O pepsinogênio é transformado em pepsina (forma ativa) pela ação do meio ácido (pH~2,0) do estômago, em virtude do ácido clorídico presente no suco gástrico. só reage em meio ácido. Por isso, o estômago também produz ácido clorídrico (HCl). Quando em contato com o ácido clorídrico, A pepsina é eficiente em clivar pontes envolvendo aminoácidos aromáticos, fenilalanina, triptofano e tirosina (ALTUN; CETINUS, 2007).
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