melhoramento P3 - RESUMO LUISA PARTE 2

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Resposta correlacionada a seleção (RC) e Seleção Indireta
Quando realizamos seleção para uma característica, raramente afetará apenas esta característica, ou seja, outra caract serão afetadas também.
Resposta correlacionada a seleção (RC): mudança genética em uma caract resultado de seleção sobre outra caract
Ao se formular um programa de melhoramento deve-se considerar:
- além das respostas diretas pela seleção (ganho genético na caract selecionada)
- a resposta indireta ou correlacionada que poderá ocorrer em outras caract, em função da correlação genética que existia entre elas
DAI A IMPORTANCIA DA CORRELAÇÃO!
Seleção Direta/Resposta Direta: (ganho genético)
	- Seleção Direta em x 
Gx = Rx = rHIx . ix . Ax
Representa o ganho genético obtido quando a seleção é realizada diretamente para a caract de interesse.
A SD é indicada: quando a caract é de fácil mensuração, mais pratica e menor onerosa.
Seleção Indireta: seleção aplicada a alguma outra caract (x), que não aquela que se deseja melhorar. Quer-se melhorar na vdd a caract (y)
Caract sobre a qual a seleção é aplicada é chamada (x) de caract secundária ou indicadora, que pode ou não ter importância para a seleção, é selecionada com o objetivo de melhorar alguma outra caract geneticamente correlacionada a ela.
A SI é indicada: quando a mensuração da caract de interesse (y) é de dificil ou não é praticável ou de alto custo (mão de obra qualificada/equipamento)
EX: conversão alimentar (y) e ganho de peso (x)
Também é usada quando a acurácia da seleção é ‘’maior’’ para a caract indicadora (x) que para a caract de interesse (y).
	Lembrar que: ↑Rhi >> ↑ Ganho genético ou R/RC
Também usada quando a intensidade de seleção é ‘’maior’’ para a caract indicadora (x) que para a caract de interesse (y)
	Lembrar que: ↑i >> ↑ Ganho genético ou R/RC
Definição de RC: é o aumento médio no ganho genético de uma caract Y quando a seleção é praticada em uma outra caract X
Seleção indireta: calcular a RC
	A resposta correlacionada em Y quando se faz seleção em X
RCy,x = rA(y,x) . hy . py . ix . rHIx
rA(y,x) = correlação genética entre y e x
hy = herdabilidade (h²) da caract y (TEM QUE TIRAR A RAIZ QUADRADA)
py = desvio padrão fenotípico de y (NÃO É VARIANCIA – TIRAR A RAIZ)
ix = intensidade de seleção de x
rHIx = acurácia de x
Merito Relativo da SI/Merito genético da RC: calcula-se esse mérito para saber: 
- é melhor selecionar para uma caract indicadora (x) para obter resposta em (y) ou diretamente para a caract de interesse (y)?
- seleção direta ou indireta? Qual o ‘’melhor’’ ganho genético?
	Resposta: estimar a R pelos dois tipos de seleção (direta e indireta) ou estimar mérito genético! i
 ix/iy . rHIx/rHIy
A seleção indireta somente será vantajosa se a esta relação for acima de 1
Ou seja, quando: RAx,y entre duas caract forem altas, quando for possível fazer uma seleção mais intensa (i alto) em x que em y, quando a precisão da estimativa do valor genético (rHI alto) em x for suficientemente maior que em y.
Interação Genótipo – Ambiente:
Conceitos: interação ou ação reciproca 
Genotipo: constituição genética ou individuo
Ambiente: alimentação, temperatura, luz.
P = G + E + GE
Valor fenotípico = valor genotípico + ambiente + interação genótipo ambiente
Mudança do fenótipo de um mesmo genótipo, devido a influencia do ambiente. Individuos com o mesmo genótipo apresentam fenótipos diferentes em ambientes diferentes.
Exemplos de como o ambiente pode afetar a expressão dos genes, como pode interagir com os genótipos: 
- efeito da temperatura: muda a coloração de pelos de gatos siameses
- efeito da luz: síntese de vit D em suínos e aves (animais criados em ambientes cobertos necessitam de suplementação de vit D)
- efeito da nutrição: gordura branca em animais alimentados sem pastagem (concentrado) x gordura amarela em animais alimentados com pastagem
Essa mudança de desempenho gera ganho ou perdas econômicas, por isso deve-se deixar o ambiente o mais uniforme possível para não afetar o fenótipo do animal.
Avaliação da interação GE é muito importante para programas de melhoramento genético 
	- alterações nas variações genéticas, fenotípicas e ambientais
	- mudanças nas estimativas dos parâmetros genéticos e fenotípicos
	- mudanças nos critérios de seleção 
Diferenças entre o ganho genético esperado e o ganho genético obtido (causa: interação GE)
O Brasil possui dimensões continentais, ou seja, a interação GE varia entre outros países e regiões do mesmo país.
- Ambiente de maior qualidade = h² alta
- Ambiente limitado = h² baixa
Questões: a h² de uma caract é a mesma nos diversos embientes?
A classificação dos animais com base nos seus valores genéticos é a mesma em todos os ambientes?
OBS: Nas avaliações genéticas há ausência de interação GE
Classificação:
Simples: sem alteração de rank/postoROBERTSON 1959
Complexa: com alteração de rank/posto
PANI 1971
Classificação – comum: três tipos de interação (SEM INTERAÇÃO, SIMPLES E COMPLEXA)
Analise da interação: analise de variância > obter a soma dos quadrados
SQtotal: cada ganho de peso elevado ao quadrado = 2,5² + 3,0² + 2,0² + .... 1² - FC ( 18²/9 ) = 3
18 porque é o total e 9 pois existem 9 dados de ganho de peso.
