima com múltiplas subunidades que também contém a DNA-polimerase, chamada de DNA-polimerase α-primase. Esse complexo proteico inicia cada fragmento de Okasaki na fita descontínua com o RNA e, então, estende o iniciador de RNA com um pequeno segmento de DNA. Nesse ponto, as duas principais polimerases eucarióticas de replicação, δ e ε, atuam completando cada fragmento de Okasaki ao mesmo tempo em que estendem a fita contínua. 31 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida Devemos considerar que, no caso dos eucariotos, há um fator complicador, já que a maquinaria deve passar pelos nucleossomos, dispostos em intervalos de cerca de 200 pares de nucleotídeos ao longo de todo DNA. Isso pode explicar porque cada novo fragmento de Okasaki na fita descontínua é sintetizado em intervalos de 100 a 200 nucleotídeos nos eucariotos, em vez de 1000 a 2000 nucleotídeos observa- dos nas bactérias. Como os cromossomos eucarióticos são muito maiores que os dos procariotos, necessitam de uma estratégia diferente que possibilite sua replicação em tempo hábil. Como esperado, diversas forquilhas, em bolhas de replicação diferentes, deslo- cam-se de forma simultânea em cada cromossomo eucariótico. Portanto, há várias forquilhas operando de forma independente em cada cromossomo, resultando em duas hélices de DNA filhas completas. Sabemos que as várias origens de replicação não são todas ativadas simultanea- mente. Foi descoberto ativarem-se em blocos com cerca de 50 origens adjacentes, e cada uma é replicada apenas em um restrito período da fase S. Basicamente, determinou-se que uma origem contém: um sítio de ligação para a proteína de iniciação com múltiplas subunidades chamada ORC (complexo de reco- nhecimento da origem. Do inglês: origin recognition complex), uma região de DNA rica em A-T, que vimos ser mais fácil de desnaturar, e ao menos um sítio de ligação para proteínas que facilitem a ligação do ORC (Figura 22). Figura 22 – Início da replicação em organismos eucarióticos Fonte: ZAHA et al., 2014, p. 123 32 33 Com tantos locais para iniciar a replicação, como o processo é controlado para assegurar que todo o DNA seja copiado uma única vez? A explicação é a sequencialidade das etapas durante o ciclo celular. Durante a fase G1, as helicases replicativas são ligadas no DNA próximas ao ORC, criando um complexo pré-replicativo. Na passagem da fase G1 para fase S, as helicases são ativadas. A conseguinte aber- tura da dupla-hélice permite a montagem das demais proteínas replicativas, incluindo as DNA-polimerases. Há proteínas que impedem a formação de novos complexos pré-replicativos até a próxima fase M, quando todo o ciclo é reiniciado. Em geral, essas proteínas realizam a fosforilação do ORC, produzindo um complexo incapaz de interagir com novas helicases. Cada origem de replicação é ativada apenas uma vez durante cada ciclo celular. No entanto, há muitos detalhes que ainda não são compreendidos, principalmente em eucariotos. Teste seu conhecimento: • Como são organizados os genes dos procariotos? • Qual é a diferença da replicação do DNA de um procarionte de um eucarionte? • O que é o sítio de ligação ORC? Sistema de Reparo de DNA A manutenção da estabilidade genética de um organismo necessária à sobrevivência requer não apenas um mecanismo extremamente preciso para replicar o DNA, mas também mecanismos para corrigir as diversas lesões acidentais que ocorrem conti- nuamente no DNA. Grande parte das alterações espontâneas é temporária, pois são imediatamente corrigidas por um conjunto de processos chamados coletivamente de reparo do DNA. Das dezenas de milhares de alterações aleatórias geradas a cada dia no DNA de uma célula humana por calor, acidentes metabólicos, radiações de vários tipos e exposição a substâncias ambientais, apenas algumas alterações (menos de 0,02%) acumulam-se como mutações permanentes na sequência de DNA. O restante é eliminado com uma eficiência impressionante pelo reparo de DNA. Quem nunca foi à praia no verão pegar aquele bronze que atire a primeira pedra! Nossa sorte é que as células possuem um mecanismo para consertar as lesões do DNA provocadas pela luz UV do Sol, que causa câncer. O professor Carlos Menck explica como isso funciona. Disponível em: https://youtu.be/Z6X4opmzhdI 33 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida Sem o reparo do DNA, as lesões espontâneas rapidamente modificariam as sequ- ências de DNA. A estrutura de dupla-hélice do DNA é perfeitamente adequada para o reparo, pois possui duas cópias separadas de toda a informação genética – uma em cada fita. Portanto, quando uma