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Microbiologia Introdução a bacteriologia Microbiologia É inteiramente destinada ao estudo dos microrganismos (bactérias, fungos, vírus, protozoários), e do modo como eles funcionam. Além disso, trata a diversidade, evolução e ecologia das células microbianas. Consiste no entendimento da natureza e funcionamento do mundo microbiano É a aplicação do nosso entendimento acerca da microbiologia, para benefício da humanidade e do planeta Terra. A microbiologia é dividida em: Microrganismos celulares Bactérias Fungos Algas unicelulares Protozoários Microrganismos Acelulares Vírus Viróides Príons Microrganismos Eles existiam na Terra há bilhões de anos antes do surgimento das plantas e dos animais. Isto é, eles foram as primeiras formas de vida na Terra. São as menores formas de vida que estavam presentes Coletivamente eles constituem a maior parte da biomassa da Terra e executam muitas reações químicas essenciais para os organismos superiores. Atividade das Células Microbianas Propriedades de todas as células Metabolismo: Eles possuem metabolismo para sobreviver, porque necessitam da produção de energia, ou seja, precisam da produção de ATP para produzir energia. Além disso, o metabolismo é dividido em dois tipos: Anabolismo: Sintetiza alimentos Catabolismo: Degrada alimentos Crescimento: As células bacterianas precisam se multiplicar, porque crescendo através da utilização de seu metabolismo e nutrientes ali presente elas conseguem formar novas células filhas. Então, é somente a partir da multiplicação bacteriana que essa célula sobrevive. Caso contrário, ela poderá formar esporos (é uma forma de resistência bacteriana para conseguir se manter viva). Portanto, o objetivo da célula bacteriana é se multiplicar para perpetuar sua espécie. Evolução: As células microbianas em geral tem grande capacidade de evolução. Isso significa que elas se diferenciaram de uma célula ancestral e formaram espécies distintas. Propriedades de algumas células microbianas específicas Diferenciação: Algumas células podem formar novas estruturas celulares, como os esporos, os quais são estruturas de resistência bacteriana. Diante disto, essas estruturas serão formadas quando a célula estiver sob estresse físico ou químico e com falta de algum nutriente. Comunicação: Elas podem se interagir uma com a outra, e esta interação acontece sobre um poro, os quais são chamados de metabólicos químicos. Estes metabólicos são liberados pelas células microbianas e é através deles que elas se comunicam. Portanto, trata- se de uma comunicação através de espécies químicas. Intercâmbio genético: Acontece quando uma célula doadora que possui DNA e doa-o para uma célula receptora. Exemplo: Transferência de material genético, principalmente, nas bactérias de resistências. Então, o gene pode ser passado de uma bactéria de resistência para outra que não seja resistente, e é a partir daí que ela irá se tornar resistente. Motilidade: Existe a motilidade por meio do flagelo e outra por meio do deslizamento. Posto isto, algumas bactérias possuem proteínas em sua membrana e elas fazem uma espécie de deslizamento sobre a superfície. E existem bactérias que possuem caudas para auxiliarem na sua locomoção, como os flagelos. Estruturas e funções das células microbianas Estruturas são compartimentos vivos que interagem com o meio circundante e com outras células de forma dinâmica. Suas estruturas em geral são: Procarioto (Bactérias) São células menores Cromossomos: Possuem um menor número de cromossomos, além disso possuem DNA circular (plasmídeos). Membrana nuclear: ausente Aparelho mitótico: ausente Mitocôndria: Ausente Cloroplasto: ausente Aparelho de golgi: ausente Retículo endoplasmático: ausente Lisossomos: ausente Ribossomos: são 70S (dividido em sublimidade 50S e a outra em 30S) e estão distribuídos no citoplasma. Membrana citoplasmática: sem esterol Peptidoglicano Eucariotos São células maiores Cromossomos: Possuem um maior número de cromossomos. Membrana nuclear: presente Aparelho mitótico: presente Mitocôndria: presente Cloroplasto: presente Aparelho de golgi: presente Retículo endoplasmático: presente Lisossomos: presente Ribossomos: são 80S, e