SQraça: só os totais da raça elevado com quadrado
7,5² + 6² + 4,5² - FC (18²/9) = 1,50
SQlocais: total de cada local elevado ao quadrado 
6,0² + 7,5² + 4,5² - FC = 1,50
SQinteração: SQtotal – Sqraça – Sqlocal
3 - 1,50 – 1,50 = 0 (NÃO HÁ INTERAÇÃO)
Quando é Sem interação: as três raças se comportam de forma semelhante em diferentes ambientes, as retas ficam paralelas, não há inversão de classificação dos animais.
Interação Simples: há interação, mas com pouco efeito; as raças ‘’podem’’ não se comportar de forma semelhante. Retas não ficam paralelas, mas não se cruzam. Sem intervalo de classificação dos animais.
Interação Complexa: a interação é expressiva, as raças não se comportam de forma semelhante. Retas não paralelas e que se cruzam. Com inversão de classificação dos animais
Analise da interação: correlação é dada em ambientes diferentes gerando caract diferentes 
rxy = 1 mesmos genes afetam a expressão da caract nos dois ambientes. Sem interação GE
rxy ≠ 1 diferentes genes afetam a expressam da caract nos dois ambientes. Tem interação GE
Métodos de análise de interação: 
- Analise de variância e covariância: posto do genótipo em cada ambiente. Diferenças nas respostas de cada um dos genótipos. Regressão de medidas de um caráter para cada genótipo. Comparação ortogonal de subclasses. Seleção em dois ambientes. Diferenças na magnitude de h². Experimentos com gêmeos idênticos. 
Obs: Interação GE deve ser considerada nas avaliações genéticas. Não deve ser subestimada.
Valor Genético e Princípios de Avaliação Genética
Melhoramento genético tem como objetivo alterar geneticamente a pop futura. Como? Aumentando as frequências dos genes desejáveis e diminuindo a frequência dos genes indesejáveis.
A = VALOR GENETICO
É definido como: - O mérito genético do reprodutor/valor adaptativo/reprodutivo/genético aditivo/gênico.
- O valor do indivíduo como pai (No sentido de transmissão de genes) para dada caract.
- Proporção de alelos favoráveis para dada caract.
- Soma dos efeitos médios (efeitos aditivos) dos genes
- É a parte do valor genotípico (G) que é transmitido para os filhos
	Relembrar: valor genotípico (G) = A + D + I
- É 2x o valor genotípico médio esperado da progênie provenientes de acasalamento ao acaso expresso como desvio da média
- Medida do desempenho esperado de sua progênie em relação a media da pop. Isto é, o valor de um animal julgado pelo valor médio de sua progênie
- Calculado para cada caract, para cada animal
- É um valor estimado!
Estima-se o Valor genético (A) por: informações fenotípicas (do próprio animal, ancestrais, colaterais do animal) ou distinta das fontes (combinado de fontes diferentes)
Estima-se A a parte de FONTES DE INFORMAÇÃO:
- Proprio animal: UMA informação 
Ai = h² . (P - µ)
P= valor fenotípico do individuo
µ= media do grupo de contemporâneos
- Ancestrais ou colaterais:UMA informação (info só do pai, ou só da mãe, ou só da avó)
Ai = r . h² . (P - µ)
r = parentesco genético
Estima-se o quanto antes (idade suficiente) e apenas em um sexo!
Estima-se A a partir de BLUP: Melhor predição linear não viezada
- Quer-se predizer A a partir de dados fenotípicos; utiliza dados de parentesco (matriz de parentesco)
- Maximiza a correlação do A predito com o A verdadeiro (minimizando a variância do erro) = tem uma boa acurácia (rHI)
- Maximiza a acurácia da estimativa (A)
Estima-se A a parte de BLUP/REML: 
- Via equações de modelos mistos (modelo touro, modelo animal: mais utilizados)
Método máxima verossimilhança restrita (REML)
Serve para estimar os componentes de variâncias e covariâncias
Modelo Touro
Modelo Animal:
Estimação do A:
Quanto maior o numero e mais diversificada as informações maior a acurácia do A. O problema é combinar todas essas fontes, impossível sem utilizar a informática, sem REML e sem modelo misto MME.
Modelos tradicionais:
Métodos tradicionais para estimar A: utilizam fenótipo, pedrigree e efeitos do ambiente
Limitações: avaliação tardia, depende fortemente de registros fenotípicos, alto intervalo de gerações, progresso genético mais lento, não se sabe quais genes estão atuando, limitado para algumas caract: dificil mensuração, sexo, baixa h², 
SELEÇÃO GENOMICA:
Predição simultânea dos efeitos genéticos de grande numero de marcadores genéticos de DNA (SNP, microssatélites) disperso em todo o genoma de um organismo, de forma a capturar os efeitos de todos os loci de um caráter quantitativo e explicar toda a variação genética.
A predição é realizada com base em dados genotípicos e fenotípicos de indivíduos pertencentes a uma amostra da pop de seleção
Ferramenta para aumentar a eficiência e acelerar o melhoramento genético.
Vantagens da SG: seleção precoce, aumenta acurácia de predição, aumenta intensidade de seleção, reduz intervalo entre gerações, acelera processo genético, reduz custo de teste de progênie, avaliação de novas caract.
Etapas para seleção genômica: coletar amostras de animais (sangue, sêmen, saliva), depois faz-se a extração de DNA e a amplifica, após isso coloca-se no chip de SNP