das fitas é danificada, a fita complementar possui uma cópia intacta da mesma informação, sendo normalmente usada para restaurar a sequência nucleotídica correta na fita danificada. Uma indicação da importância da dupla hélice é que todas as células a utilizam. Apenas uns poucos vírus utilizam uma fita simples de DNA ou de RNA como ma- terial genético.Uma mutação potencial pode ser introduzida pela incorporação errônea de uma G base em um primeiro ciclo de replicação. No segundo ciclo de replicação, a mutação torna-se permanentemente incorporada à sequência de DNA (WATSON et al., 2015). Figura 23 – A replicação pode transformar uma base mal-incorporada em uma mutação permanente Fonte: WATSON et al. , 2015, p. 315 Há duas principais vias de reparo. Em ambas, a lesão é removida, a sequência de DNA é restaurada por uma DNA-polimerase utilizando a fita não danificada como molde, e a quebra resultante na dupla-hélice é ligada pela DNA-ligase. As duas vias, no entanto, removem as lesões de diferentes formas. A primeira, deno- minada reparo por excisão de bases, utiliza enzimas DNA-glicosilases, capazes de reconhecer cada qual um tipo específico de base alterada no DNA e de catalisar a remoção hidrolítica. O principal fator de reconhecimento de qual base está errada é a projeção do nucleotídeo alterado para fora da hélice. Uma vez reconhecida a lesão, a enzima remove a base do açúcar e a lacuna originada é reconhecida pela endonuclease AP (AP para apúrica ou apirimídica, e endo refere-se à nuclease que cliva dentro da cadeia polinucleotídica) que cliva a cadeia fosfodiéster. A depurinação, tipo de lesão 34 35 mais frequente sofrida pelo DNA, também é diretamente corrigida começando pela endonuclease AP. A segunda principal via de reparo é chamada de reparo por excisão de nucleo- tídeos. Esse mecanismo pode corrigir uma lesão causada por praticamente qualquer alteração volumosa na estrutura da dupla-hélice de DNA. Uma vez encontrada uma lesão, a cadeia fosfodiéster da fita anormal é clivada nos dois lados da distorção, e a DNA-helicase remove o oligonucleotídeo de fita simples contendo a lesão. O intervalo produzido na hélice de DNA é corrigido pela DNA-polimerase e pela DNA-ligase. Uma situação especial ocorre no DNA de vertebrados, em que determi- nados nucleotídeos C são metilados em sequências CG específicas e é associado a genes inativos. Se o DNA celular estiver extremamente danificado, esses principais mecanismos de reparo, em geral, não serão suficientes para corrigi-lo. As DNA-polimerases altamente precisas param quando encontram um DNA danificado e, no caso de emergências, as células usam polimerases de reserva. Utilizam-se as polimerases menos precisas, conhecidas como polimerases translesão, para replicação durante a lesão do DNA. Essas polimerases não possuem atividade de correção e são muito menos criterio- sas do que as polimerases replicativas na escolha do nucleotídeo a ser inicialmente incorporado. Provavelmente por isso, essas polimerases translesão são capazes de adicionar apenas um ou poucos nucleotídeos antes de a polimerase replicativa de alta precisão continuar a síntese de DNA. Um tipo de lesão no DNA potencialmente perigosa ocorre quando as duas fitas da dupla-hélice são quebradas, não havendo uma fita molde intacta para o reparo. As quebras desse tipo são causadas por radiação ionizante, erros na replicação, agentes oxidantes e alguns outros metabólitos produzidos pela célula. Se essas lesões não forem corrigidas, rapidamente resultarão na degradação dos cromossomos em fragmentos menores e na perda de genes na divisão celular. Um dos mecanismos para corrigir esse tipo de dano é a ligação de extremidades não homólogas, em que as extremidades da quebra são simplesmente justapostas e religadas, geralmente, com a perda de nucleotídeos no sítio da ligação. Esse mecanismo de ligação de extremidades é uma resposta comum nas células somáticas de mamíferos, parecendo uma solução aceitável para religar cromosso- mos “quebrados”. Um mecanismo de reparo de quebras na fita dupla mais preciso acontece quando o DNA é recém-sintetizado, ocorrendo reparação usando a cromátide-irmã como molde. 