estão ligados a membrana. Membrana citoplasmática: com esterol Peptidoglicano: ausente Evolução das Células microbianas Antigamente, aproximadamente 6 bilhões de anos, não existia nenhuma estrutura presente na Terra, só havia a presença de compostos químicos. Logo, começou a surgir a vida celular, e a partir dela surgiram as primeiras estruturas chamadas de bactérias amórficas (sem oxigênio ou anoxigênica). Por conseguinte, estas bactérias fototrópicas foram se diferenciando e originaram as cianobactérias. Consequentemente, estas cianobactérias fizeram a produção de oxigênio através do metabolismo, e a partir daí a Terra deixou de ser anóxica e começou a ser oxigenada lentamente. Posto isto, ocorreu a evolução das espécies e surgiram os primeiros eucariotos. Diante disso, originou-se uma diversidade de algas e através destas o teor de oxigênio da Terra aumentou, e assim esta passou-se de lentamente oxigenada para muito oxigenada. Mediante a essa diversidade de algas e o aumento da presença de oxigênio, os eucariotos foram se diferenciando e acarretou nos primeiros invertebrados. Logo depois, surgiram as plantas vasculares e adiante vieram os mamíferos e os seres humanos. Em suma, tudo isso teve início por meio das bactérias Além disso, há uma teoria que diz que o LUCA, foi o primeiro ancestral comum que todas as espécies tiveram, e foi ele quem deu origem as bactérias amórficas, diferenciando os grupos em: Bactérias Arqueas Eucárias Portanto, todas as bactérias fototrópicas foram responsáveis pela primeira oxigenação das células. Diversidade das Células Microbianas Diferentemente das plantas e animais, os quais os ossos, fósseis, folhas e similares podem ser utilizados na reconstrução de filogenias, estes restos não estavam disponíveis para orientar a construção de uma árvore evolutiva microbiana. Isto é, as bactérias são diferentes, nos eucariotos a evolução se dá a partir da teoria evolucionária, a qual diferenciava as espécies de acordo com a evolução, se tinha um membro em comum e etc. Já as bactérias não tinham estes ancestrais para serem identificadas, porque antigamente a teoria evolucionária era feita a partir dos fósseis, deterioritos e análises filogenéticas presentes nos materiais e nas bactérias não se encontravam estes materiais, porque eles já haviam se perdido, mutado ou diferenciado. Então, a partir de 40 anos atrás surgiram as análises moleculares chamada de “Era Genômica”. A partir daí foi possível crescer a área da bacteriologia de maneira exponencial, porque através das tecnologias para identificar estes genes foi possível incorporar e diferenciá-los. E estes são diferenciados por meio de uma estrutura comum entre todos, e a estrutura utilizada para análise filogenética são os ribossomos da unidade 70S. No entanto, as descobertas realizadas nos últimos 40 anos ou mais, tem demonstrado claramente que cada célula contém um registro de sua história evolucional incorporada em seus genes. A tecnologia para revelar a fotogenia de um microrganismo a partir dos seus genes de RNA ribossomal já se encontra bem desenvolvido, e a partir de apenas algumas células, uma árvore filogenética que mostra a posição de qualquer organismo em relação aos seus adjacentes pode ser construída. Então, os genes que codificam RNA ribossomais aparecem como excelentes indicadores da diversidade microbiana. Eé a partir desta tecnologia que se sabe se as bactérias é Gram positiva ou Gram negativa. Essa tecnologia ocorre através da: Extração de DNA da célula Produção de gene, multiplicando o DNA presente, de maneira laboratorial. Mas utiliza-se apenas a parte do DNA que codifica o gene do ribossomo 16S. Além disso é feito uma estrutura de PCR da amostra. Aumentar o número de cotas de genes A partir do número de cotas faz-se um sequenciamento do gene observando a ordem desta sequência. É feito uma análise, através de um banco de dados onde estão presente todas as bactérias e estes irão pegar a sequência que foi feita, e irão incorporar com todas as outras do banco de dados, verificando se ela tem homologia ou não. A partir daí será gerado uma árvore que irá identificar qual é a proximidade desta bactéria Então será possível diferenciar as bactérias do reino arquea e do reino eucária. Os microrganismos e seus respectivos ambientes Os microrganismos possuem seu habitat natural: 1. A maioria dos microrganismos estão no mar. Cerca de 66% 2. Outros microrganismos estão em ambiente terrestre. Cerca de 28%. 