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AULA I – BASES MOLECULARES DO CÂNCER – PROF. DÉBORA ▪ ASPECTOS MOLECULARES O câncer consiste em alterações genéticas que se acumulam progressivamente no DNA de uma célula normal. O câncer tem relação com fatores genéticos e ambientais (cigarro, álcool, radiação UV, alimentos, vírus). No conceito atual, há a relevância do fator emocional para desenvolvimento do câncer. Nesse contexto, cabe citar o estresse, que altera a expressão de pequenos RNAs (visto em experimento). EPIGENÉTICA: Verifica o controle da expressão gênica, como isso pode ser modulado, a forma com que o DNA é expresso também influencia (não apenas a sua sequência). ▪ FATORES AMBIENTAIS DO CÂNCER • Cigarro → vários componentes carcinogênicos (muita afinidade pelo DNA – se ligam a ele quimicamente – quando o DNA é duplicado, a enzima não consegue interpretar corretamente devido a esses componentes carcinogênicos estranhos e por isso lança qualquer base) • Alimentos → carne (gordura – forma como a carne é produzida – carvão libera substâncias carcinogênicas) • Álcool • Radiação UV • Medicamentos → antineoplásicos podem causar câncer (medicamentos para tratamento de câncer) • Bactérias • Vírus (Ex: HPV) ▪ AUMENTO DOS CASOS DO CÂNCER • Hábitos de vida • Envelhecimento da população • Métodos de diagnostico mais avançados para detecção do câncer ▪ FATORES GENÉTICOS • Os fatores ambientais (externos) causam danos genéticos. • MULTI-HIT → fatores ambientais causam a primeira mutação que é passada para as células-filhas, segunda, terceira mutação até se instaurar o câncer • MULTI-HIT → faz com que a morfologia da célula seja alterada om o tempo MUTAÇÃO = processo que produz gene ou um conjunto de cromossomos que diferem do tipo selvagem (uma mudança na sequência de DNA de um gene) MUTAÇÃO PONTUAL = alteração de um único par de bases do DNA ▪ CONSEQUÊNCIAS FUNCIONAIS DAS MUTAÇÕES • Síntese proteica → inicia na transcrição do DNA • Pode produzir uma proteína alterada → pode ser uma enzima de metabolização = vários efeitos decorrentes. MUTAÇÃO SINÔNIMA = altera um códon de um aminoácido por outro desse mesmo aminoácido // é uma mutação silenciosa, não aparece muito. TGT → TGC Cys → Cys (Em ambos os casos, continua produzindo Cisteína) OBS: O código genético é redundante. Vários códons diferentes sintetizam um mesmo aminoácido. MUTAÇÃO DE SENTIDO TROCADO = quando um códon é trocado para outro aminoácido // não sinônimas (missense). TGT → TGG Cys → Trp (Ao invés de formar Cisteína, forma Triptofano) MUTAÇÕES SEM SENTIDO = códon para aminoácido é mudado para o códon de término da tradução (fim) // nonsense. TGT → TGA Cys → Stop Códon (Parou a síntese proteica). Existem vários outros tipos de mutação, que podem gerar diferentes consequências. CÓDONS DE TÉRMINO: UAA, UAG e UGA ▪ CONSEQUÊNCIAS DAS MUTAÇÕES • Podem ser geradas proteínas alteradas • Influência na carcinogênese Existem 6 alterações da Fisiologia Celular comuns à maioria dos tumores (carcinogênese): • Autossuficiência em fatores de crescimento: o Células produzem seus próprios fatores de crescimento, regulam sua proliferação celular o A célula tumoral sempre produz fatores de crescimento, ela quase não fica em G0 (repouso) o Por exemplo, durante o tratamento quimioterápico, ela entra em G0 apenas para se proteger • Insensibilidade aos fatores antiproliferativos: o A célula continua proliferando mesmo na presença desses fatores • Evasão à apoptose: o Mutações nos genes que promovem a Apoptose o Ela não morre por apoptose • Angiogênese sustentada: o Produz fatores que induzem ao crescimento