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1 Beatriz Machado de Almeida Fluxo da Informação Genética – Aula 2 Fluxo da informação genética Objetivos da aula Fluxo da informação genética é o dogma central da biologia celular e molecular, que consiste basicamente nos mecanismos de transcrição e tradução. • Apresentar os mecanismos que consistem no fluxo da passagem de informação genética na sua ordem cronológica molecular. • Elucidar os principais componentes moleculares envolvidos nos processos de transcrição e tradução. • Proporcionar ao estudante o conhecimento básico de mecanismos que são fundamentais no aprendizado da genética molecular. DNA Imagens: correspondem à estrutura química da molécula de DNA. Relembrando: é basicamente uma molécula de dupla fita, antiparalelas (sentidos opostos), uma extremidade termina com fosfato (3’), a outra com um açúcar (5’), do outro lado é o contrário (já que são antiparalelas). O corrimão da escada de DNA é feito por açúcar e fosfato basicamente, tem-se as ligações fosfodiester unindo os dois e bases nitrogenadas internamente, formando os degraus das moléculas de DNA (porque são mais hidrofóbicas, por isso ficam internamente, ̈ escondidas¨ da água). Do DNA ao RNA Via do DNA à proteína: O fluxo de informação genética do DNA ao RNA (transcrição) e do RNA à proteína (tradução) ocorre em todas as células vivas. Qual o principal motivo para célula transcrever? Fabricar proteínas, sendo essas, as moléculas funcionais do nosso corpo. Estão presentes em tudo. Ou seja, o objetivo é FUNCIONAL. Já o DNA é uma molécula INFORMACIONAL. As funções variam com o objetivo que as proteínas foram criadas. Se for hemoglobina é transportar oxigênio; se for actina ou miosina são para a contração muscular; se for melanina para proteger contra os raios ultravioletas. Então, quando se faz transcrição tem-se alguns objetivos diferentes: pode ser feita para permitir que a célula tenha as suas próprias características adequadas ao tecido no qual ela faz parte, que é o chamado ativação e inativação gênica. Então os mecanismos de transcrição apresentam finalidades das mais variadas. No final de tudo isso, teremos uma correlação íntima com função celular. Dependendo da função e/ou do momento da célula, transcreve-se uns genes mais ou menos. É importante saber que existem diferenças entre a transcrição de um gene para o outro. No DNA o processo de replicação é similar pra qualquer célula. Toda molécula é replicada e vai ser passada metade pra células filhas. Mas, aqui no processo de transcrição, pode-se ter numa célula um gene mais transcrito do que o outro (imagem 2 acima – gene A mais transcrito do que o gene B). E como consequência disso, tem um número maior de proteínas formadas em A do que em B. Isso ocorre porque depende da importância do gene A e do gene B para àquela célula e nesse momento para essa célula. Então é uma questão espacial e também, temporal. 2 Beatriz Machado de Almeida Fluxo da Informação Genética – Aula 2 Por exemplo: o fibroblasto é uma célula que está no tecido conjuntivo e que produz colágeno. O colágeno é produzido, normalmente, em uma certa quantidade, mas se a pessoa sofre um corte no braço e com a necessidade desse corte ser fechado, o fibroblasto vai produzir mais colágeno pra gerar um tecido fibrótico (o colágeno é uma proteína fibrosa) que preencha aquele espaço que foi aberto no corte sofrido. Então, nesse momento, há um grande aumento de ativação, havendo mais expressão do gene. Resumidamente, esse mecanismo de expressão gênica, de fluxo da informação genética, de transcrição e tradução genética, são mecanismos que apresentam intensidade e níveis variáveis, dependendo do tipo de célula envolvida e do momento que ela está passando. O fluxo de informação genética do DNA ao RNA (transcrição) e do RNA à proteína (tradução) ocorre em todas as células vivas. A estrutura química do RNA É importante saber de ambas as estruturas (DNA e RNA) porque um será feito a partir do outro. Tem-se um DNA e vai transcrever em RNA que é fita simples. Uma das diferenças entre elas, é que no RNA a hidroxila está na pentose (ribose), enquanto que no DNA, que é a desoxirribose, na sua pentose não se tem essa hidroxila, só tem o hidrogênio (sofreu uma desoxigenação, por isso desoxirribose). Isso foi