Dois locais da via endocítica em que o pH mais baixo é importante são os endossomos tardios e os lisossomos. Nos endossomos tardios, o pH ácido é necessário para a fusão de vesículas endocíticas com o endossomo, permitindo a formação de endossomos multivesiculares. Já nos lisossomos, o pH ácido é essencial para a atividade das enzimas hidrolíticas, que degradam as macromoléculas capturadas pelas vesículas endocíticas.
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