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MICROBIOLOGIA AMBIENTAL DISCIPLINA DE MICROBIOLOGIA AMBIENTAL Dados da disciplina Bibliografia • MADIGAN, M. T., MARTINKO, J. M., BUCKLEY, D. H., STAHL, D. A. Microbiologia de Brock. Ed. Artmed, 14ª ed., Porto Alegre, 2016. • TORTORA, J. G. Microbiologia. Ed. Artmed, 8ª ed., Porto Alegre, 2005. (2016) • TRABULSI, L. R.(org). Microbiologia. Atheneu Editora, 6ª ed., 2004. Dados da disciplina Bibliografia complementar • CAMPOS, J.R. (Coord.). Tratamento de esgotos sanitários por processo anaeróbio e disposição controlada no solo. Rio de Janeiro: ABES, Projeto PROSAB, 1999. • INGRAHAM, J. L., INGRAHAM, C. A. Introdução à Microbiologia: uma abordagem baseada em estudos de casos. Cengage Learning. 3ª ed. São Paulo, 2010. • PELCZAR, M..J., CHAN, E.C.S.; KRIEG, N.R. Microbiologia: Conceitos e Aplicações. Makron Books, 2ª ed., vol.1, São Paulo, 1997. • MAIER, R. M., PEPPER, I. L., GERBA, C. P. Environmental Microbiology. Academic Press. United States of America, 2000. • SATO, M.I.Z. (Coord). Microbiologia ambiental. São Paulo: CETESB, 2004. MICROBIOLOGIA AMBIENTAL RELEMBRANDO CONCEITOS DE MICROBIOLOGIA Relembrando conceitos de Microbiologia ESTUDO DE ORGANISMOS MICROSCÓPICOS mikros = pequeno bio = vida logos = ciência Relembrando conceitos de Microbiologia Microbiologia Ramo da biologia que estuda os seres vivos microscópicos nos seus mais variados aspectos como morfologia, estrutura, fisiologia, reprodução, genética, taxonomia e também a interação com outros seres e com o meio ambiente. Relembrando conceitos de Microbiologia Unidades Relembrando conceitos de Microbiologia Classificação dos seres vivos • 1735 – C. Linnaeus introduziu um sistema formal de classificação, dividindo os organismos em dois reinos: Plantae e Animalia. Relembrando conceitos de Microbiologia Classificação dos seres vivos Relembrando conceitos de Microbiologia Classificação dos seres vivos • 1735 – C. Linnaeus introduziu um sistema formal de classificação, dividindo os organismos em dois reinos: Plantae e Animalia. • 1866 – E. H. Haeckel sugeriu a criação do reino Protista, englobando bactérias, algas, fungos e protozoários. Relembrando conceitos de Microbiologia Classificação dos seres vivos Relembrando conceitos de Microbiologia Classificação dos seres vivos • 1735 – C. Linnaeus introduziu um sistema formal de classificação, dividindo os organismos em dois reinos: Plantae e Animalia. • 1866 – E. H. Haeckel sugeriu a criação do reino Protista, englobando bactérias, algas, fungos e protozoários. • 1969 – R. H. Wittaker expande esse sistema para cinco reinos, com base em estudos sobre ultraestrutura celular (procariotos e eucariotos) e a forma de cada grupo de obter energia e alimento: Animais, Plantas, Fungos, Protistas (microalgas e protozoários) e Monera (bactérias e algas azul-verdes). Relembrando conceitos de Microbiologia Classificação dos seres vivos Relembrando conceitos de Microbiologia Classificação dos seres vivos Relembrando conceitos de Microbiologia Classificação dos seres vivos • 1735 – C. Linnaeus introduziu um sistema formal de classificação, dividindo os organismos em dois reinos: Plantae e Animalia. • 1866 – E. H. Haeckel sugeriu a criação do reino Protista, englobando bactérias, algas, fungos e protozoários. • 1969 – R. H. Wittaker expande esse sistema para cinco reinos, com base em estudos sobre ultraestrutura celular (procariotos e eucariotos) e a forma de cada grupo de obter energia e alimento: Animais, Plantas, Fungos, Protistas (microalgas e protozoários) e Monera (bactérias e algas azul-verdes). • 1979 – C. Woese propôs um novo sistema com base no RNA ribossomal: domínio Archaea (incluindo bactérias metanogênicas, bactérias termófilas, bactérias acidófilas e bactérias halófilas), Bacteria (incluindo as demais bactérias e as