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Unigranrio – Medicina Maria Eduarda Rodrigues 1 DNA e RNA O corpo humano é constituídos por trilhões de células que tem núcleos, com 23 pares de cromossomos, sendo 22 pares de autossômicos e 1 sexual. Cada cromossomo é uma longa molécula de DNA, sendo uma parte sem informação de formar proteínas. O DNA precisa se desenrolar e chegar ao citoplasma para ser traduzido e lido e posteriormente será clivado (splicing) e a parte que não será lida é retirada. O DNA foi descoberto por um médico suíço Miescher, por meio do estudo do pús ele descobriu um material muito rico em fosforo e azoto e depois descobriu que sua composição é basicamente fosfato, açúcar e base nitrogenada, denominando assim acido nucleico. Na década de 50 Pauling, descobriu a estrutura helicoidal de proteínas constituindo por pontes de hidrogênio o que poderia acontecer com o DNA. Chargaff elucidou que a composição do DNA variava de uma espécie para outra e em qualquer espécie a quantidade de timina era sempre igual a de adenina e a percentagem de citosina era igual de guanina. Introdução Hierarquia Molecular Histórico Timina e Adenina são ligadas por 2 pontes de hidrogênio Guanina e citosina são ligadas por 3 pontes de hidrogênio Unigranrio – Medicina Maria Eduarda Rodrigues 2 Em 1953 Watson e Crick apresentam o modelo de dupla hélice. Em 1962 demonstraram a estrutura tridimensional do DNA e sua configuração molecular. Rosalind Franklin descobriu que era helicoidal ela não percebeu que se tratava de uma estrutura se tratava de uma dupla hélice e não teve o reconhecimento por Watson e Crick que descobriram sua estrutura. Composto orgânico constituído por polímero de nucleotídeos Descoberto no interior do nucleo celular Um fosfato, um açúcar(pentose), uma base nitrogenada Duas Classes • DNA (Ácido Desoxirribonucleico) -Molécula formada por uma cadeia dupla de nucleotídeos -Onde o açúcar é uma desoxirribose (C5H10O5) - Dupla Fita - Timina e citosina (pirimidinas) • RNA (Ácido Ribonucleico) - Molécula formada por uma cadeia simples de nucleotídeos - Onde o açúcar é a Ribose - Fita Simples - Uracila e citosina (pirimidinas) Observações: O carbono 5 e 3 do açúcar sempre se ligam com o fosfato. No carbono 2 da ribose tem o OH e na desorribose só apresenta H Estrutura de pentose + base nitrogenada é nucleosídeo e a tríade fosfato+ pentose+ base nitrogenada é chamado de nucleotídeo. - Adenina e Guanina são bases Purinas. (Água Pura – dica para lembrar) são maiores. - Timina e Citosina são bases Pirimidinas. Ácidos Nucleicos Uracila (RNA) Unigranrio – Medicina Maria Eduarda Rodrigues 3 As extremidades são opostas. Se o DNA for duplicado a fita usada como molde é sempre a que está na direção 3’ para 5’ e a cópia (DNA novo) sempre dá 5’ para 3’. As fitas são antiparalelas. 3’ para 5’ Fita Molde 5’ para 3’ Nova fita Complementariedade e Antiparalelismo Estrutura primária: - O pareamento de bases de cada fita ocorre de maneira padronizada - Sempre uma purina com uma pirimidina - A proximidade dessas bases possibilita a formação de pontes de Hidrogenio -As duas fitas de DNA estão em sentidos opostos Estrutura secundária: Dupla Hélice - A cada 10 pares de base ocorre a torsão do DNA Observação: A replicação do DNA é semi- conservativa, pois cada duplex filho contém um filamento parental e um recém sintetizado. Ácido Desoxirribonucleico (DNA) Unigranrio – Medicina Maria Eduarda Rodrigues 4 Funções - Armazenamento de informação Genética - Transmissão do patrimônio hereditário - Contém as informações que comandam a síntese do RNA (molde) - Fundamental para a síntese de macromoléculas (DNA – RNA – Proteína) - Transfere informação genética para a proteína - Molécula de RNA são produzidas pela transcrição - O RNA é uni filamentar - Os existentes tipos de RNA pode sem agrupados de acordo com sua função -O RNA é o Produto inicial dos genes - Uma fração da fita DNA (que contem a informação de um gene específico) é usado como molde para sintetizar um filamento complementar de RNA: transcrito gênico. - Tendo como função a intermediação no processo da transmissão das informações contidas no DNA. - Diversos RNAs são produzidos por transcrição, mas só o RNA mensageiro (mRNA) é Traduzido. - O princípio do fluxo unidirecional da informação genética não é mais estritamente válido. (os genes podem estar em qualquer fita de DNA) ▪ mRNA – RNA mensageiro (transcrito do DNA) ▪ rRNA – RNA ribossômico (Constituinte do Ribossomo) ▪ tRNA – RNA transportador de nucleotídeos específicos ▪ snRNA – RNA nuclear pequeno, importantes no processo de Splicing e regulação da transcrição. ▪ iRNA – RNA de interferência, inibe a expressão gênica na fase de tradução dificultando a transcrição de genes específicos ( regulador) Observações: - Pre RNA mensageiro (tanto partes codificadas e não codificadas) é processado (maturado) formando o RNA transcrito ou mensageiro (mRNA) - O mRNA sai do núcleo para o citoplasma levando a informação codificada para produzir as proteínas A similaridade entre RNA e o DNA sugere que a transcrição pode ser baseada na complementariedade de bases. Essa complementariedade é a chave da replicação. O processo de duplicação só acontece mediante a atuação de enzimas específicas (DNA polimerase) e a presença de substratos necessários Ácido Ribonucleico (RNA) Duplicação do DNA Unigranrio – Medicina Maria Eduarda Rodrigues 5 (nucleotídeos). Durante o processo as duas fitas de DNA de cada cromossomo são desenroladas pela enzima helicase. A DNApolimerase usa nucleotídeos dispersos no interior da célula para formar as novas fitas, seguindo o princípio da complementariedade. Disso resultam dois dúplices de DNA filhos, cada um dos quais é idêntico a molécula parental. Cada dúplice filho contém uma fita parental e outra recém sintetizada. Pontos relevantes Todos os organismos devem duplicar o seu DNA antes de cada divisão celular A fiel transmissão da informação hereditária depende da replicação precisa do material genético Enzimas importantes para a replicação do DNA o Helicase: enzima responsável pela abertura da dupla hélice. o Primase ou RNA polimerase: atrai nucleotídeos de RNA complementares, formando um primer de RNA. o Girase: topoisomerase que catalisa e orienta, regulando a torção da dupla hélice. o Proteína SSB (Single Strand Binding): estabiliza a porção desenrolada, impedindo a religação entre as fitas. o Replissoma: local onde se origina a replicação do DNA. o DNA Polimerase III o DNA Polimerase I o DNA Ligase: O primer é removido por enzimas, sendo substituído pelas bases de DNA com auxílio da ligase. As helicases são enzimas com função de quebrar as pontes de hidrogênio entre as bases para que as duas fitas de DNA se separem. Essencial para a formação do Replissomo. Uma enzima específica (DNA polimerase) encarrega-se da síntese do DNA, adicionando nucleotídeos complementares à fita molde (fita líder). Como a outra fita (sentido 5 para 3) é copiada? Modelo Semi Conservativo - Cada um dos filamentos irá agir como molde e irá ocorrer a reconstituição da dupla hélice, idêntica a que foi aberta -Nova dupla hélice: uma fita parental e uma fita filha Unigranrio – Medicina Maria Eduarda Rodrigues6 Uma enzima específica (Primase) produz um primer de RNA, ou um trecho curto de