falado em aula anterior, quando comentou-se da importância dessa estrutura para DNApolimerase. Outra diferença importante: BASE NITROGENADA. • DNA: Bases pirimídicas: C-T (citosina e timina); Púricas: A-G (adenina e guanina). • RNA: Pirimídica: C-U (citosina e uracila); Púrica: A- G (adenina e guanina). O DNA é transcrito pela enzima RNA polimerase Outra característica é a FITA SIMPLES do RNA. Ele pode ser até momentaneamente fita dupla, quando ele está sendo formado. Por exemplo: Quando ele está sendo produzido pelo processo de transcrição, nesse momento inicial ele é um híbrido, tem uma fita dupla de DNA com RNA. E pode ser que momentaneamente os RNA que chamamos de reguladores ou microRNAs também são híbridos (será melhor explicado na aula de regulação). O DNA é transcrito em RNA pela enzima RNA- polimerase, que fabricará o RNA mensageiro. Este, é o RNA responsável por levar a mensagem, ou as trincas nucleotídicas (CÓDONS) para a síntese proteica, juntamente com os ribossomos no citosol. Aqui, trabalharemos especificamente com RNA- polimerase 2 (existem outras, como a 1 e a 3, que estão mais envolvidas com a formação de outros RNAs, como o transportador, ribossômico). • As RNA-polimerases catalisam a formação de ligações fosfodiéster que conectam os nucleotídeos entre si (o açúcar de 1 com o fosfato do outro), formando o polímero de RNA - uma cadeia linear na direção 5’ para 3’ (sempre na mesma direção); • Os substratos são os trifosfatos de nucleosídeos (ATP, CTP, GTP e UTP) – sempre trifosfatados; • Taxa de 1 erro a cada 10000 nucleotídeos copiados; • Possuem um pequeno mecanismo de correção; (Vimos na aula de DNApolimerase que atua também como uma hexonuclease, fazendo o trabalho de revisão e correção). Imagem: molécula de DNA aberta em determinado ponto. Observe que as extremidades – regiões que não estão sendo transcritas – estão fechadas. Então, diferentemente do que foi visto na replicação, para a transcrição o DNA não precisa ser completamente aberto, só irá desfazer a dupla hélice na região que tem o gene que se quer transcrever. Portanto, a transcrição 3 Beatriz Machado de Almeida Fluxo da Informação Genética – Aula 2 é um processo mais específico que tem uma necessidade de transcrever só determinados genes, momentaneamente. E, no momento que isso acontece o DNA que está ativo, sendo transcrito, e depois desse processo ele volta a se fechar, volta a reestabelecer as pontes de hidrogênio entre as bases nitrogenadas. As células possuem diversos tipos de RNAS Esses três primeiros RNAs já são conhecidos (RNAm – mensageiro; RNAr – ribossomal; e RNAt - transportador). Mas, existem vários outros, contudo, serão melhor trabalhados durante a regulação, devido às suas principais funções. Alguns deles podem aumentar ou diminuir a expressão gênica (regular). A maioria deles servem para fazer a diminuição da expressão, eles controlam a expressão de muitos genes, de maneira natural, ou seja, não fabricados artificialmente nas nossas células, apesar de já serem fabricados pela indústria e utilizados como fármaco, inclusive. O mais difícil hoje em dia ainda é fazer o transporte desse material, a entrega para nossas células-alvo. Mas com o advento das nanopartículas e dos lipossomos, já se consegue fazer essas formulações. Já existem, inclusive, medicamentos que possibilitem o tratamento de doenças como o câncer através dessa TERAPIA GÊNICA (terapias que envolvem material genético)impedindo a síntese de RNA ou o bloqueio da síntese de proteínas, que vai ocorrer por intermédio do bloqueio do RNA, reduzindo a capacidade de multiplicação de algumas células específicas. Então, já existem muitas proteínas que são catalogadas na literatura como proteínas oncogênicas, ou com capacidade de induzir a proliferação de células tumorais, e essas proteínas são alvo dessas terapias utilizando esse tipo de RNA. Na verdade, os RNAs dessas proteínas que são alvo. No nosso organismo temos muitos genes que estimulam a mitose, e fazer isso numa célula com grande potencial carcinogênico é ser pró-carcinogênico, então busca-se bloquear esses genes pra conseguir êxito no tratamento desses pacientes. Imagem: observa-se um processo de transcrição. Parece com a replicação, a diferença é que a transcrição forma RNA, que será separado da fita molde e a molécula