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• Formados por peptídeos por meio de ligações peptídicas. • Unidades fundamentais das proteínas. • Biossíntese de outras moléculas orgânicas (glicose, lipídeos, nucleotídeos). • Formação de neurotransmissores (ex.: dopamina). • Participação no ciclo da ureia. • Função tamponante nos aminoácidos com carga. • Resíduos de aminoácidos: reflete a perda de elementos de água quando os aminoácidos se ligam em ligações peptídicas. Todos os aminoácidos compartilham a estrutura com um grupamento amino, um grupamento carboxila e uma cadeia lateral que os difere. Carbono geralmente assimétrico (exceto a glicina). • São classificados de acordo com as características da cadeia lateral. • A polaridade e a solubilidade em água são os principais critérios para classificar os grupos de aminoácidos. Em decorrência do carbono quiral e o arranjo tetraédrico, os 4 grupos diferentes podem ocupar 2 arranjos espaciais único. • Dois estereoisômeros: imagens especulares não sobreponíveis uma à outra. • Moléculas opticamente ativas: giram o plano da luz polarizada. • Configuração absoluta: L e D. • Os carbonos podem ser numerados em ordem de prioridade a partir de uma das extremidades – também podem ser utilizados símbolos. • Os resíduos de aminoácidos proteicos têm configuração L (a configuração D pode ser encontrada na parede celular bacteriana). • Os aminoácidos podem atuar como ácidos e bases fracas em solução. • A curva de titulação ácido- base envolve a adição ou remoção gradual de prótons. • Fornece o Pka (tendência de um grupo fornecer um próton ao meio) de cada grupamento ionizável (amino ou carboxi). • Na forma híbrida (zwitteríon) as cargas opostas estão estabilizadas. • O Pka é influenciado pelo ambiente, fenômeno é explorado nas ações enzimáticas). • A curva de titulação também prediz a carga elétrica dos aminoácidos. • PH característico no qual a carga elétrica final é zero. • Melhor ação tamponante. • Média entre o PKa alcalino e o PKa ácido. • Na glicina, qualquer ponto acima do ponto isoelétrica terá PH final negativo, pois, na faixa alcalina, o aminoácido doa prótons. • As cadeias laterais influenciam no PI dos aminoácidos pois ele vai utilizar os pontos de menor intervalo entre PK1, PKr (da cadeia lateral) e PK2. • Peptídeos são polímeros de aminoácidos menores que as proteínas. • Cadeia de aminoácidos ligadas por ligação peptídica • Na ligação peptídica, liga-se covalentemente o grupo amino de um aminoácido com o grupo carboxi de outro aminoácido, formado uma amida. • Reação de desidratação: perde uma molécula de água. • Reação de condensação: o equilíbrio favorece a ligação dipeptídea dos aminoácidos. • Para tornar a reação mais favorável, o grupo carboxi é modificado de modo a tornar a hidroxila mais fácil de ser eliminada. • Oligopeptídeo: quando poucos aminoácidos se ligam. • Polipeptídeo: quando muitos aminoácidos se ligam. • Os grupos de amino e carboxi não terminais não se ionizam, portanto, não contribuem para o comportamento ácido básico total dos peptídeos. ***Em alguns aminoácidos, esses grupos amino e carboxi não terminais podem influenciar devido a natureza e o número de seus grupos R ionizáveis. • Estrutura primária: sequência de aminoácidos. • Estrutura secundária: arranjos praticamente estáveis entre os resíduos de aminoácidos. • Estrutura terciária: Aspectos tridimensionais. • Estrutura quaternária: Junção de duas ou mais subunidades polipeptídicas. • A função de uma proteína depende de sua sequência de aminoácidos. • Cerca de 20 a 30% das proteínas são polimórficas, ou seja, possui variações nas sequências de aminoácidos na população humana sem causar grandes efeitos. Visão Geral das proteínas • Conformação: arranjo espacial dos átomos de uma proteína. • As conformações possíveis proteicas incluem qualquer estado estrutural que as proteínas possam assumir sem a quebra das ligações covalentes. o Ex.: Mudança conformacional de rotação sobre as ligações simples. • Uma proteína tem múltiplas conformações estáveis para refletir as mudanças que devem ocorrer quando elas se ligarem a outras moléculas. • Normalmente, as conformações que existem são aquelas