ácido nucleico complementar ao molde, que fornece uma extremidade 3' para a DNA polimerase trabalhar (cópia por fragmentos). A DNA Polimerase I tem a função de limpeza (Atividade exonuclease) que se encarrega da remoção dos ribonucleotídeos (primers) adicionados previamente à fita do DNA em formação. A DNA Ligase encarrega-se de ligar os novos fragmentos (fragmentos de Okasaki) que fecham os cortes que permanecem após a substituição dos Primers de RNA. Terminação: Procariotos: DNA circular, quando as duas forquilhas de replicação se encontram ela termina. Eucariotos: sequências específicas de nucleotídeos na extremidade da fita de DNA (TTAGGG); ação da enzima telomerase. PARTE I 1. O que é DNA? DNA é uma cadeia de poli nucleotídeos que são constituídos de duas fitas paralelas. 2. Quais os constituintes da molécula de DNA? São constituídos por um grupo fosfato, um açúcar (desoxirribose) e uma base nitrogenada , que formam os nucleotídeos que em cadeia formam o DNA. 3. Quais são as bases nitrogenadas que constituem o DNA? As bases nitrogenadas que que constituem o DNA são adenina, citosina, timina, guanina. 4. Qual o tipo de ligação existente entre os nucleotídeos? Ligação Fosfodiéster. 5. O que é complementaridade do DNA? As bases nitrogenadas apresentam uma complementariedade específica, ou seja, adenina sempre se emparelha com uma timina, enquanto a citosina sempre se emparelha com uma guanina. Uma base púrica sempre é emparelhada com uma base pirimídica. 6. Por que as fitas de DNA são antiparalelas? Porque as fitas se encontram emparelhadas em sentidos opostos. Se em uma extremidade do filamento há uma pentose, do lado oposto haverá um fosfato. As cadeias principais apresentam as direções 5' → 3' opostas, ou seja, uma cadeia está no sentido 5' → 3', e a outra, no sentido 3' → 5'. 7. Quantas pontes de hidrogênio ligam a adenina com a timina? E a citosina com a guanina? Duas pontes de hidrogênio ligam adenina com timina e três pontes de hidrogênio ligam citosina com guanina. 8. Complete a sequência A T C T T G A C G (molde) T A G A A C T G C (complementar) A U C U U G A C G (RNA) Fixando Unigranrio – Medicina Maria Eduarda Rodrigues 7 9. Por que a molécula de DNA é estável? Porque ela é totalmente enrolada e protegida por histonas. Além das fortes ligações existentes entre as bases (pontes de hidrogênio) e entre os nucleotídeos (fosfodiéster). 10. Onde o DNA é encontrado? É encontrado no núcleo nos eucariontes e soltos no citoplasma nos procariontes. 11. Por que as bases nitrogenadas ficam na parte interna da molécula? Porque os grupamentos fosfatos se repelem entre si por apresentarem cargas negativas, além disso, as ligações de hidrogênio entre as bases favorecem essa arquitetura da molécula. PARTE II 1. Explique o que significam os termos: replicação conservativa e semiconservativa. Replicação conservativa, conserva o DNA molde e forma um novo com duas fitas filhas. Replicação semiconservativa, cada duplex é formado por uma fita parental e por outra fita filha recém sintetizada. 2. O que significa primer e, porque os primers são necessários para replicação do DNA? Primers são sequencias iniciadoras que possuem entre 18 e 30 pares de bases nitrogenadas. Eles são necessários, pois a DNA polimerase precisa de um extremidade 3’, para iniciar a duplicação da fita, que é fornecida pelo primer. 