de DNA volta a se fechar. A iniciação da transcrição em eucariotos necessita de várias proteínas Os eucariotos possuem 3 RNA-polimerases: RNA- polimerase I, RNA-polimerase II e RNA- polimerase III; Basicamente são 3 tipos de polimerase, sendo que a polimerase II é a que será trabalhada em aula, é a que de fato codifica todos os nossos genes. As outras polimerases são mais relacionadas à síntese de RNAs ribossômicos ou transportadores, são polimerases mais específicas para síntese desse tipo de molécula. • As RNA-polimerase eucarióticas necessitam de diversas proteínas adicionais, coletivamente denominadas fatores gerais de transcrição. • Ajudam a posicionar corretamente a RNA- polimerase no promotor e auxiliam na separação das duas fitas de DNA; • São necessários em praticamente todos os promotores que utilizam a RNA-polimerase II; 4 Beatriz Machado de Almeida Fluxo da Informação Genética – Aula 2 • São designados TFII (fator de transcrição para a polimerase II) e recebem nomes arbitrários de TFIIB, TFIID, etc. A polimerase II não trabalha sozinha na transcrição. Existem os fatores de transcrição, são, em geral, proteínas, fundamentais para o bom funcionamento da polimerase. São chamados de TF (transcription factors) e são considerados fatores de transcrição do tipo II (igual à polimerase com a qual atuam). Há outros fatores de transcrição para as outras duas polimerases. *Trouxe para aula fatores de transcrição que são considerados mais gerais, ou seja, estão presentes em todos os processos de transcrição de todos os genes do nosso genoma. Entretanto, existem os fatores de transcrição específicos, exemplo, para a actina, existem todos os TF acima citados na tabela, mas existem os fatores específicos para síntese do RNA que codifica a proteína actina. A iniciação da transcrição não se dá no local de início do gene. A preparação acontece antes do gene, pois se acontece no início, eu posso danificar a região gênica. Reconhecimento de TATA- box (região promotora do gene) pelo TFDI. Distorção no DNA por meio da ligação de TFID e ligação de TFIIB que permite o perfeito posicionamento da RNA-pol II no sítio de transcrição. Associação de TFIF estabiliza a interação da RNA polimerase II com TBP e TFIIB e atrai TFIE e TFIH TFID e regula TFIH TFIH usa ATP para separar a dupla hélice e fosforila a RNA-pol II, que se separa dos TFI e iniciação a fase de extensão. Os fatores são extremamente importantes no auxílio da polimerase durante o processo de transcrição, desde o posicionamento na região promotora até a abertura da fita de DNA. Quando um fator de transcrição chega e se liga à região de início da transcrição, os outros serão recrutados para o sítio por afinidade química, juntamente com a RNA polimerase II. Resumo do que ocorre na fase de iniciação da transcrição Para que a transcrição aconteça, é preciso uma preparação (iniciação), que não ocorre na região de início do gene (em vermelho), pois no início do gene já se observa informação genética para formação de proteína. Portanto, a preparação deve acontecer antes do gene para não estragar/danificar a região/estrutura gênica. Todas as proteínas que auxiliam a RNA polimerase se encontram na região descrita como TATA-box, que é a região promotora/promotor do gene. Cada gene tem a sua região promotora, que, basicamente, promove a transcrição, mas o que o promotor faz de fato é servir como ponto de ancoragem para as proteínas TF. Em resumo, há uma proteína, a TBP (TATA binding protein), com afinidade química muito grande pelo TATA-box (promotor). A TBP, ao se ligar ao TATA-box, começa a recrutar todos os outros fatores de transcrição, que acabam todos unidos na região promotora juntamente com a enzima polimerase, que também foi recrutada. A partir do ponto após a região promotora, se inicia a síntese do RNA mensageiro. Cada fator de transcrição tem uma função, como estabilização, recrutamento, abertura da dupla hélice, ativação da RNA polimerase II através de mecanismos de fosforilação. Na última imagem das encontradas ao lado, é possível observar um RNA nascente, que já está sendo transcrito pela DNA polimerase. Importante observar que a enzima (polimerase) precisou de uma série de auxílios e de modificações, tanto nela quanto na estrutura do DNA, para que fosse possível ocorrer a transcrição. 