cianobactérias) e Eukarya (incluindo plantas, animais, fungos, protozoários e algas). Relembrando conceitos de Microbiologia Classificação atual dos seres vivos • Eukarya: Animais, plantas e fungos • Bacteria: todos os procariotos patogênicos, bem como muitos dos procariotos não patogênicos encontrados no solo e na água. Os procariotos fotoautotróficos pertencem ao domínio. • Archaea: procariotos que não possuem peptideoglicano em suas paredes celulares. Frequentemente vivem em ambientes extremos e realizam processos metabólicos incomuns. Inclui três grupos principais: metanogênicos, halófilos extremos e hipertermófilos. Relembrando conceitos de Microbiologia Classificação dos seres vivos Relembrando conceitos de Microbiologia Classificação dos seres vivos Relembrando conceitos de Microbiologia Classificação dos seres vivos Relembrando conceitos de Microbiologia Hierarquia taxonômica MICROBIOLOGIA AMBIENTAL CONCEITOS DE ECOLOGIA MICROBIANA Conceitos de Ecologia Microbiana Microbiologia Ambiental • Interface entre as Ciências Ambientais e a Ecologia Microbiana. • Se dedica ao estudo da fisiologia, genética, interações e funções dos microrganismos no ambiente. • Faz parte do cenário científico mundial como uma área de estudo fundamental e inserida em diversos temas de grande importância, como biorremediação, biocatálise, biocombustíveis, controle biológico, fertilizantes, dentre outros. • Tem o objetivo maior de manter a qualidade ambiental e contribuir para o desenvolvimento sustentável da sociedade moderna. Fonte: Sociedade Brasileira de Microbiologia - https://sbmicrobiologia.org.br/areas/microbiologia-ambiental/. Conceitos de Ecologia Microbiana Ecologia Microbiana Estudo dos microrganismos em seus ambientes naturais. Mais especificamente, pode ser definida como a ciência que estuda a forma como as populações microbianas se agrupam para formar comunidades e a maneira pela qual as comunidades microbianas interagem entre si e com seu meio ambiente. Conceitos de Ecologia Microbiana População microbiana Grupo de microrganismos da mesma espécie que reside no mesmo local ao mesmo tempo. Comunidade microbiana Duas ou mais populações microbianas coexistindo e interagindo em um hábitat. Conceitos de Ecologia Microbiana Ecossistema Um complexo dinâmico de organismos (como comunidades de plantas, animais e microrganismos)e seus arredores abióticos, interagindo como uma unidade funcional. Contém diversos hábitats diferentes: porções do ecossistema mais adequadas a uma ou a um pequeno número de populações. Certos ecossistemas são principalmente ou exclusivamente microbianos. Hábitat Um ambiente dentro de um ecossistema no qual uma comunidade microbiana pode residir. Conceitos de Ecologia Microbiana Nicho Local onde um organismo cresce em uma comunidade, incluindo fatores tanto bióticos quanto abióticos. Nicho fundamental Os diversos ambientes nos quais uma espécie será mantida quando os recursos não são limitados, como pode-se resultar da competição com outras espécies. Nicho realizado A diversidade de ambientes naturais que suportam uma espécie quando este organismo enfrenta fatores como limitação de recursos, predação e competição de outras espécies. Conceitos de Ecologia Microbiana Nicho A maneira como um determinado organismo vive, ou seja, seu papel em determinado ecossistema. Nicho fundamental Engloba todas as condições e recursos que permitem uma determinada espécie existir e reproduzir-se. Nicho realizado Descreve um intervalo mais limitado, levando também em consideração a presença de competidores e predadores. Ou seja, o nicho efetivo é a faixa ambiental onde realmente se encontra uma determinada espécie. Conceitos de Ecologia Microbiana Associação Populações microbianas metabolicamente similares que exploram os mesmos recursos, de maneiras semelhantes. Conceitos de