A área comprometida no procedimento cirúrgico que apresenta uma alça motora com os núcleos da base está relacionada ao controle dos movimentos voluntários. As estruturas neuroanatômicas envolvidas nesse processo incluem o córtex motor, os núcleos da base (como o núcleo caudado, putâmen e globo pálido), o tálamo e o trato corticoespinhal. O córtex motor é responsável por iniciar os comandos motores voluntários. Ele envia sinais para os núcleos da base, que atuam como uma espécie de "filtro" para esses comandos. Os núcleos da base ajudam a modular e ajustar a atividade motora, selecionando os movimentos apropriados e inibindo os indesejados. A partir dos núcleos da base, os sinais são transmitidos para o tálamo, que serve como uma estação de retransmissão. O tálamo envia os sinais de volta para o córtex motor, onde são convertidos em comandos motores específicos. A neurofisiologia envolvida na facilitação dos movimentos a partir do córtex envolve a ativação de neurônios motores no córtex motor, que geram potenciais de ação. Esses potenciais de ação são transmitidos ao longo dos axônios dos neurônios motores, formando o trato corticoespinhal. Esse trato conduz os sinais motores até a medula espinhal, onde ocorre a ativação dos músculos responsáveis pelos movimentos desejados. É importante ressaltar que essa é uma explicação simplificada do processo neuroanatômico e neurofisiológico envolvido na facilitação dos movimentos a partir do córtex. Existem muitos outros detalhes e estruturas envolvidas nesse complexo sistema motor.
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