A unidade adaptativa do sistema imunológico é responsável por reconhecer e responder a antígenos, que são moléculas capazes de desencadear uma resposta imune adaptativa. Os antígenos são especificamente reconhecidos por proteínas altamente especializadas dos linfócitos, como os receptores de células B (BCR) e receptores de células T (TCR) quando associados ao MHC. No entanto, os haptenos, apesar de serem antígenos, são proteínas muito pequenas que são incapazes de induzir uma resposta imune. Os anticorpos podem ser produzidos contra esses haptenos se eles estiverem ligados covalentemente a uma proteína carreadora grande, gerando um complexo grande o suficiente para ser reconhecido pelo sistema imunológico. A imunogenicidade é a capacidade dos antígenos de induzir uma resposta celular ou humoral, enquanto a antigenicidade é a capacidade dos antígenos de se combinar especificamente com os produtos finais da resposta imune, como as imunoglobulinas e os TCRs. Os epítopos são as regiões do antígeno que são reconhecidas pelos receptores antigênicos, também conhecidos como determinantes antigênicos. Os receptores de células B são capazes de identificar epítopos lineares e conformacionais, enquanto os receptores de células T só reconhecem epítopos lineares. Os superantígenos são moléculas capazes de ativar um grande número de linfócitos T de forma inespecífica, promovendo uma resposta imune exagerada. Os receptores de células B, também conhecidos como moléculas de anticorpo, são compostos por regiões constantes e variáveis, sendo que as regiões variáveis são responsáveis pela ligação específica aos antígenos. Cada molécula de anticorpo possui duas cadeias pesadas e duas cadeias leves, que contribuem para a especificidade de ligação do antígeno.
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