5 Beatriz Machado de Almeida Fluxo da Informação Genética – Aula 2 A iniciação da transcrição em eucariotos necessita de uma série de proteínas, os fatores de transcrição. Essas proteínas se ligam ao DNA, pois tem uma afinidade química com a molécula, normalmente por serem proteínas muito eletropositivas (ou com aminoácidos positivamente carregados) e por serem proteínas básicas que se ligam a ácidos nucleicos. As proteínas podem estar alguns pares de base antes do gene, como a proteína azul vista na imagem acima. São importantes mediadoras para se ligar em falhas de transcrição, fazendo com que a polimerase seja mais ativada. A iniciação da transcrição em células eucarióticas requer o recrutamento local de enzimas modificadoras de cromatina, como complexos remodeladores de cromatina e enzimas modificadoras de histonas (acetilação de histonas). A extensão da transcrição em eucariotos está fortemente associada ao processamento de RNA • As modificações nas extremidades permitem que a célula verifique se ambas as extremidades de uma molécula de mRNA estão presentes; Após a iniciação, todas proteínas estão ancoradas no início do gene, a polimerase está posicionada corretamente, a molécula de DNA já se abriu, então, basicamente, o que ocorre em seguida é a síntese do RNA através da polimerase. A polimerase irá apenas encadear os nucleotídeos e construir a molécula de RNA, que é chamado de RNA nascente. Importante frisar que, em células eucariontes, todo esse processo ocorre no núcleo. Todo o processo de transcrição ocorre a nível nuclear, enquanto o processo de tradução acontece a nível citoplasmático, portanto, são processos separados espacial e temporalmente (primeiro ocorre um para depois acontecer o outro). Nos procariotos (bactérias), esses processos, transcrição e tradução, ocorrem concomitantemente. Como não há separação espacial (não tem carioteca), à medida que o RNA nascente surge pela transcrição, os ribossomos já se aderem à ponta daquele RNA que está sendo criado, dando início à tradução. É um processo muito mais rápido, por isso as bactérias tem uma multiplicação muito rápida, crescendo em exponencial, duplicando o número de indivíduos a cada geração. O RNA passa por processamentos, os splicings. O RNA, quando formado, é chamado de RNA heterogêneo, pois ainda possui íntrons e éxons. Precisamos tirar os íntrons, pois são regiões que não participam do processo transcricional, ou seja, não são lidas pelos ribossomos, então teremos um RNAmensageiro maduro com íntrons que estão em cor azul, pois são as regiões codificantes. Além do splicing, precisamos fazer outra modificação na estrutura desse DNA, para de fato se tornar maduro, que será a adição de elementos nas duas extremidades. Na extremidade 3’ será acrescentado uma estrutura com 300 adeninas (cauda de poli A). Na extremidade 5’ será adicionado uma estrutura de guanosina chamada de CAP, que, assim como a calda de poli A, é um processo de poliadenisação, servindo para proteção da informação genética. A informação genética deve estar bem protegida no processo até o ribossomo, caso contrário, não conseguiremos sintetizar as nossas proteínas. No citosol, o pH=7,2 e no núcleo pH=5. Então as proteínas que atuam nestes 2 ambientes são diferentes. As RNases atuam no citosol e quando encontram RNA ficam “loucas” para digeri-las. E caso isso ocorra, a informação genética não chegará aos ribossomos de 6 Beatriz Machado de Almeida Fluxo da Informação Genética – Aula 2 forma íntegra. Por isso, precisamos dessa proteção nas laterais e depois exportamos o RNA para o citosol para se juntar com o ribossomo e fazer nossas proteínas. Outras propriedades do pré-RNA e sua síntese auxiliam a explicar a escolha dos sítios adequados de esplicing Os RNA heterogêneos apresentam éxons e íntrons. Depois os íntrons são retirados e ficamos somente com os éxons. Nós temos muito mais íntrons 105, 97% do material genético, e apenas cerca de 3% são éxons (região codificante). Obs.: Os íntrons, no entanto, servem como região regulatória, abrigam uma série de proteínas que atuam como ativadoras e silenciadoras. Protegem o material genético contra mutações. As mutações são processos aleatórios, então, caso ocorra, é mais provável que ocorra essa mutação nos íntrons. Se ocorrer uma mutação