termodinamicamente mais estáveis (menor energia livre de Gibbs). • Proteínas nativas = Proteínas dobradas em uma de suas conformações funcionais. Estabilidade das proteínas Estabilidade = tendência de manter a conformação nativa. • O estado não dobrado de uma proteína é caracterizado por um alto grau de entropia conformacional que tende a manter o estado não dobrado → por meio de interações de hidrogênio dos diversos grupos da cadeia polipeptídica). • A conformação de uma proteína é estabilizada por interações fracas (ligações dissulfeto – covalentes – interações não covalentes e fracas, pontes de hidrogênio e interações hidrofóbicas e iônicas) que balanceiam os efeitos • Ligações dissulfetos: não presente em várias proteínas. • O ambiente intracelular na maioria das células é altamente redutor. Já o meio extracelular tende a ser mais oxidante e mais favorável às ligações dissulfeto. • Essas ligações são presentes principalmente em proteínas secretadas e extracelulares. • As interações fracas são importantes para enovelamento das cadeias polipeptídicas em estruturas secundárias e terciárias. • Uma proteína com energia mais baixa é, em geral, aquela com o número máximo de interações fracas. • As interações hidrofóbicas geralmente predominam na contribuição de ligações fracas para a estabilização. • Camada de solvatação: formada quando uma molécula de água envolve uma molécula hidrofóbica em um arranjo ótimo. • Quando grupos apolares se agrupam, o tamanho da camada de solvatação diminui pois diminui a superfície individual exposta. **Até certo ponto, uma camada de solvatação também se forma em moléculas polares para diminuir sua tendência de formar ligações de hidrogênio com a água. Estrutura secundária • É o arranjo espacial dos átomos da cadeia principal de um determinado segmento da cadeia polipeptídica. • Também definida como interação entre o carbono e o nitrogênio de um aminoácido com outra região da cadeia polipeptídica. • As estruturas mais comuns são a alfa-hélice e a folha-beta. Estrutura alfa-helice: ¼ das cadeias polipeptídicas. Estrutura padrão ouro pois aproveita melhor as ligações de hidrogênio. • As condições dos aminoácidos que formam a proteína vão interferir no seu potencial para formar estruturas alfa-helices. Estrutura folha-beta: estrutura planar mantida por pontes de hidrogênio entre aminoácidos mais distantes. Pode ser paralela ou antiparalela. Folha beta + Alfa hélice = estrutura terciária. Estrutura terciária • Arranjo tridimensional dos átomos de uma proteína. • Alcance mais longo da sequência de aminoácidos. • Contêm pontes dissulfeto, pontes de hidrogênio, forças hidrofóbicas, interações de Van der Walls e atrações iônicas (forças estabilizadoras fracas). Estrutura quaternária • Duas ou mais cadeias polipeptídicas distintas ou subunidades que podem ser idênticas ou diferentes • União de cadeias terciárias. • Ex.: Hemoglobina (4 subunidades com grupo heme). Classificação Proteínas fibrosas: possuem formato helicoidal e alongado. Característica apolar e estrutura mais rígida. Geralmente possuem um único tipo de estrutura secundária e uma estrutura terciária mais simples. Colágeno: Proteínas globulares: cadeias de proteínas dobradas em formada esférica ou globular. Normalmente, contem diversos tipos de estruturas secundárias. Enovelamento: também chamado de “motivo”. É um padrão de enovelamento identificável, envolvendo dois ou maiselementos da estrutura secundária e a conexão entre eles. • Motivo simples pode ser dois elementos da estrutura secundária dobrados um sobre o outro, representando parte de uma proteína. Domínio: Segundo termo que descreve padrões estruturais. É definido como uma parte da cadeia polipeptídica que é independentemente estável ou pode se movimentar como uma entidade isolada em relação ao resto da proteína. • Domínios diferentes em geral tem funções diferentes. Proteínas pequenas normalmente tem apenas um domínio. Regras de enovelamento: • Interações hidrofóbicas dão grande contribuição para a estabilidade de proteínas e podem ser criadas por motivos simples como a alça beta- alfa-beta. • Quando ocorrem juntas em uma proteína, as hélices alfas e as folhas betas geralmente são