Ecologia Microbiana Riqueza Número total de espécies diferentes presentes em uma comunidade. Abundância Quantidade ou proporção de cada espécie na comunidade. MEDIDAS DE DIVERSIDADE Conceitos de Ecologia Microbiana Estudo das atividades microbianas • Tipos de atividade: dependem da composição de espécies, do tamanho das populações e do estado fisiológico dos microrganismos presentes em cada hábitat. • Taxas das atividades: controladas pelos nutrientes e pelas condições de crescimento que prevalecem em seus hábitats. MICROBIOLOGIA AMBIENTAL MÉTODOS EM ECOLOGIA MICROBIANA Métodos em Ecologia Microbiana Análises de comunidades microbianas dependentes de cultivo A maioria dos microrganismos (mais de 99%) nunca foi cultivada em laboratório. Mas o cultivo de um microrganismo permanece a única maneira de caracterizar completamente suas propriedades e prever o seu impacto no ambiente. Métodos em Ecologia Microbiana Análises de comunidades microbianas dependentes de cultivo 1. Enriquecimento - Utilização de meios de cultura e condições de incubação seletivos para o isolamento de microrganismos específicos de amostras naturais. 2. Isolamento - Cultura pura contendo um único tipo de microrganismo. Métodos em Ecologia Microbiana Análises microscópicas de comunidades microbianas independentes de cultivo 1. Métodos gerais de coloração. 2. Hibridização fluorescente in situ (FISH) - Emprega um corante fluorescente ligado covalentemente a uma sonda de ácido nucleico específica, visando a identificação ou o rastreamento de organismos no meio ambiente. Métodos em Ecologia Microbiana Análises genéticas de comunidades microbianas independentes de cultivo 1. Métodos baseados em PCR - Amplificação artificial de uma sequência de DNA, a partir de ciclos repetidos envolvendo a separação e a replicação das fitas. 2. Microarranjos - Pequenos suportes sólidos aos quais os genes ou partes de genes são fixados e organizados espacialmente em um padrão conhecido. 3. Métodos relacionados com a genômica ambiental. Métodos em Ecologia Microbiana Métodos em Ecologia Microbiana Medida das atividades microbianas na natureza 1. Ensaios químicos, métodos radioisotópicos e microssensores. 2. Isótopos estáveis. 3. Espectrometria de massa, citometria de fluxo e FISH-MAR. 4. Sondas de isótopos estáveis e genômica de células individuais. MICROBIOLOGIA AMBIENTAL DIVERSIDADE MICROBIANA Diversidade microbiana Diversidade microbiana Diversidade microbiana Fonte: Dopson, Ni e Sleutels (2015). Diversidade microbiana Diversidade microbiana Diversidade microbiana A diversidade de populações microbianas indica que elas tiram proveito de qualquer nicho encontrado em seu ambiente. GRANDE DIVERSIDADE METABÓLICA E FISIOLÓGICA GRANDE ÁREA SUPERFICIAL PEQUENO TAMANHO ALTAS TAXAS DE ATIVIDADE METABÓLICA E CRESCIMENTO Diversidade microbiana Em qualquer ecossistema cujos recursos e condições de crescimento são adequados, os microrganismos podem crescer formando populações. Diversidade microbiana Os microrganismos definem os limites da vida ao longo do ambiente aquático e terrestre em nosso planeta. Quais fatores ambientais influenciam os microrganismos? Diversidade microbiana Lei do mínimo de Liebig A biomassa total de um organismo é determinada pelo nutriente presente em menor concentração no ambiente em relação aos seus requerimentos. Diversidade microbiana Fatores ambientais - Disponibilidade de nutrientes Oligotrófico Organismo que cresce melhor em ambientes pobres em nutrientes. Tem baixa taxa de crescimento. Eutrófico Organismo que cresce melhor em ambientes ricos em nutrientes. Diversidade microbiana Lei da tolerância de Shelford Independentemente dos nutrientes, existem limites para fatores ambientais, abaixo e acima dos quais um microrganismo não consegue sobreviver. Principais fatores que controlam o crescimento microbiano: temperatura, pH, disponibilidade de H2O e O2. Diversidade microbiana Fatores ambientais - O2 O requerimento de O2 depende do metabolismo do organismo. Aeróbio Organismo que cresce na presença de O2 (20%). Pode ser facultativo, obrigatório ou microaerífilo. Microaerófilo Organismo que requer O2 em tensões inferiores à tensão do ar (2 - 10%). Diversidade microbiana Fatores ambientais - O2 O requerimento de O2 depende do metabolismo do organismo. Anaeróbio Organismo que cresce na ausência de O2. Alguns podem atéser mortos pelo O2 (anaeróbios obrigatórios ou estritos). Anaeróbio aerotolerante Organismo anaeróbio cujo crescimento não é inibido pelo O2. Diversidade microbiana Fatores ambientais - O2 Diversidade microbiana Fatores ambientais - Molaridade e salinidade Os microrganismos estão sujeitos à mudanças de pressão osmótica, uma vez que a sua membrana plasmática é permeável à água. Diversidade microbiana Diversidade microbiana Fatores ambientais - Molaridade e salinidade Halotolerante Organismo capaz de crescer na presença de NaCl, mas não requer sua presença. Halófilo Organismo que requer sal para seu crescimento (> 0,3 M NaCl). Principalmente Archaea que conseguem aumentar a molaridade do seu citoplasma. • Levemente halófilo: 0,3 - 0,8 M. • Halófilo moderado: 0,8 - 3,4 M. • Halófilo extremo: > 3,4 M. Mar: 599 mM NaCl. Diversidade microbiana Fatores ambientais - pH Citoplasma: pH de 7,2 Diversidade microbiana Fatores ambientais - pH Neutrófilo Organismo que apresenta melhor crescimento em pH próximo a 7 (pH 5,5 - 7,9). Acidófilo Organismo que exibe melhor crescimento em pH ácido (pH < 5). Inclui Bacteria, Archaea e Eukaryota. • Acidófilo extremo: pH < 3. Alcalifílico Organismo que cresce melhor em pH elevado (pH de 8,5 - 11). Inclui Bacteria, Archaea e Eukaryota. Diversidade microbiana Fatores ambientais - Temperatura Microrganismos não conseguem regular a sua temperatura interna, de modo que necessitam de adaptações para sobreviver em diferentes ambientes. Temperatura tem grande efeito nas enzimas microbianas e na sua atividade. Bactérias: crescimento ótimo a 30 ℃. Diversidade microbiana Fatores ambientais - Temperatura Diversidade microbiana Fatores ambientais - Temperatura Psicrófilo Organismo capaz de crescer em temperaturas baixas, exibindo um crescimento ótimo em temperaturas abaixo de 15 ℃ (mas podem se replicar com temperaturas abaixo de 0 ℃). Considerado o organismo extremo mais comum e diverso. Psicrotolerante Organismo capaz de crescer em baixas temperaturas, porém com temperatura ótima de crescimento maior que 15 - 20 ℃. Diversidade microbiana Fatores ambientais - Temperatura Mesófilo Organismo que vive em uma faixa de temperatura próxima àquela observada nos animais de sangue quente e que normalmente apresenta uma temperatura ótima de crescimento variando entre 20 e 40 ℃. Microbiota humana e patógenos. Termófilo Organismo que apresenta uma temperatura ótima de crescimento maior que 45 ℃. Principalmente Archaea. Hipertermófilo Organismo que apresenta temperatura ótima de crescimento maior que 80 ℃ (máximo atual 122 ℃). Diversidade microbiana Fatores ambientais - Temperatura Diversidade microbiana Fatores ambientais - Pressão A maioria dos microrganismos está exposta à pressão de aproximadamente 1 atm. Barotolerante Organismo capaz de crescer sob pressões elevadas, embora apresentando melhor crescimento a 1 atm. Barofílico Organismo que apresenta melhor crescimento sob pressões acima de 1 atm. Barófilo extremo Organismo que necessita de pressão de várias centenas de atmosferas para o seu crescimento. Diversidade microbiana Fatores ambientais - Pressão Diversidade microbiana Fatores ambientais - Radiação A radiação é conhecida por causar mutações e destruir o DNA dos organismos vivos, mas a espécie Deinococcus radiodurans é capaz de aguentar uma quantidade