de novos vasos sanguíneos • Imortalidade • Invasão tecidual e Metástase o Cai na corrente sanguínea (produz substâncias que rompem os vasos sanguíneos) o Produzem moléculas de adesão e se prendem ao vaso sanguíneo o Rompem a parede do vaso e entram em outros tecidos • Questão energética o Célula tumoral utiliza Glicose para sintetizar a energia de maneira rápida e eficaz CÂNCER é o resultado de alterações estruturais e/ou funcionais de alguns genes cuja função é controlar a proliferação, diferenciação e morte celular. Genes supressores: genes que suprimem a proliferação celular (controlam negativamente) → genes de apoptose, controladores do ciclo celular... Proto-oncogenes: todo e qualquer gene que regula a proliferação celular normal Oncogenes: genes alterados que contribuem para a formação da célula tumoral Existe um desequilíbrio → no câncer os proto-oncogenes estão mutados (aumento de função) e os genes supressores estão inibidos → favorece o surgimento do câncer → vários genes envolvidos AULA II – ESTRUTURA E REPLICAÇÃO DO DNA – PROF. DÉBORA Cada organismo apresenta um conjunto distinto de ácidos nucleicos e proteínas. DE QUE SÃO FORMADAS AS UNIDADES FUNDAMENTAIS? • Principais elementos químicos existentes nas células → C, H, O, N, P, S • Qual o elemento químico temos no DNA e não temos nas proteínas? FÓSFORO • Qual o elemento químico temos nas proteínas e não temos no DNA? ENXOFRE Interações químicas entre os elementos → diferentes tipos interagem para formar interação entre moléculas (muitas ligações são fracas quando sozinhas, mas muito fortes quando associadas) PRINCÍPIO BÁSICO DO DNA E DO RNA ➔ Complementaridade molecular • Perpetuação da informação • Complementaridade de bases em um código que perpetua a informação • Permite uma forte ligação de proteínas mediante ligações • A união de todas as proteínas forma uma ligação intermolecular forte As características estruturais das moléculas são muito importantes na função das mesmas PONTOS IMPORTANTES NA GENÉTICA: ESTRUTURA | FUNÇÃO | MECANISMO Alterações na sequência do DNA → mutações → câncer ▪ ESTRUTURA E COMPOSIÇÃO DO DNA ESTRUTURA DO DNA DNA → forma material genético Transformação: Enxofre → tem nas proteínas e não no DNA Fósforo → presente no DNA e não nas proteínas COMPOSIÇÃO DO DNA: Nucleotídeos → formados por bases nitrogenadas (ATCG), açúcar (desoxirribose) e fosfato Bases nitrogenadas → purínicas ou pirimidínicas Açúcar → na posição 2’ tem um H e não uma Hidroxila como na Ribose Bases: • Purínicas → A ou G (formada por 2 núcleos) • Pirimidínicas → C ou T (formada por 1 núcleo) • A união é sempre de uma purínica + uma pirimidínica • RNA ➔ a Uracila é pirimidínica (U) no lugar da Tirosina (T) RNA x DNA • Posição 2 do RNA ➔ hidroxila • Posição 2 do DNA ➔ hidrogênio (desoxi = sem oxigênio) NUCLEOTÍDEO x NUCLEOSÍDEO • Relação com a presença ou a ausência de fosfato • Com → Nucleotídeo • Sem → Nucleosídeo SEMELHANÇAS E DIFERENÇAS ENTRE RNA E DNA • Semelhanças o Bases A, C e G o Grupamento Fosfato • Diferenças o DNA → açúcar desoxirribose // RNA → açúcar ribose o DNA → presença de T // RNA → presença de U o DNA → fita dupla // RNA → fita simples Análise cristalográfica do DNA ➔ Molécula helicoidal (espiral) MODELO DE DUPLA-HÉLICE DO DNA • Cada nucleotídeo se liga ao próximo por uma ligação fosfodiéster → entre o carbono 3 e o carbono 5 → a orientação da adição é de 5’ para 3’ (remete ao Carbono do açúcar) • As fitas são antiparalelas, então do outro lado a ponta 3 é em cima e 5 embaixo (invertido) • As duas hélices são mantidas juntas por pontes de hidrogênio (CG = 3) (AT = 2) • Nas