encontradas em camadas estruturais diferentes. Desnaturação e Enovelamento das proteínas • Lembrando que a conformação de uma proteína nativa é apenas marginalmente estável e a maioria delas devem manter certa flexibilidade conformacional para funcionar. Proteostase: É a manutenção contínua do grupo ativo de proteínas células, necessárias em um dado conjunto de condições. • A proteostase celular requer a atividade coordenada de vias para a síntese e enovelamento de proteínas, o redobramento de proteínas parcialmente desdobradas e o sequestro e degradação de proteínas irreversivelmente desdobradas. • Essas vias envolvem centenas de enzimas e proteínas especializadas. Chaperonas: complexos especializados que auxiliam as proteínas a se dobraram em suas conformações nativas. A perda de estrutura da proteína resulta na perda de função → Desnaturação. • Na maioria dos casos, as proteínas desnaturadas existem como um conjunto de estados parcialmente dobrados. • As proteínas podem ser desnaturadas, principalmente, pelo calor (efeito nas interações fracas das proteínas) e por pHs extremos que alteram a carga líquida da proteína causando repulsão eletrostática e rompimento de ligações de hidrogênio. • A desnaturação pode ainda ocorrer por certos solventes orgânicos miscíveis – como álcool ou acetona, solutos como areia, hidrocloreto de guanidina e por detergentes. Esses rompem as ligações hidrofóbicas que mantêm o núcleo das proteínas estável. • A desnaturação de algumas proteínas é reversível (renaturação). • As chaperonas protegem da desnaturação pela temperatura tanto as moléculas de proteína quanto as de peptídeo que ainda estão não estão dobradas. • Elas também bloqueiam o enovelamento de certas proteínas que devem permanecer não dobradas até que sejam deslocadas através da membrana. • Algumas chaperonas também facilitam o arranjo quaternário de proteínas oligoméricas. • Ligante: molécula que interage de modo reversível com uma proteína. • Sítio de ligação: região da proteína que interage com o ligante e é complementar a ele em tamanho, forma, carga e polaridade. Interação específica. • As mudanças conformacionais específicas frequentemente são essenciais para a função proteica. • Encaixe induzido: adaptação estrutural que ocorre entre proteína e ligante. A mudança conformacional em uma subunidade da proteína geralmente afeta as outras. • Enzimas: caso especial de função proteica. Se ligam a outas moléculas e as transformam quimicamente (catalisação). • Substratos: moléculas sobre as quais as enzimas exercem seus efeitos. • Sítio catalítico/ativo: região em que a enzima interage com o substrato. Proteínas de ligação ao oxigênio • Por ser pouco solúvel em soluções aquosas e ter difusão não é eficiente nos tecidos, o oxigênio é transportado por metais de transição (Ferro e Cobre). • O ferro livre promove formação de espécies de oxigênio altamente reativas que podem danificar o DNA e outras moléculas. • Heme: grupo prostético que incorpora o ferro para torná-lo menos reativo. Consiste em uma complexa estrutura orgânica em anel protoporfirina à qual se liga a um único átomo de ferro no estado ferroso (Fe2+). • O anel possui átomos de nitrogênio que ajudam a prevenir a conversão do Fe2+ para o estado Fe3+ (férrico). • Globinas: família de proteínas de ligação ao oxigênio. As mioglobinas tem um único sitio de ligação ao oxigênio. • A estrutura da proteína afeta a forma de interação com o ligante (efeitos estéricos). • A hemoglobina transporta oxigênio no sangue. • Ela possui múltiplas subunidades e sítios de ligação para o 02. • As interações entre as subunidades da hemoglobina causam mudanças conformacionais que alteram a afinidade da proteína pelo oxigênio. • A modulação da ligação do oxigênio permite que a proteína de transporte responda a alterações na demanda de oxigênio nos tecidos. • A hemoglobina é aproximadamente esférica e contêm quatro grupos prostéticos heme, cada um associado com uma cadeia polipeptídica. Sua estrutura quaternária se caracteriza por interações fortes entre as subunidades. • Estado R: estado no qual o oxigênio tem mais afinidade pela hemoglobina. Essa ligação estabiliza o estado R. • Estado T: Mais