de raios gamas 3 mil vezes maior do que aquela suficiente para matar um ser humano. Estudos revelaram que esse organismo é altamente eficiente no reparo de DNA danificado. EXTREMÓFILOS: MICRORGANISMOS QUE VIVEM EM CONDIÇÕES EXTREMAS Fonte: Dopson, Ni e Sleutels (2015). Diversidade microbiana Extremófilos Diversidade microbiana Extremófilos - Importância industrial Exemplo: PCR. MICROBIOLOGIA AMBIENTAL PAPEL ECOLÓGICO DOS MICRORGANISMOS Papel dos microrganismos Importância Toda a vida no planeta depende em última instância das atividades dos microrganismos. Papel dos microrganismos Absorção de energia para o ecossistema 1. A energia é introduzida nos ecossistemas pela luz solar, C orgânico e pela redução de substâncias inorgânicas. 2. A luz é usada pelos fototróficos para produzir ATP e sintetizar matéria orgânica nova. Além do C, essa matéria orgânica contém N, S, P, Fe e outros elementos. 3. Essa matéria orgânica, juntamente com a matéria orgânica externa que penetra no ecossistema, conduz as atividades catabólicas dos organismos quimiorganotróficos. 4. Estas atividades oxidam a matéria orgânica a CO2 pela respiração, ou fermentação em diversas substâncias reduzidas. 5. Quando presentes e ativos no ecossistema, os quimiolitotróficos obtêm sua energia a partir de doadores inorgânicos de elétrons, como H2, Fe 2+, S0 ou NH3, contribuindo, assim, com a síntese de nova matéria orgânica por meio de suas atividades autotróficas. Papel dos microrganismos Reciclagem de elementos químicos Os microrganismos atuam na reciclagem de elementos do solo e da atmosfera essenciais para a manutenção da vida (como C, N, S, Fe, P e O2). Os microrganismos são os principais responsáveis pela conversão desses elementos em formas que possam ser utilizadas por plantas e animais. Exemplo: Importância das bactérias que realizam a fixação biológica do N (FBN) em leguminosas. Papel dos microrganismos Reciclagem de elementos químicos Papel dos microrganismos Simbiose Os microrganismos interagem com outros organismos vivos, incluindo através de associações benéficas. Exemplo 1: A microbiota humana auxilia nos processos digestores sintetizando certas vitaminas e outros nutrientes, e compete por espaço e recursos com microrganismos patogênicos. Exemplo 2: Os microrganismos do rúmen realizam a digestão e fermentação da celulose. Papel dos microrganismos Outros papeis de interesse - Benefícios • Controle de pragas de insetos. • Produção de alimentos, antibióticos e biocombustíveis. • Biorremediação. • Tratamento de esgoto. • Importância industrial. • Biotecnologia. Exemplo: Importânciada produção de insulina por bactérias modificadas. Papel dos microrganismos Outros papeis de interesse - Malefícios • Causa de doenças em humanos, animais e plantas. • Degradação de alimentos e materiais. MICROBIOLOGIA AMBIENTAL BIOFILMES Biofilmes Superfícies • Importantes hábitats microbianos. • Oferecem: – Maior acesso aos nutrientes. – Proteção contra predadores e perturbações físico-químicas. – Local para que as células permaneçam em um hábitat favorável sem serem removidas. – Maiores recursos do que aqueles disponíveis às células planctônicas (existência flutuante) em um mesmo ambiente. • Podem ser fornecidas por outro organismo ou por um nutriente, como uma partícula de matéria orgânica. Em tais superfícies, os microrganismos aderidos catabolizam os nutrientes diretamente a partir da superfície da partícula. Biofilmes Biofilmes • Crescimento bacteriano em superfícies. Ou mais detalhadamente, colônias microbianas envoltas por uma matriz adesiva (excretada por células e células mortas) e aderidas a uma superfície. • Sua matriz é geralmente uma mistura de polissacarídeos, proteínas e ácidos nucleicos que unem as células. • Normalmente compostos por diversas camadas de células de uma ou mais espécies, formando comunidades