no íntron talvez altere a quantidade de proteínas regulatórias apenas, mas as proteínas de fato se matem preservadas. Esplicing alternativo Este splicing alternativo ocorre somente nos eucariotos. Temos que diferenciar do splicing que falamos no slide anterior. Este ocorre para fazer uma recondução dos éxons no sentido de formar a partir daquele mesmo gene diferentes proteínas, umas maiores, outras maiores, com características distintas para os diferentes tipos de células. A miosina, por exemplo, se apresenta de formas diferentes. Na célula muscular lisa é diferente da muscular esquelética, mas o gene é o mesmo. Isto ocorre devido ao rearranjo com combinações diferentes de éxons para proporcionar a formação dessas proteínas de maneira diferente. Então, temos na figura anterior: RNAm tipo A, tipo B e tipo C. Mas, todos formados a partir do gene que está acima, estes não possuem os íntrons pois foram retirados, mas a combinação é diferente de éxons, percebemos pelas cores alternadas na imagem. Os mRNA maduros são seletivamente exportados no núcleo E depois que esse splicing acontece, pegaremos o RNA que foi formado e maturado e será translocado do núcleo para o citosol. Isso é mediado pelo complexo de poros presente na carioteca onde há uma seleção, logo, os RNAs não maduros não conseguem atravessar. Lá no citosol, vão se juntar com os ribossomos para sintetizar as proteínas finalizando este processo de transcrição. A próxima etapa será a síntese proteica. Síntese proteica No tratamento de um paciente, se é genético é importante saber a raiz do problema para seguir com um plano terapêutico. É importante saber se é um problema a nível de DNA, se está relacionado com a replicação, se está relacionado com a expressão de genes. Conhecendo esses mecanismos, é possível estabelecer protocolos para tratar o paciente - possibilidades do que se pode usar para conter a doença. Essa é uma das vantagens da terapia gênica. O RNA e DNA são moléculas informacionais. As proteínas são moléculas funcionais do organismo. A 7 Beatriz Machado de Almeida Fluxo da Informação Genética – Aula 2 síntese de proteínas tem como objetivo introduzir essas moléculas. • As principais estruturas envolvidas na síntese proteica são: mRNA, tRNAs aminoacilados e ribossomos contendo rRNAs. O RNA transportador pode carregar aminoácido e anticódons. É um RNA em forma de trevo (e não linear). Os braços são os grampos. Em uma extremidade tem um aminoácido e na outra extremidade tem o anticódon, que se liga ao códon (trinca de nucleotídeos que está no RNAm). O códon e o anticódon têm que ser complementar, estabelecendo uma ligação entre eles (pontes de hidrogênio) e o reconhecimento da sequência. Isso permite o estabelecimento da formação da proteína (ligação peptídica), com uma cadeia polipeptídica nascente. • O processo de tradução pode ser dividido em 3 estágios: iniciação, alongamento e terminação. Todos esses estágios são controlados por sinais e sequencias especificas, que reconhecem e determinam a região de início e final. • Metionil-tRNAiMet reconhece o códon inicial AUG: Para o início da tradução, existe um RNAt específico (metionina). Então, este é o primeiro RNAt que entra na região do ribossomo-RNAm. Este primeiro RNA contém a metionina, que é um aminoácido que sempre vai estar no início das proteínas (start códon). • O códon AUG para metionina funciona como códon inicial na grande maioria dos mRNAs. A metionina, então, é adicionada (codificada) quando o RNAt encontra o códon AUG, que geralmente é o primeiro códon do RNAm. O RNAt traz o anticódon, que é a sequência complementar UAC. Isso é o que acontece para a maioria dos genes. No entanto, podem ter genes específicos que não comecem com essa sequência. Mas, os de interesse para o curso, são dessa forma explicada. • Procariotos e eucariotos contêm 2 diferentes metioninas tRNAs: tRNAiMet pode iniciar a síntese proteica, enquanto tRNAMet somente pode incorporar metionina em uma cadeia proteica crescente. É necessário de um RNAt específico para esse início, pois, apesar da metionina ser um aminoácido sempre incorporado no início, também pode ter metionina ao longa da cadeia. Para adicionar metioninas ao longo da cadeia, é necessário outro RNAt que não tem a característica de iniciação. Então, para a metionina