estável que o estado R quando o oxigênio não está presente. • A ligação do oxigênio à hemoglobina se dá de forma cooperativa. Eles se ligam com eficiência nos pulmões, onde a pO2 é de cerca de 13,3 kPa. Nos tecidos, onde a pO2 é de 4 kPa, o oxigênio é liberado. Curva de saturação da hemoglobina A hemoglobina é uma proteína alostérica, aquela em que a interação com um ligante em um sítio ativo afeta as propriedades de ligação de outro sítio na mesma proteína. • A hemoglobina também transporta H+ e CO2, os produtos finais da respiração celular dos tecidos para os pulmões e para os rins, onde são excretados. • O CO2 é hidratado na forma de bicarbonato, em uma reação catalisada pela anidrase carbônica. Efeito Bohr: efeito do pH e da concentração de CO2 sobre a ligação e a liberação do oxigênio pela hemoglobina. • A ligação do oxigênio com a hemoglobina é regulada pelo 2,3-bifosfogliverato (BPG). • O BPG reduz muito a afinidade da hemoglobina pelo oxigênio e está presente em alta quantidade nos eritrócitos. • O BPG liga-se a um sítio distante do sítio de ligação do oxigênio e regula afinidade do O2 pela hemoglobina em relação à pO2 mais baixa em grandes altitudes. • É importante para a adaptação fisiológica à pO2 mais baixa em grandes altitudes. Nesse caso, a concentração de BPG no sangue começa a aumentar, levando a uma redução na afinidade da hemoglobina pela O2. • Esse efeito é pequeno na ligação do O2 nos tecidos, mas seu efeito é considerável nos tecidos. Outras funções proteicas • Contração: Proteínas actina e miosina que controlam a contração da musculatura. • Defesa: imunoglobulinas (anticorpos) → defesa contra antígenos e patógenos. • Regulação: hormônios (Ex.: insulina/glucagon; hormônio do crescimento e Prolactina). • Enzimas: Catalização de reações biológicas. • Catalisadores biológicos → aumentam a velocidade das reações químicas. • Faz com que o tempo de ocorrências das reações seja compatível com vida. • A maioria das enzimas são proteínas. • A atividade catalítica depende da integridade de suas conformações nativas. • Riboenzimas: grupo de enzimas formadas por Rna e possui características semelhantes às das enzimas proteicas. • A energia necessária para que reação acontece é fornecida pelo choque da enzima com o substrato. • Coenzimas (vitaminas) e cofatores (íons) interagem com a enzima para melhorar sua atividade. As coenzimas atuam como carreadores transitórios de grupos funcionais específicos. Coenzimas: biocina, coenzima A, coenzima B12, FAD, NAD (maioria derivada de vitaminas do complexo B). Íons: Cu2+, Fe2+, Fe3+, Zn2+, K+, Mg2+ Grupo prostético:Coenzima ou íon metálico que se ligue firmemente ou covalentemente a uma enzima. Holoenzima: Enzima completa, cataliticamente ativa. Apoenzima/Apoproteína: A parte proteica de uma holoenzima. As enzimas são classificas de acordo com a reação que catalisam → sufixo ase junto ao nome de seus substratos ou atividade. Classes 1. Oxidorredutases: transferência de elétrons (íons híbridos ou H+) 2. Transferases → Transferência de grupos. 3. Hidrolases → Reações de hidrólise (transferência de grupos funcionais para a água → urease (hidrólise da ureia). 4. Liases → clivagem de C-C, C- O, C-N ou outras ligações por eliminação, rompimento de ligações duplas ou anéis, ou adição de grupos a ligações duplas. 5. Isomerases → transferência de grupos dentro de uma mesma molécula produzindo formas isoméricas. 6. Ligases → formação de ligações de carbono com enxofre, oxigênio e nitrogênio por reações de condensação acopladas a hidrólise de ATP ou cofatores similares. Funcionamento • As enzimas proporcionam um ambiente específico adequado para que uma dada reação ocorra mais rapidamente. • O sítio ativo das enzimas, geralmente, engloba o substrato, sequestrando-o da solução → complexo enzima- substrato. • As enzimas não alteram o equilíbrio da reação. Energia livre de Gibbs → energia útil do sistema → realiza trabalho. G: variação da energia livre. H: Variação da entalpia. S: Variação da entropia (grau de desorganização do sistema). • Estado fundamental: O ponto de partida tanto da reação direta quanto da reação reversa. • O equilíbrio entre S e P reflete a diferença entre as