extremidades → açúcar e fosfato • Bases do meio = hidrofóbicas • Esqueleto açúcar-fosfato = hidrofílico Pares de BASES: • Empilhamento central na dupla hélice • Confere estabilidade à molécula de DNA com exclusão de água • Formação de sulcos → sulco maior e sulco menor • A interação física é favorecida no sulco maior • SULCO MENOR → mostra as pontes de H entre as bases complementares • SULCO MAIOR → mostra os giros adjacentes de 2 voltas da dupla hélice Cada par de base consiste em uma basepurinica e uma base pirimidínica → G pareia com C; A pareia com T • Se fosse pirimidina-pirimidina ➔ DNA muito curto • Se fosse purina-purina ➔ DNA muito longo Os cromossomos são formados por 2 longas moléculas de DNA que vão permanecer juntas devido a interações eletrostáticas de curta distância (individualmente apresentam fraca intensidade) Quanto maior o número de pontes de H, mais estável é a interação • G-C é mais estável que A-T • É mais fácil romper a dupla fita de DNA rico em A-T do que rico em G-C As fitas são antiparalelas → polaridade inversa = filamentos antiparalelos (um lado é 5’3’ e o outro 3’5’) MECANISMO DE CÓPIA DO MATERIAL GENÉTICO – SEMICONSERVATIVO: • Sempre na duplicação é mantido o molde original e a partir dele é sintetizada uma nova fita de DNA (fita antiga + fita nova) • Regras de pareamento de bases • Cada base exposta pareia apenas com a sua base complementar Replicação → deselicoidização dos dois filamentos de dupla hélice CROMOSSOMOS HUMANOS E SUA ESTRUTURA Como o DNA adquire o primeiro nível de empacotamento? O DNA está enrolado nas proteínas histonas, essa união forma o nucleossoma, que é o 1o nível de empacotamento do DNA Cromossomo ➔ estrutura composta por uma única molécula de DNA muito longa e proteínas associadas que contém parte ou toda a informação genética de um organismo Meiose ou Mitose (metáfase) ➔ cromossomo é condensado Cromatina: complexo de DNA, histonas e proteínas não histonas encontrado no núcleo de uma célula eucariótica • Eucromatina → forma aberta → favorece a transcrição (acesso dos fatores ao DNA) • Heterocromatina → forma condensada Cromossomos eucarióticos Cariótipo: A representação do conjunto total de cromossomos de uma célula, organizado de acordo com o tamanho, forma e número Elementos de sequências de DNA presentes nos Cromossomos: • Origem de replicação: região onde se inicia a duplicação do DNA em Eucariotos e humanos → para replicar todo o DNA, devem haver várias origens de replicação, de modo a ocorrer em vários sentidos • Centrômero: região central do Cromossomo // região central que mantém as cromátides irmãs unidas durante a Mitose // metacêntrico (na metade do cromossomo), submetacêntrico (diferença maior) ou acrocêntrico (diferença enorme) ➔ Braço curto = p / Braço longo = q (do cromossomo) • Telômero: extremidade de um Cromossomo Nucleossomo: estrutura básica do cromossomo = HISTONA + DNA • Colar de pérolas (cromatina descondensada) O cromossomo é uma parte da cromatina. NUCLEOSSOMA • Importante no mecanismo de reparo, replicação e transcrição do DNA • Octâmero de histonas (não é uma bolinha única) REGULAÇÃO DA ESTRUTURA DA CROMATINA • Herança genética x Herança epigenética • Gene: material contido no DNA • Epigenética: com a alteração da cromatina ao redor do gene, o gene pode ser desativado sem que haja alteração da sequência desse gene (a alteração foi na periferia) Epigenética estuda as alterações químicas não genéticas em histonas ou DNA que alteram a função gênica sem alterar a sequência do DNA Histonas possuem resíduos de Lisina: pode ser acetilado (adicionar acetil-lisina) → modifica