Os principais filos pertencentes aos protozoários são: Sarcomastigophora, Ciliophora, Apicomplexa e Microspora. O filo Apicomplexa é caracterizado por possuir um complexo apical, que é uma estrutura utilizada para penetrar nas células hospedeiras. Além disso, eles possuem um ciclo de vida complexo, com diferentes formas de reprodução assexuada e sexuada. Muitas espécies desse filo são parasitas, causando doenças em humanos e outros animais, como a malária, toxoplasmose e criptosporidiose.
O Filo protozoa compreende algumas classes como:
Classe Mastigophora (Família Trichomonadidae)
Classe Haemosporidia (Família Plasmodidae)
Classe Mastigophora (Famílias Hexamitidae e Monocercomonadidae)
Classe Mastigophora (Família Trypanosomatidae)
Classe Coccidia (Famílias Eimeriidae, Cryptosporidiidae, Hepatozoida, Sarcocystidae)
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