3. O que são helicases e topoisomerases? Helicases são enzimas que rompem as ligações de hidrogênio entre as bases de DNA para que as duas fitas de DNA se separem. A topoisomerase é uma enzima que quebra a fita de DNA, ela funciona como uma tesoura que desenrola a fita de DNA e corta ela. 4. Por que a síntese de DNA é contínua em um filamento e descontínua no filamento oposto? Porque as fitas são antiparalelas e a duplicação do DNA só acontece no sentido 5' → 3'. Dessa forma uma das fitas (fita líder) é sintetizada continuamente enquanto a outra é copiada de forma descontinuada (fita atrasada). 5. Se a timina constitui 15% das bases em uma molécula específica de DNA, que porcentagem de bases tem a citosina? Timina – 15% Adenina- 15% Citosina – 35% Guanina – 35% 6. Se o conteúdo GC de uma molécula de DNA é de 48%, quais as porcentagens das quatro bases (A, T, G e C) nessa molécula? Adenina – 26% Timina – 26% Guanina – 24% Citosina – 24% 7. Se o conteúdo AT de uma molécula é de 56%, quais as porcentagens das quatro bases (A, T, G e C) nessa molécula? Adenina – 28% Timina – 28% Guanina – 22% Citosina – 22% 8. O que são fragmentos de Okazaki? São os fragmentos de DNA que compõem a fita de DNA com replicação descontínua. Unigranrio – Medicina Maria Eduarda Rodrigues 8 9. O que é origem de replicação? Origens de replicação são regiões específicas na sequência nucleotídica de moléculas de DNA, nas quais determinadas proteínas se ligam para abrir a dupla hélice deste ácido nucléico, permitindo o início da replicação de novas moléculas de DNA. A partir dela, o DNA se duplica nas duas direções, formando duas forquilhas de replicação. 10. Faça um pequeno resumo das principais etapas da replicação. Início Helicase – o ponto em que a replicação começa é conhecido como a origem da replicação. Helicase traz o procedimento de separação de fita, que leva à formação do garfo de replicação. Ele quebra a ligação de hidrogênio entre os pares de bases para separar o fio. Utiliza energia obtida da Hidrólise de ATP para realizar a função. Proteína SSB – O próximo passo é que a Proteína de Ligação de DNA de Cadeia Simples se ligue ao DNA de fita simples. Seu trabalho é impedir que os fios se liguem novamente. DNA Primase – Uma vez que os filamentos estejam separados e prontos, a replicação pode ser iniciada. Para isso, é necessário um primer para vincular na origem. Primers são sequências curtas de RNA, com cerca de 10 nucleotídeos de comprimento. Primase sintetiza os primers. Alongamento DNA Polimerase III – Esta enzima faz a nova cadeia lendo os nucleotídeos na cadeia modelo e adicionando especificamente um nucleotídeo após o outro. Se ele ler uma Adenina (A) no modelo, ele adicionará apenas um Timina (T). Ele só pode sintetizar novos fios na direção de 5 ‘para 3’. Também ajuda na revisão e reparação do novo fio. A Polimerase tem que anexar apenas uma vez e pode continuar seu trabalho conforme o garfo de replicação avança. No entanto, para a cadeia que está sendo sintetizada na outra direção, que é conhecida como a cadeia “retardada”, a polimerase tem que sintetizar um fragmento de DNA. Então, à medida que a forquilha de replicação avança, ela precisa se reconectar ao novo DNA disponível e depois criar o próximo fragmento. Estes fragmentos são conhecidos como fragmentos de Okazaki Terminação DNA Polimerase I – Se você se lembra, nós adicionamos um RNA primer na origem para ajudar a Polimerase a iniciar o processo. Agora, como o fio foi feito, precisamos remover o primer. É quando a polimerase I entra em cena. É preciso a ajuda da RNase H para remover o primer e preencher as lacunas. DNA ligase – Quando a Polimerase III está adicionando nucleotídeos ao filamento atrasado e criando fragmentos de Okazaki, às vezes deixa uma lacuna ou dois entre os fragmentos. Essas lacunas são preenchidas por ligase. https://pt.wikipedia.org/wiki/Fragmento_de_Okazaki
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