microbianas funcionais coordenadas. Biofilmes Formação de um biofilme Colisão aleatória de células com uma superfície: causa uma fixação inicial, com a aderência promovida pela interação entre uma ou mais estruturas celulares (como apêndices de proteínas – pili e flagelos – e proteínas de superfície celular) e a superfície. Biofilmes Formação de um biofilme Expressão de genes específicos: incluem genes codificadores de proteínas que sintetizam moléculas de sinalização intercelular e produção de polissacarídeos extracelulares que iniciam a formação da matriz. Biofilmes Formação de um biofilme Uma vez comprometida com a formação do biofilme, uma célula previamente planctônica perde seus flagelos, tornando-se imóvel. Contudo, os biofilmes não são entidades estáticas e as células podem ser liberadas da matriz do biofilme em um processo ativo de dispersão. Biofilmes Importância dos biofilmes para os microrganismos • Mecanismo de autodefesa - Proteção contra forças físicas, fagocitose por protozoários e células do sistema imune, e moléculas tóxicas (como antibióticos). • Permanência em um nicho favorável (como locais ricos em nutrientes). • Associação estreita entre microrganismos - Comunicação intercelular, troca de nutrientes e permuta genética. • Forma típica de crescimento microbiano. Biofilmes Importância clínica e industrial Os microrganismos apresentam maior tolerância (até 1000 vezes mais) a substâncias e estressores antimicrobianos em biofilmes. • Menor taxa de crescimento. • Menor penetração de substâncias antimicrobianas através da matriz extracelular. • Expressão de genes de aumento da tolerância ao estresse. Biofilmes Importância clínica Os biofilmes podem proteger as membranas mucosas de microrganismos nocivos. Mas os biofilmes têm sido principalmente associados a diversas condições médicas e odontológicas, incluindo doenças periodontais, feridas crônicas, cálculos renais, tuberculose, doença dos legionários, fibrose cística e infecções por Staphylococcus. Os implantes médicos (como cateteres urinários e próteses articulares) são superfícies ideais para o desenvolvimento dos biofilmes. Biofilmes Importância clínica Biofilmes Importância industrial Os biofilmes podem retardar o fluxo de água, óleo ou outros líquidos por meio dos ductos, podendo acelerar sua corrosão. Também iniciam a degradação de objetos submersos, como os componentes estruturais de plataformas oceânicas de perfuração, barcos e instalações costeiras. Os biofilmes podem ser um importante alimento para os animais aquáticos, mas (em alguns casos) a qualidade da água potável pode ser comprometida por biofilmes que se desenvolvem em ductos de distribuição. Biofilmes Controle de biofilmes Tema de muitas pesquisas. Uma abordagem para prevenir a sua formação é a aplicação de antimicrobianos sobre as superfícies nas quais os biofilmes podem se formar. Biofilmes Controle de biofilmes As indústrias tem investido no tratamento de ductos e outras superfícies com o intuito de mantê-los livres de biofilmes. Novos agentes antimicrobianos capazes de penetrar em biofilmes bem como fármacos que impeçam sua formação por interferirem com o processo de comunicação intercelular estão sendo desenvolvidos. Biofilmes Tapetes microbianos • Biofilmes extremamente grossos formados por bactérias fototróficas (cianobactérias filamentosas) ou quimiolitotróficas (bactérias filamentosas oxidantes de enxofre). • Podem ter vários centímetros de espessura. • Desenvolvem-se somente em ambientes aquáticos onde estresses ambientais específicos restringem o alimento e a competição, como em hábitats hipersalinos ou geotérmicos. Biofilmes Tapetes microbianos Referências • TORTORA: Caps. 1 (p. 13 - 19), 6 (p. 150 - 157) e 10 (p. 265 - 268). • MADIGAN: Caps. 1 (p. 6 - 12), 5 (p. 158 - 171), 12 (p. 355 - 359), 18 e 19 (p. 598 - 607).