a estrutura geral • Modificações nas Histonas determinam como e quando o DNA empacotado é acessado para transcrição • Reações de acetilação ou metilação (adicoonar acetil ou metil) GENE: É uma região do DNA que controla uma característica hereditária particular, geralmente correspondente a uma única proteína ou RNA Unidade funcional completa (sequência de DNA codificante, éxon, sequências reguladores não-codificantes e íntrons) Manutenção da hereditariedade: • Replicação do DNA → processo muito importante • DNA → Transcrição → RNA → Tradução → Proteína A principal enzima do processo de replicação do DNA: DNA POLIMERASE • Papel central no processo de replicação • Adiciona desoxirribonucleotídeos à ponta 3’ usando como molde um único filamento de DNA que foi exposto pela deselicoidização da dupla hélice • Uma enzima para cada filamento, agindo em conjunto perto da forquilha de replicação • Catalisa a reação de alongamento da cadeia → precisa de energia que vem da quebra da ligação fosfato de alta energia • Adição de base ➔ essa base libera energia que favorece a reação de formação da fosfodiéster PRINCÍPIOS GERAIS DA REPLICAÇÃO DO DNA: • Precisa de fita molde • Se dá por meio da complementariedade das bases • DNA Polimerase caracteriza a reação de polimerização • Só funciona quando há desoxirribonucleosídeos trifosfato disponíveis • Polimerase catalisa o crescimento da cadeia no sentido 5’-3’ • A enzima requer uma extremidade 3’-OH livre → essencial para a polimerização e replicação do DNA • Formação da ligação ➔ fosfato é liberado • Tipo de ligação sendo formada ➔ ligação fosfodiéster ONDE SE INICIA A REPLICAÇÃO? • Na forquilha de replicação -> região da dupla hélice que é desenrolada e aberta em 2 fitas simples. • Local de abertura da fita dupla • Região da dupla hélice que é desenrolada → expõe mais os filamentos de DNA separados que atuarão como moldes (DNA Polimerase III) → NÃO ABRE A DUPLA FITA, SÓ ADICIONA NUCLEOTÍDEOS FILAMENTO LEADING • Aquele onde a adição de nucleotídeos ocorre próxima da forquilha de replicação • Ponta 3’ próxima da forquilha • Contínuo FILAMENTO LAGGING • É o outro • Síntese ocorre no outro sentido (oposto) • Vem do final • Filamento descontínuo SÍNTESE DO FILAMENTO LAGGING • A natureza da replicação demanda que ambos os filamentos tenham síntese na região da forquilha de replicação • A síntese que se move afastando-se da forquilha não pode continuar por muito tempo ➔ ela é feita de pouco em pouco. • Enzima primase: sintetiza primer de RNA que marca a região para a DNA Polimerase estender → feito de pedacinho em pedacinho • Processo descontínuo • Vai de pedaço em pedaço • Processo em 4 etapas • Primase sintetiza um primer de RNA curto → mostra para a polimerase o local que deve se estender • Polimerase sintetiza um segmento de DNA e move-se para a ponta 5’ do fragmento • Fragmentos de Okazaki ➔ região que inclui o primer + sequência estendida pela DNA Polimerase A síntese dos dois filamentos precisa ser iniciada por um primer (do contínuo também!) PRIMASE • Enzima que sintetiza uma cadeia de nucleotídeos de RNA complementar à fita molde, formando uma região curta de fita dupla (8 a 12 nucleotídeos). • A polimerase não consegue começar cadeias, apenas continuar. DNA POLIMERASE III • Alongamento DNA POLIMERASE I • Remove o RNA na ponta 5’ do fragmento vizinho e preenche o espaço (acaba com o fragmento de Okazaki e repõe os nucleotídeos) DNA LIGASE • Conecta os fragmentos adjacentes após serem clivados pela DNA Polimerase I (Fragmentos de Okazaki) • Formação de ligações fosfodiéster FIDELIDADE DE REPLICAÇÃO: • Mínimos