adicionada no início da sequência, há o RNAt-i-met. E para a metionina adicionada ao longo da cadeia, há o RNAt-met (SEM O i). Esse é um processo bem controlado, o que mostra que as três fases do processo de tradução são perfeitamente e molecularmente controladas também. • A mesma aminoacil-tRNA sintetase (MetRS) adiciona ambos tRNAs com metionina, mas somente Met-tRNAiMet pode ligar-se ao sítio apropriado na subunidade ribossomal pequena, o sítio P, para iniciar a síntese de uma cadeia polipeptídica; Tanto o RNAt da metionina inicial quanto o não inicial são adicionados pela mesma MetRS. Mas a inicial é adicional no sítio do ribossomo. O ribossomo tem 3 sítios: E, P e A. O sítio P é onde são estabelecidas as ligações peptídicas entre os primeiros aminoácidos. Os próximos aminoácidos que vão ser incorporados vai ocorrer na subunidade A, ou seja, o primeiro é incorporado na subunidade P e os próximos serão incorporados na subunidade A. O que estava no sítio P será empurrado para o sítio E, e o que estavam no sítio A será recolocado para o sitio P. E assim, sucessivamente até o RNA ser completamente traduzido. O PRIMEIRO SEMPRE SERÁ INCORPORADO NA SUBUNIDADE P. OS DEMAIS COMEÇAM SEMPRE NO SÍTIO A. O sítio E (exit) é onde o RNA se solta do ribossomo, porque as pontes peptídicas dos aminoácidos que eles transportavam já foram estabelecidas, assim, não precisam mais estar presentes. 8 Beatriz Machado de Almeida Fluxo da Informação Genética – Aula 2 Os RNAt, após saírem dos ribossomos, podem ser reaproveitados em outros processos de sínteses de proteínas.OBS: Para cada aminoácido transportado existe um RNAt específico, que terá uma afinidade química por cada tipo de aminoácido. Todos os aminoácidos têm características diferentes nos seus radicais, grupamentos ou regiões variáveis. Existem aminoácidos carregados positivamente, negativamente, básicos, polares, apolares etc. Por isso que, para cada AA, vai precisar de um tipo específico de transportador. • O aminoaciltRNAMet e todos os outros tRNAs carregados são capazes de ligar-se somente ao outro sítio ribossomal, sítio A. • O código genético é degenerado, pois mais de uma trinca de bases pode codificar o mesmo aminoácido: Ex. glicina (GLY) é codificada por GGG, GGC, GGA e GGU; Exemplo 2: o aminoácido serina é codificado por 6 códons diferentes: UCU, UCC, UCA, UCG, AGU e AGC. Sabemos que são 4 letras, mas os códons são combinações de 3. Pensando em RNA, tem-se AUGC, mas eles são lidos em trincas: 64 possibilidades, porém só se formam 20 aminoácidos. Por isso que mais de um códon codifica para o mesmo aminoácido. É interessante salientar que 3 desses códons não codificam para aminoácido nenhum (UAA, UAG, UGA), que são códons de parada (stop códons) que sinalizam/reconhecem o final da tradução. Isso é importante porque se sabe que uma alteração em uma trinca dessas pode ser que não codifique para um aminoácido diferente e, consequentemente, não haja prejuízo estrutural na estrutura proteica. • A seleção do códon AUG de iniciação é facilitada por nucleotídeos específicos chamados de sequência de kozak (Marily Kozak): (5) ACCAUGG (3); Todo o processo é extremamente controlado, não sendo somente reconhecer o AUG e dar início a sequência. Isso ocorre porque pode-se ter AUG, que codifica a metionina, ao longo da cadeia também. Logo, pode ser que haja uma confusão e identifique-se o meio da sequência como início. É por isso que existe uma sequência consenso de nucleotídeos específicos que facilita a iniciação da tradução. A sequência de Kozak. Essa sequência sinalizada acima - (5) ACCAUGG (3) - está flanqueando a sequência inicial AUG. Normalmente o AUG vem precedido pelo ACC e pelo G, essa guanina. Este é um mecanismo de controle para iniciação, de identificação do local da iniciação. • Uma vez que a subunidade ribossomal pequena com seu aminoacil-tRNAiMet ligado esteja corretamente posicionada no códon de iniciação, a união com a subunidade ribossomal grande (60S) completa a formação do ribossomo 80S; O S é o índice de sovaltação. Existem índices diferentes de solvatação nos ribossomos, por isso temos a possibilidade de desenhar antibióticos específicos para os ribossomos de bactérias, pois são diferentes nos índices de solvatação se comparados com os humanos. As características ribossomais