As mitocôndrias são amplamente aceitas como tendo origem em uma relação simbiótica entre um ancestral de bactéria e uma célula hospedeira. Acredita-se que esse ancestral bacteriano era um tipo de alfa-proteobactéria. A evidência mais forte para essa hipótese é a presença de características compartilhadas entre as mitocôndrias e as bactérias alfa-proteobactérias. Por exemplo, as mitocôndrias possuem seu próprio material genético (DNA) circular, semelhante ao das bactérias alfa-proteobactérias, e o processo de replicação das mitocôndrias é semelhante ao das bactérias.
Além disso, existem semelhanças genéticas entre as mitocôndrias e as bactérias alfa-proteobactérias. Vários genes presentes nas mitocôndrias têm sequências de DNA semelhantes às das bactérias alfa-proteobactérias. Essa similaridade de genes é um forte indicativo de que as mitocôndrias compartilham um ancestral comum com as bactérias alfa-proteobactérias.
Quanto aos cloroplastos, acredita-se que eles também tenham se originado por meio de um evento de endossimbiose, assim como as mitocôndrias. A hipótese mais aceita é a teoria da endossimbiose primária, que sugere que os cloroplastos se originaram a partir de uma relação simbiótica entre uma célula hospedeira e uma cianobactéria ancestral.
A evidência para essa hipótese é semelhante à das mitocôndrias. Os cloroplastos têm seu próprio material genético circular, semelhante ao das cianobactérias. Além disso, os cloroplastos compartilham características bioquímicas e estruturais com as cianobactérias. Por exemplo, ambos possuem clorofila para a realização da fotossíntese e têm membranas internas semelhantes.
Estudos genômicos também fornecem evidências de que os cloroplastos têm origem bacteriana. Análises comparativas de sequências genéticas mostram semelhanças entre os genes dos cloroplastos e os genes das cianobactérias. Além disso, a presença de endossimbiontes intermediários, como as criptofíceas, que possuem vestígios de cloroplastos primários em suas células, reforça a hipótese de endossimbiose na origem dos cloroplastos.
No geral, existem evidências substanciais que apoiam as hipóteses de endossimbiose para a origem tanto das mitocôndrias quanto dos cloroplastos. Essas evidências incluem semelhanças genéticas, características bioquímicas e estruturais compartilhadas entre as organelas e suas bactérias ancestrais, além de estudos comparativos de sequências genômicas.
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