T05_Proteinas_estrutura

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3/11/2010
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GRUPOS DE DISCUSSÃO
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10/03/2010 1
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Bioquímica Geral
RFM0004
Proteínas:
estrutura
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FMRP-USP
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Ligação Peptídica
φ phi
ψ PSi
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Ângulos de torção
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Diagrama de Ramachandran
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Estrutura secundária
Estruturas regulares de segmentos da cadeia polipeptídica
α - hélice
Folhas β
Volta β
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α - hélice
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5.4 A
3.6 resíduos
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Folhas β
pregueadas
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Folhas β pregueadas: antiparalelas
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Folhas β pregueadas: paralelas
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Voltas β
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http://www.iq.usp.br/wwwdocentes/bayardo
/softwares/proteina/menu/mainMenu.html
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Albumina: 585 resíduos
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Estrutura Terciária
Dobramento final da cadeia polipeptídica:
interações entre regiões com estrutura regular ou sem 
estrutura definida, em conjunto com a disposição das 
cadeias laterais – Forma 3D
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Forças que mantêm a estabilidade 
de uma proteína ???
In
te
ra
çõ
es
 f
ra
ca
s
Pontes dissulfeto : ligação covalente
Interações iônicas
Pontes de Hidrogênio
Interações hidrofóbicas
Forças de van der Waals
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Pontes Dissulfeto
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http://www.iq.usp.br/wwwdocentes/bayardo
/softwares/proteina/menu/mainMenu.html
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Estrutura Quaternária
Arranjo espacial entre subunidades
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Proteínas fibrosas: α queratina
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Proteínas fibrosas: fibroína
Cadeias anti-paralelas 
folhas β
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Proteínas globulares: mioglobina
Grupo 
prostético 
(auxiliar)
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Domínios
Proteínas globulares grandes, maiores q ~200 resíduos
Estruturalmente independentes
Funções específicas10/03/2010 32Profa. Dra. Tie Koide - FMRP -
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Proteína Formada por 4 Domínios 
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Motivos
(ou estrutura supersecundária)
Grupos de elementos estruturais secundários
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Base para classificação estrutural
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Hemoglobina
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http://www.iq.usp.br/wwwdocentes/bayardo/softwares/proteina/adv
anced/cap1/main1.html
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Enovelamento de proteínas
10/03/2010 39
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Sequencia de aa 
determina estrutura 
terciária
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Chaperonas
10/03/2010 41
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Enovelamento de proteínas
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Enovelamento de proteínas
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Enovelamento de proteínas
Processo cooperativo
Estabilização progressiva de intermediários
Proteína hipotética: 100 aa
Vamos supor que cada aa pode assumir 3 conformações
Número de estruturas possíveis = 3100 = 5 x 1047 
Tempo para transformar uma estrutura em outra = 10-13 s
Tempo total de busca = 5x1034 s = 1,67x1027 anos!!!!
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CASP
Critical Assessment of Techniques for Protein 
Structure Prediction
community-wide, worldwide experiment 
(though it is commonly referred to as a 
competition) for protein structure prediction
Ab initio
Comparative protein modelling
http://predictioncenter.org/index.cgi
Predição de estruturas
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Determinação experimental de estrutura 3D
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http://www.iq.usp.br/wwwdocentes/bayardo/softwares/proteina/adv
anced/cap1/main1.html
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