A diferença entre o sequenciamento manual e o automatizado está relacionada ao processo de execução e aos reagentes utilizados. No sequenciamento manual, são utilizados nucleotídeos do tipo dNTP (desoxinucleotídeos trifosfato) e a corrida eletroforética é realizada em gel de poliacrilamida para observação dos resultados. Nesse método, os ddNTPs (desoxinucleotídeos difosfato terminadores) são adicionados em diferentes tubos de reação, cada um contendo um tipo de ddNTP marcado com uma cor específica. A eletroforese separa os fragmentos de DNA de acordo com o tamanho, permitindo a identificação da sequência de nucleotídeos. Já no sequenciamento automatizado, um equipamento realiza todo o procedimento de forma automatizada. Nesse caso, são utilizados ddNTPs marcados fluorescentemente, em que cada nucleotídeo possui uma cor específica. Após a corrida eletroforética em capilar, o equipamento realiza a detecção da fluorescência dos ddNTPs marcados, lendo a sequência de nucleotídeos do DNA. Esse método é mais rápido e eficiente, pois dispensa a necessidade de separar os ddNTPs em diferentes tubos de reação. Ambos os métodos utilizam os ddNTPs, que são os nucleotídeos sem a hidroxila livre no açúcar, e o resultado é obtido por meio da eletroforese em gel de poliacrilamida. No entanto, a diferença está na forma como os ddNTPs são utilizados e como os resultados são observados.
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