diferentes, referentes ao mecanismo de solvatação, que é um mecanismo que se avalia a capacidade de determinada substância (iônica, polar) ser diluída em outra substância polar. Há variação de índice de solvatação de uma espécie para outra, sendo o que possibilita se desenhar antibióticos específicos para os ribossomos bacterianos, sem que atinjam os nossos. • A formação do ribossomo 80S, que são os ribossomos completos, requer a ação de um outro fator (eIF5) e a hidrólise de um GTP associado a ele, que é um fator de tradução. Isso permite com que as subunidades ribossomais não se dissociem até que a molécula de mRNA inteira seja traduzida e a síntese proteica seja terminada; 9 Beatriz Machado de Almeida Fluxo da Informação Genética – Aula 2 As subunidades estão separadas normalmente, porque não se pode sintetizar proteína o tempo inteiro. Produzir proteína requer gasto energético e requer gasto de material. Sabemos que proteínas são formadas por aminoácidos, que são formados por carbono, nitrogênio, hidrogênio e, se a produção o de proteína é descontrolada, o tempo inteiro, a célula não suporta esse consumo de material e de energia. Portanto, os ribossomos ficam normalmente separados e são unidos durante o processo de síntese proteica. Garante-se, então, que eles fiquem juntos até que essa proteína seja completamente formada, pois se não há garantia que essas subunidades fiquem unidas até o final da tradução, pode-se formar proteínas menores do que as normais, interrompendo a tradução no meio porque as subunidades se dissociaram. Nesse caso, são formadas proteínas menores, pequenas e truncadas, que são normalmente encaminhadas para o proteassomo, sendo destruídas/digeridas por não serem funcionais ou serem pouco funcionais. Para evitar isso, são utilizados esses fatores de tradução, como o elF5, que permitem que as subunidades estejam unidas até se encontrar o códon de parada, ao final da tradução. • Quando ocorre o correto posicionamento do complexo ribossomo 80S – Met-tRNAiMet (Ribossomo completo + RNA transportador inicial contendo a metionina), pode ser dado início a tradução do mRNA; Depois da etapa de iniciação, o que se sucede é a etapa de alongamento ou também chamada de elongamento. • Durante a etapa de alongamento, a cadeia polipeptídica permanece ligada ao RNA no sítio P do ribossomo. Basicamente o que ocorre agora é o estabelecimento das pontes ou das ligações peptídicas entre os aminoácidos. Colocou o primeiro basta colocar os próximos no sítio A (sítio de entrada do ribossomo) e as pontes ou ligações peptídicas começam a ser estabelecidas entre esses aminoácidos, crescendo a cadeia. De maneira geral é a adição de novos TRNAs com aminoácido ou tRNAs “aminoacilados” e as pontes ou ligações peptídicas começam a se estabelecer na subunidade P do ribossomo, que é a subunidade que permanece o tempo inteiro ligada a algum tRNA. Os sítios E e os sítios A, esses dois sítios, são aqueles em que os tRNA estão transitoriamente. Então, o RNAt entra pelo sítio A, passa pelo P e sai pelo E. O sítio P sempre estará cheio/ocupado, mas o sítio E e o sítio A podem estar ocupados ou não, a depender da entrada e saída de novos tRNAs. • Assim como no caso da iniciação, fatores de alongamento (EFs – EFtu e EFg em procariotos e EF1 e EF2 em eucariotos) são necessários para a alongamento das cadeias polipeptídicas; Esses Efs são fatores de alongamento/elongamento. São importantes para o alongamento das cadeias polipeptídicas. Esses processos têm muitos passos, porém é interessante saber o resumo, os passos-chave. • Os passos-chave do processo de alongamento são a entrada de aminoacil-tRNAs sucessivos, formação de pontes peptídicas (entre os aminoácidos que eles carregam) e o movimento (translocação) do ribossomo um códon a frente no mRNA; • O movimento de translocação é na verdade o movimento de migração de um sítio para o outro daquele tRNA. Ele entra no sítio A, é translocado para o sítio P e, por último, é translocado para o sítio E (sítio de saída do tRNA). Portanto, é esse movimento que é considerado translocação, e isso permite alongamento da cadeia. • O passo de translocação ao longo do mRNA é promovido pela hidrólise do GTP, um nucleosídeo trifosfatado, para haver o movimento de translocação. • O estágio final da tradução, assim como a iniciação e alongamento, requer sinais moleculares altamente 10 Beatriz Machado de Almeida Fluxo da Informação Genética – Aula 2 específicos que decidem o destino do complexo mRNA – ribossomo – peptidil-tRNA; Decide-se qual o momento de parada, aquele em que se precisa interromper a tradução, ou seja quando aquele peptídeo ou proteína já foi formado da maneira correta. Portanto, decide-se o destino a partir daquela sequência de parada, do mRNA (que pode ser reaproveitado ou degradado), do ribossomo (normalmente é reciclado), dos tRNA e das enzimas presentes ali, que estabelecem as pontes de hidrogênio, como a peptidil-tRNA.