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Moléculas de aminoácidos podem ser ligadas de modo covalente por meio de ligação peptídica, a fim de produzir uma cadeia peptídica. Tal ligação é formada pela desidratação (perda da molécula de água) do grupo α-carboxila (COO-) de um aminoácido a α-amino (NH3+) do outro. Quando muitos aminoácidos se ligam, é chamado então de estrutura polipeptídica. As proteínas podem ter milhares de resíduos de aminoácidos. Dois aminoácidos unidos por uma ligação peptídica é um dipeptidio. Três aminoácidos, 2 ligações, tripeptideo. E assim vai. ESTRUTURA ESTRUTURA PRIMÁRIA A estrutura primária de uma proteína é simplesmente a sua sequência linear de aminoácidos (que sempre começa com uma metionina). Essa estrutura apresenta apenas uma dimensão já que consiste basicamente na ordem na qual aparecem os aminoácidos em uma dada proteína Além das ligações peptídicas que formam a sequência primária de uma proteína, podem ocorrer outras como as pontes de enxofre (ou pontes dissulfeto). A cisteína é um aminoácido que possui um átomo de enxofre na extremidade do seu grupamento R. Estes enxofres das cisteínas, quando se aproximam, podem formar uma ponte dissulfeto, formando uma cistina (e perdendo seus átomos de hidrogênio). O início convencional de uma estrutura primária é ter uma extremidade aminoterminal (n-terminal) e o final convencional é carboxilterminal (c-terminal). A função de uma proteína depende de sua sequência primária. ESTRUTURA SECUNDÁRIA Estrutura secundária de uma proteína diz respeito ao arranjo local dos aminoácidos no espaço, ou seja, como uma determinada sequência se organiza no espaço. Os elementos mais importantes de estrutura secundária são: as α-hélices, as folhas β e as dobras (ou voltas). AS ALFA-HÉLICES Na alfa hélice as interações entre os aminoácidos acabam formando uma estrutura espiral. Cada volta da espiral possui em média 3,6 resíduos de aminoácido (isto é, três aminoácidos e 60% de um outro). Na espiral, os grupamentos R (cadeia lateral) ficam voltados para o exterior, já que por conta de muitos deles serem volumosos, dificilmente se ajustariam no interior da hélice. As α-hélices são altamente estáveis devido à presença de muitas pontes de hidrogênio formadas entre o grupamento amino e o oxigênio do grupamento carboxila de outro resíduo, situado quatro posições a frente. As pontes de hidrogênio se formam naturalmente pois há interações entre as nuvens eletrônicas. Alguns fatores facilitam ou dificultam a formação de uma α-hélice: 1. A repulsão ou atração eletrônica entre resíduos. 2. O tamanho das cadeias laterais de resíduos vizinhos 3. A presença de prolinas (o nitrogênio dela não dispõe de hidrogênio para que ocorra uma ligação de hidrogênio que formaria uma hélice) e glicinas (muito flexíveis por serem pequenas). AS FOLHAS BETA As folhas β são uma segunda maneira dos aminoácidos de uma proteína se organizarem no espaço. As folhas β formam estruturas semelhantes a um ziguezague (o conjunto desses ziguezagues formando com dois ou mais cortes forma uma folha β). As características dos aminoácidos em uma cadeia polipeptídica fazem com que a sequência da proteína não seja linear (lembre- se sempre do exemplo do colar de pérolas, que, quando solto em cima da mesa tende a assumir uma conformação não-linear). As folhas β são estabilizadas por pontes de hidrogênio que proporcionam a esta estrutura um certo grau de rigidez. Os grupamentos R nas folhas ficam voltados para cima ou para baixo do plano que corre a folha beta. Existem dois tipos de fitas β: as paralelas e as antiparalelas. Toda vez que uma proteína se dobrar de forma que a extremidade carboxila esteja no mesmo sentido da exterminada amino, teremos uma fita paralela. Caso contrário, teremos uma fita β antiparalela AS VOLTAS As voltas conectam diferentes segmento das proteínas, podendo mudar a direção da cadeia. Podem estar presentes entre duas alfa hélices, conectando uma alfa hélice a uma fita beta ou conectando duas fitas betas para a formação de uma folha beta antiparalela. As voltas beta são formadas por quatro aminoácidos que se mantêm formando uma espécie de estrutura em semicírculo. ESTRUTURA TERCIÁRIA O arranjo tridimensional das estruturas mencionadas anteriormente é conhecido como estrutura terciária. A estrutura terciária é mantida por pontes de hidrogênio, interações apolares, interações iônicas, pontes de enxofre e as forças de van der Walls. ESTRUTURA QUATERNÁRIA Uma proteína apresenta nível de organização quaternário quando possui mais de uma subunidade. Nem todas proteínas apresentam esse nível de organização. CLASSIFICAÇÃO Dímero: 2 subunidades Trímeros: 3 subunidades Tetrâmeros: 4 subunidades Oligômeros: + de 4 unidades ENOVELAMENTO PROTEÍCO É o processo de formação da estrutura terciária de uma proteína. Dependendo da proteína, o enovelamento pode ser espontâneo ou assistido por outras proteínas. No enovelamento espontâneo, uma proteína submetida a agentes desnaturantes e, em seguida, retirada da presença destes perdia e recuperava sua estrutura terciária, sendo capaz de executar perfeitamente sua função. Algumas proteínas necessitam do auxílio de outras para adquirirem suas estruturas corretas. São duas classes de proteínas que participam como auxiliares: chaperonas e chaperoninas. No grupo das chaperoninas há outras duas proteínas: a dissulfeto isomerase (que corrige pontes dissulfeto formadas incorretamente) e a peptil prolil isomerase (que converte prolil cis, que não são favoráveis a formação da estrutura nativa, em prlil trans, que são favoráveis). CLASSIFICAÇÃO DAS PROTEÍNAS FIBROSAS As proteínas fibrosas são proteínas em forma de filamentos (mais comprida do que larga). No geral se associam a unidades idênticas formando um feixe. A queratina, por exemplo, é uma proteína fibrosa que apresenta grande resistência. É formada por α-hélices que se enrolam umas sobre as outras formando uma super hélice (que é o que faz essa proteína ser tão forte e resistente). GLOBULARES Apresentam forma mais arredondada e são ricas em elementos de estrutura secundária, podendo ser encontradas na mesma proteínas as alfa hélices, as voltas e as folhas beta, todas em grande quantidade. Algumas proteínas globulares estão envolvidas no transporte de oxigênio. TRANSPORTE DE OXIGÊNIO O oxigênio não se dissolve facilmente em solução aquosa. Durante o processo de evolução, surgiram moléculas capazes de transportar o oxigênio em meio aquoso. Uma particularidade associada a essas proteínas é que elas se ligassem ao oxigênio com facilidade, mas que, no local de destino, se desligasse facilmente (ligação reversível). Dos 20 aminoácidos, nenhum deles é capaz de ter essa ligação reversível com o oxigênio. Isto é, proteínas compostas apenas por aminoácidos não podem exercer essa função. O ferro é um ótimo transportador de oxigênio, porém em sua forma livre, gera radicais que são altamente danosos ao DNA e as proteínas. Sendo assim, o ferro associou-se a um outro grupo (protoportfirina) formando uma molécula chamada heme. No heme, o ferro fica no interior da molécula (escondido), sendo assim menos reativo. Porém o heme só é capaz de transportar uma molécula se estiver associado a uma proteína. Isso ocorre pois o heme é uma proteína hidrofóbica, sendo incapaz de circular livremente pela corrente sanguínea.