Os órgãos linfoides presentes no sistema respiratório são basicamente aglomerados linfáticos presentes na mucosa e submucosa. Os órgãos linfoides presentes no sistema respiratório incluem as amígdalas, que são estruturas linfáticas formadas por aglomerados de tecido linfóide localizados em posições estratégicas para defender o corpo através da produção de linfócitos. As amígdalas palatinas estão localizadas na orofaringe e possuem um epitélio escamoso estratificado com invaginações epiteliais que penetram no parênquima formando criptas contendo células epiteliais descamadas, linfócitos vivos e mortos e bactérias. A amígdala faríngea, também conhecida como adenóide, é composta por uma massa triangular de tecido linfóide no teto da nasofaringe, revestida por um epitélio pseudoestratificado colunar ciliado com células caliciformes e não possui criptas. A amígdala lingual está localizada na base da língua, até a epiglote, e é formada por um epitélio escamoso estratificado. A amígdala tubária é uma coleção de tecido linfóide na submucosa da faringe, na abertura faríngea da tuba auditiva. Os linfonodos e os vasos linfáticos também auxiliam na defesa do sistema respiratório.
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