3. Ainda encontra-se microrganismos presentes no solo. Cerca de 4,8% 4. E o restante está presente em todos os outros habitats representando apenas 1% de todos os microrganismos existentes. São aqueles que causam patogenia, bioformação de biofilme e etc. Como também, eles não gostam de viver em comunidades (colônias), ao contrário das bactérias não patogênicas. Microbiologia: Contexto Histórico A descoberta dos microrganismos está associada a invenção do microscópio. Só a partir daí que foi possível esmiuçar as estruturas Robert Hooke O matemático e historiador natural inglês Robert Hooke (1635-1703), foi o primeiro a relatar a descoberta dos microrganismos. Ele relatou no seu livro, “Micrographia” (1665), o qual foi o primeiro livro dedicado as observações microscópicas. Hooke ilustrou, entre vários outros temas, as estruturas de frutificação de Bolores. Segundo relato Este relato também veio por meio da invenção do microscópio, porém foi relatado as bactérias e suas estruturas de frutificação, que são os fungos. Antoni Van Lewwenhek (1632-1723) Foi o primeiro comerciante holandês e microscopista armador a visualizar bactérias. Ele descobriu as bactérias em 1676 enquanto estudava infusões aquosa de pimenta – “pequenos animálculos”. Os quais eram pequenas estruturas bacterianas presentes. Ferdinand Cohn Logo depois, Cohn fundou o campo da bacteriologia e descobriu os endósporos bacterianos (estrutura de resistência), os fundamentos para um sistema de classificação bacteriana. Além disso, desenvolveu muitos métodos altamente eficazes para prevenir a contaminação de meios de cultura, como a utilização de algodão para fechar os frascos e tubos. Posto isto, a partir daí ele observou que esterilizando os animálculos estes não estariam presentes mais. Louis Pasteur Ele criou experimentos engenhosos provando que os organismos vivos não surgem espontaneamente a partir da matéria inanimada. Pasteur desenvolveu muitos conceitos e técnicas centrais para a ciência da microbiologia, incluindo a esterilização de vacinas para seres humanos e outros animais. Teoria: Ele esterilizou o líquido através do fogo, e colocou um gargalo. Partindo daí ele percebeu que se o gargalo ficasse por um longo tempo o líquido permaneceria estéril. Mas, se ele deixasse a garrafa deitada e o líquido entrasse em contato com o ar por um longo período de tempo este líquido apodreceria. Então ele percebeu que o ar tinha presença de algumas estruturas que apodreciam os alimentos. Robert Koch Desenvolveu “Postulados de Koch” para conectar as causas e efeitos nas doenças infecciosas. Foram os primeiros meios e reproduzíveis para obtenção e manutenção de microrganismos em cultura pura. Foi ele quem deu início a ideia de que os microrganismos eram capazes de causar algum tipo de doença – identificando isso através de animais doentes – Posto isto, ele retirou o sangue do animal doente e colocou em um meio de cultura, assim foi possível verificar que crescia bactérias nesse meio. E se ele inoculasse estas bactérias em um animal sadio, este adoeceria também. Assim como, se ele retirasse o sangue deste animal sadio seria encontrado estruturas que estavam presentes no sangue do outro animal doente Então, ele observou também que se inoculasse o sangue do animal doente em um sadio não haveria crescimento destas culturas. Diante disso, ele relatou que os microrganismos causavam patogenias. Martinus Beijerink e Sergei Winogradsky Eles exploraram o solo e a água em busca de microrganismos capazes de realizar processos naturais importantes como ciclagem de nutrientes, biodegradação de substâncias específicas de cultura de enriquecimento e os conceitos de quimiolitotroficação de fixação de nitrogênio. Século XX Da metade até a última parte do século XX surgiram várias subdisciplinas básicas e aplicadas da microbiologia. Essas abriram caminho para a era contemporânea da microbiologia molecular, com as ciências genômicas atualmente no centro desse palco.