• Em eucariotos, sabe-se que fatores de liberação atuam no final da tradução. Além do stop códon, é necessária a atuação desses fatores de liberação. • O fator eRF1 (fator de liberação, sendo o “R” de Release, em inglês = liberação), cujo formato é similar ao de tRNAs, aparentemente age por meio da ligação ao sítio ribossomal A e reconhecimento do códon de parada. O destino de cada um deles, RNAm, pode ser determinado pelo tipo de sinal que é encontrado no final. Se esse RNA será reaproveitado porque se precisa fazer mais proteínas daquela; O ribossomo será sempre aproveitado para que ele possa fazer novas proteínas e, essas enzimas (eRF1) que estabelecem as pontes de hidrogênio, elas também são reaproveitadas. Resumidamente: Existem nas nossas células fatores de liberação para que se consiga finalizar o processo translacional, sendo que esses fatores são responsáveis pela dissociação dos ribossomos, provocando a liberação do RNAm para poderem sintetizar novas proteínas, e a cadeira polipeptídica também é liberada. Um dos fatores de liberação que é o Erf1 que é muito parecido a um RNAt, mas não tem mais o aminoácido. Então, ele entra e reconhece o códon de parada (lembrando que são três códons de parada UAA, UAG, UGA), e esta molécula que chegou agora, e que ocupa o sítio A, não é mais um RNAt, é um fator de liberação (tipo 1, ou Erf1) e vai se ligar apenas para ocupar o sítio pra dizer que a tradução precisa acabar, finalizando-a e impedindo a entrada de novos RNAt´s. • O fator de liberação eRF3, que é uma proteína que se liga a GTP, age conjuntamente com eRF1 para promover a clivagem do peptidil-tRNA, liberando, assim, a cadeia polipeptídica; Este último RNA transportador que ainda está no sítio P, é o único que fica ancorado permanentemente, os outros são transitórios. E ele, está prendendo essa cadeia polipeptídica por conta do último aminoácido adicionado e como os outros aminoácidos estão ligados à esse último por ligações peptídicas a cadeia fica presa a no ribossomo, e o eRF3 entra pra fazer o que chamamos de clivagem/corte, agindo como uma “tesoura” molecular que promove a separação da cadeia polipeptídica do último RNA transportador que trouxe o último aminoácido. E assim, se libera essa estrutura ainda primária de proteína, que é uma cadeia polipeptídica nascente, para que ela possa portanto ser maturada, para que possa sofrer o processo de desdobramento, com a ação das chaperonas, por exemplo, que são proteínas que ajudam no dobramento das moléculas proteicas recém sintetizadas. • A proteína recém-sintetizada enovela-se na sua conformação tridimensional nativa por meio da ajuda de chaperonas. • Fatores de liberação adicionais promovem a dissociação dos ribossomos, liberação das subunidades, do mRNA e do tRNA terminal; Se as subunidades estiverem montadas formando um ribossomo completo pode-se estar propenso a sintetizar muitas proteínas desnecessariamente, e isso exige gasto energético, gasto de material, sendo portanto, um desperdício. CONCLUSÕES ▪ O mecanismo de transcrição é fundamental para a síntese de proteínas. ▪ A transcrição acontece a nível nuclear em eucariotos ▪ A tradução acontece no citosol. Portanto, são separados temporal e espacialmente. ▪ O código genético pode ser lido de duas maneiras distintas (na forma de nucleotídeo ou aminoácidos), por isso é chamado de tradução, porque a linguagem passou a ser peptídica, de aminoácidos. O código genético foi traduzido de ATG, AUG para lisina, glicina, etc. ▪ Esses mecanismos constituem a base da genética molecular. ▪ Envolve uma série de fatores de transcrição e de tradução.
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