erros! • A DNA Polimerase (I e II) exerce atividade de exonuclease 3’ para 5’, tendo uma função de “revisão” ao excisar as bases inseridas erroneamente • Vários mecanismos de verificação e correção DNA POLIMERASE = ATIVIDADE DE SÍNTESE E ATIVIDADE REVISORA = FIDELIDADE AO PROCESSO = CÓPIA QUASE PERFEITA VELOCIDADE x ACURÁCIA: • Processo rápido • Não sacrifica a velocidade pela acurácia • Necessário um complexo que resolva a replicação • Enzimas unidas de forma física, química e biológica efetiva • DNA Polimerase → coordena as atividades na forquilha de replicação com várias outras proteínas. • Repliossomo → maquinário molecular = complexo nucleoproteico que coordena as atividades na forquilha • Topoisomerase e Helicase → desenrolam e abrem a dupla hélice na preparação para a replicação do DNA • Dupla hélice desenrolada → proteínas de ligação à fita simples impedem que a dupla hélice se constitua DESLICOIDIZAÇÃO DA DUPLA-HÉLICE DO DNA: • Helicases: enzimasque rompem as pontes de H que mantém os 2 filamentos da dupla hélice juntos • Topoisomerases: desenrolamento da forquilha de replicação pelas isomerases causam enrolações extras em outras regiões • DNA Girase: enzima que remove os giros extras o Quebra os filamentos de DNA – quebra as ligações fosfodiéster o DNA gira para remover as hélices o Reúne os filamentos de DNA (religa) MONTAGEM DO REPLIASSOMO – REPLICAÇÃO EM EUCARIOTOS Cromossomos eucarióticos existem no núcleo como Cromatina e a unidade básica da Cromatina é o Nucleossomo CAF-1 → proteína fator 1 de montagem de Cromatina → leva histonas para a forquilha, onde são montadas e formam nucleossomos O replissomo eucariótico consegue fazer as mesmas funções do procariótico, e ainda reestabelecer os complexos proteína-DNA, os nucleossomos. ORIGENS DA REPLICAÇÃO EUCARIÓTICA • Cada cromossomo eucarioto tem muitas origens de replicação (replicar rapidamente o genoma) A REPLICAÇÃO DO DNA OCORRE EM 2 SENTIDOS • DNA Polimerases movem-se para fora em ambos os sentidos REPLICAÇÃO DO DNA E CICLO CELULAR: Replicação ocorre na fase S do Ciclo celular G1 → Síntese de proteínas para aumento da massa celular S → Síntese de DNA G2 → Síntese de proteínas importantes para mitose M → Mitose G0 → Sem fatores de crescimento É um processo muito complexo, com muito checkpoints para verificação de eventuais erros. Muito conservado. PARA CASA: Como a replicação do DNA fica limitada à fase S? obs.: relacionar a montagem do replissomo com o ciclo celular. VARIAÇÕES DO DNA: • Existem variações entre indivíduos • Polimorfismo: variação do DNA entre indivíduos é maior que 1% da população • SNPs = polimorfismos de base única ➔ quando apenas uma letra (um nucleotídeo) do DNA está alterada em mais de 1% da população TÉRMINO DA REPLICAÇÃO EM EUCARIOTOS • Problema → o cromossomo é encurtado toda vez que a replicação acontece (não consegue replicar nas pontas, telômeros) • Primer é removido → não há como preencher o espaço por replicação convencional • Cromossomo encurtado • A cada ciclo subsequente, o telômero continuaria a se encurtar até que informações codificantes essenciais fossem perdidas • SOLUÇÃO: Informações que possam ser perdidas // adição de múltiplas cópias em uma sequência simples não codificadora ao DNA das pontas dos cromossomos (apenas as sequências repetidas sem informação são perdias) • Enzima telomerase: adiciona repetições curtas às pontas 3’ das moléculas de DNA PARA CASA: Descreva o mecanismo da telomerase. OBS: diferença da dosagem de fármacos dependendo do fator genético e sua determinação no metabolismo.
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