35 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida Teste seu conhecimento: • O que é reparo de DNA? Quais são as 2 principais vias? • Qual é o principal fator de reconhecimento de qual base está errada? • Que fatores podem ocasionar lesão no DNA onde as duas fitas da dupla-hélice são quebradas? • O que acontece se as lesões não forem corrigidas rapidamente? Metilação: O Reparo de DNA e o Câncer A importância da correção de pareamento incorreto em humanos é bem evidente em indivíduos que herdam uma cópia defeituosa de um gene de reparo (com uma cópia funcional do gene no outro cromossomo). Esses indivíduos apresentam uma predisposição significativa para certos tipos de câncer. Em um tipo de câncer de cólon, chamado de Câncer de Cólon Heredi- tário sem Polipose (HNPCC, Hereditary Non-Polyposis Colon Cancer), mutações espontâneas no único gene funcional produzem clones de células somáticas que, devido à deficiência no Sistema de Reparo de pareamento incorreto, acumulam mutações rapidamente. Determinados genes são chamados genes supressores de tumor, nos quais mu- tações que levem à perda de função podem contribuir para o câncer. Dessa forma, uma alteração em um gene humano cujo produto atua no reparo de pares de bases mal pareadas resultantes de erros na replicação do DNA podem causar predisposição hereditária a cânceres de cólon e alguns outros órgãos, devido à aumentada taxa de mutações. Um outro exemplo são mutações nos genes BRCA1 e BRCA2, que comprome- tem um tipo de reparo de DNA conhecido como recombinação homóloga e são a causa do câncer hereditário de mama e ovário. Talvez você se lembre de um caso famoso em que uma atriz fez a retirada desses órgãos por possuir a mutação nos genes BRCA1 e BRCA2 o que lhe conferia um risco aumentado de câncer. Entenda mais sobre os genes BRCA1 e BRCA2. Acesse em: https://bit.ly/3gX7gsd A metilação do DNA eucariótico possui vários usos e ocorre, sobretudo, nos nucleotídeos de citosina (C), principalmente, na sequência CG. Um reflexo da impor- tância da metilação do DNA em humanos é a associação dos padrões de metilação “incorretos” durante a progressão do câncer. 36 37 Por exemplo, o MLH1 e outros genes de reparo de pareamento incorreto de DNA silenciados por metilação do DNA estão envolvidos na causa de câncer de cólon. O vídeo disponível no link a seguir mostra os mecanismos epigenéticos e a sua importân- cia no desenvolvimento e no crescimento celular e como eles são fundamentais na altera- ção de genes que levam à formação de tumores. Explica detalhadamente os processos de metilação e de desmetilação do DNA, enfatizando o papel de cada enzima nesse processo. Disponível em: https://youtu.be/6pS0BiizwWg Apesar de apenas cerca de 3% dos nucleotídeos C serem metilados no DNA de humanos, as mutações nesses nucleotídeos metilados respondem por cerca de um terço das mutações pontuais (envolvendo uma única base) observadas nas doen- ças hereditárias. A maioria dos cânceres surge a partir de células que acumularam múltiplas muta- ções. As células deficientes para esse Sistema de Reparo apresentam chance muito aumentada de se tornarem cancerosas. Todas as células de um organismo têm a mesma sequência de DNA, mas cada tipo de célula usa só uma parte da informação total contida na molécula. No câncer, esse processo é alterado por meio da chamada metilação de DNA. Para entender esses conceitos e como eles afetam a progressão dos tumores e saber o que é Epigenética, veja os vídeos apontados nos links a seguir. • Expressão de genes e metilação de DNA, disponível em: https://youtu.be/i8UaHnorqcQ • Como as escolhas que você faz podem afetar seus genes – Carlos Guerrero-Bosagna, disponível em: https://youtu.be/_aAhcNjmvhc Teste seu conhecimento: • O que são genes supressores de tumor? • O que é metilação? 37 UNIDADE Descobrindo o DNA e a Origem da Vida Material Complementar Indicações para saber mais sobre os assuntos abordados nesta Unidade: Livros Biologia Molecular da célula ALBERTS, B. Biologia Molecular da célula. 6.ed. Porto Alegre: ArtMed, 2017. Leitura Dogma Central e material genéticohttps://bit.ly/2DBskGo Velocidade e precisão na replicação do DNA https://bit.ly/3iX1tVD Replicação do DNA em procariontes e eucariontes https://bit.ly/2DCnx7z Verificação e reparo do DNA https://bit.ly/3iX1Q2t Predisposição hereditária ao câncer de mama e sua relação com os genes BRCA1 e BRCA2: revisão da literatura https://bit.ly/3h02wSY 38 39 Referências ALBERTS, B. Biologia Molecular da célula. 6.ed. Porto Alegre: ArtMed, 2017. DE ROBERTIS, E. M. Biologia celular e molecular. 16.ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2014. JUNQUEIRA, L. C. U.; CARNEIRO, J. Biologia Celular e Molecular. 9.ed. Rio de Janeiro: Guanabara, 2015. LODISH, H. et al. Biologia celular e molecular. 7.ed. Porto Alegre: ArtMed, 2014. WATSON, J. D. et al. Biologia Molecular do Gene. 7.ed. Porto Alegre: Artmed, 2015. ZAHA, A, et al. Biologia Molecular Básica. 5.ed. Porto Alegre: Artmed, 2014. 39
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