energias livres dos seus estados fundamentais. • O equilíbrio favorece a reação que leva ao estado de menor energia livre. Estado de transição Estado de transição: momento molecular transitório em que eventos como a quebra e formação de ligação ou o desenvolvimento de carga ocorrem com a mesma probabilidade de seguirem tanto para formar novamente o substrato quanto para formar produto • A diferença entre os níveis energéticos no estado basal e o estado de transição é a energia de ativação G*. • Os catalisadores aumentam a velocidade das reações por diminuírem as energias de ativação. • As reações podem ter várias etapas e incluir a formação e consumo de espécies químicas transitórias denominadas intermediários de reação. • Os complexos enzima- substrato (ES) e enzima- produto (EP) são considerados intermediários de reação. • A velocidade final de uma reação com várias etapas é a etapa de menor velocidade → etapa limitante da velocidade. Velocidade e equilíbrio das reações Um equilíbrio como é descrito por uma constante de equilíbrio Keq. ou • A velocidade de uma reação é determinada pela concentração dos reagentes e por uma constante de velocidade → expressa na equação de velocidade: • Nessa reação, a velocidade depende apenas da [S] já que K é uma constante de proporcionalidade. • Acima, a velocidade depende da concentração de dois substratos. • Derivando a reação a partir da teoria do estado de transição e relacionando a magnitude da constante de velocidade com a energia de ativação: • Onde k é a constante de Boltzmann e h é a constante de Planck. • Energia de ligação: é a principal fonte de energia livre utilizada pelas enzimas para a diminuição da energia de ativação das reações. • É proveniente da interação enzima-substratos e da energia liberada na formação de cada interação fraca no complexo ES. • As interações fracas são otimizadas no estado de transição da reação. • Os sítios ativos das enzimas são complementares não aos substratos por si mesmos mas ao estados de transição. A reação na qual a enzima é totalmente complementar ao seu substrato, além de empobrecer a enzima, faz com a reação não ocorra já que o substrato vai ser estabilizado. Esse tipo de complexo ES corresponderia a uma energia da qual o substrato teria dificuldade de escapar e a enzima seria inútil. Para catalisar as reações, as enzimas devem ser complementares ao seu estado de transição. • As interações ótimas entre substratos e enzimas só ocorrem no estado de transição. • A energia de ligação além se ser responsável pela energia adquirida do sistema para catalisar a reação, também contribui para sua especificidade. Cinética enzimática • A concentração do substrato interfere na velocidade das reações catalisadas. • Como a diferença entre as quantidades de enzima e substrato tem diferenças de magnitude na ordem de 5 ou 6 vezes, a [S] pode ser considerada constante. • Em concentrações relativamente baixas de substrato, a V0 aumenta quase linearmente com o aumento de substrato. • Em altas concentrações de substrato, V0 aumenta em pequenas quantidades em resposta ao aumento de [S]. • O ponto no qual o aumento de [S] leva a um aumento insignificantemente pequeno de V0 está próxima à velocidade máxima Vmáx. • Leonor Michaelis e Maud Mender propurseram a reação enzimática em duas etapas, sendo a segunda a etapa limitante da velocidade. • Em dado instante, a enzima vai existir tanto na forma livre quanto na forma de complexo ES. • Em baixa [S] a maior parte da enzima está na forma não combinada E, e a velocidade é proporcional a [S] porque o equilíbrio é deslocado da direção de formação ES a medida [S] aumenta. • A velocidade inicial ocorre quando quase toda a enzima estiver presente como ES e [E] é desprezível → enzima saturada incremento de [S] não produz efeito na velocidade. Estado pré-estacionário: Quando a enzima é misturada com um grande excesso de substrato, há esse período inicial no qual a concentração de ES aumenta. Estado estacionário: A [ES] e de qualquer outro intermediário permanece constante ao longo do tempo. A determinação de V0 geralmente reflete o estado estacionário, embora V0 se limite a parte inicial da reação. Equação de