A técnica utilizada para identificar marcadores moleculares de DNA é a RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), que consiste em cortar o DNA em fragmentos utilizando enzimas de restrição e analisar os tamanhos desses fragmentos por meio de eletroforese em gel. Outras técnicas comumente utilizadas são AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), Microssatélites, VNTR (Variable Number Tandem Repeats), entre outras. Essas técnicas permitem identificar variações genéticas específicas no DNA, que podem ser utilizadas em estudos de genética, evolução, identificação de indivíduos, entre outros.
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