Michaelis-Menten Km = concentração do substrato onde ½ da V.MÁX. da reação é atingida → determinada experimentalmente Parte da reação reduzida: Logo, conclui-se que quando V0 é igual a metade da velocidade máxima, Km será igual a [S] Mecanismo de ação ADICIONAR IMAGENS ESCANEADAS! Inibidores enzimáticos Os inibidores enzimáticos interferem na catálise de uma reação, diminuindo/parando a reação, por meio da alteração dos parâmetros cinéticos Vmax. e Km. A inibição pode ser reversível ou irreversível. Inibições reversíveis: • Competiva • Não-competiva • Incompetiva Inibição irreversível → provoca a inativação da enzima. Altera a estrutura e pode desviar a atuação para outra via de reação. Inibição competitiva • O inibidor compete com o substrato pelo sítio ativo. • Geralmente o inibidor possui estrutura semelhante ao do substrato, porém não leva a catálise. O Km aumenta e a Vmax não se altera. Inibição acompetitiva • O inibidor liga-se em um sítio distinto do sítio ativo do substrato e liga-se apenas ao complexo ES. Km e a Vmax diminuem Inibição mista • Há uma ligação a um sítio distinto do sítio ativo, ao qual o substrato se liga. Nesse caso, o inibidor pode ligar-se tanto à enzima quanto a ES. Inibição não competitiva O inibidor se liga a um sítio ativo diferente do substrato. Km permanece igual e a Vmax diminui. Em resumo: Inibição irreversível • Os inibidores irreversíveis ligam- se covalentemente com ou destroem um grupo funcional da enzima ou formam uma associação não covalente estável. • Inibição causada pelo medicamento aspirina (acetilsalicilato) que inibe a enzima que catalisa a primeira etapa de síntese das prostanglandinas, que estão envolvidas em vários processos inclusive alguns que produzem dor. PH e Temperatura• As enzimas têm um pH (ou uma faixa de pH) ótimo no qual a atividade catalítica é máxima. • Lembrando que enzimas são proteínas, formadas por aminoácidos que podem atuar como ácidos ou bases fracas em funções críticas que dependem de certo estado de ionização e em certas partes da proteína podem ter uma participação essencial nas interações que mantêm a estrutura proteica. • Pode ocorrer também a titulação de um grupo no substrato. • Alterações na temperatura provocam agitações entre as moléculas que formam a estrutura tridimensional das proteínas • As ligações que mantêm a enzima estável se desfazem → desnaturação → o sítio ativo não será mais integro. Enzimas regulatórias • Reações sequenciais: o produto da reação de uma enzima é o substrato da enzima seguinte. • Depende da ordem dos substratos. • Em cada via, é incluída uma ou mais enzimas que influenciam a velocidade de toda sequência de reações. • Enzimas regulatórias: tem atividade catalítica aumentada ou diminuída em resposta a certos sinais. • As enzimas regulatórias são moduladas de várias maneiras: 1. Enzimas alostéricas: agem do meio de ligações reversíveis e não covalentes com moduladores alostéricos ou efetores alostéricos (metabólitos pequenos ou cofatores); 2. Modificações covalentes reversíveis; Em ambos os casos as enzimas tendem a ter subunidades múltiplas, com sítio ativo e sítio regulatório em subunidades diferentes. 3. Proteínas regulatórias (estimulam ou inibem a enzima). 4. Proteólise: irreversível, possibilita mudanças sutis na atividade. As enzimas alostéricas sofrem mudanças conformacionais em resposta à ligação de moduladores → interconversão de formas mais e menos ativas da enzima. • Enzimas homotrópicas: o modulador é idêntico ao substrato. • Enzima heterotrópica: o modulador é diferente do substrato. C = subunidade catalítica; R= subunidade regulatória. Estado T Estado R As enzimas alostéricas não seguem o comportamento cinético de Michalis e Menten. Ação regulatória Mecanismo de retroalimentação: • Reagentes → estimulam → retroalimentação positiva. • Produtos → inibem → retroalimentação negativa. Modificações covalentes • Grupos modificadores: fosforil, acetil, adenili, uridilil, metil, amida, carboxil, hidroxila, sulfato, ribosiladenosina- difosfato e outros... • A modificação de um resíduo de aminoácido de uma enzima faz, efetivamente, um novo resíduo de aminoácido com propriedades diferentes a ser introduzido na enzima