A principal diferença entre a PCR convencional e a PCR em tempo real está na detecção e quantificação dos produtos amplificados. Na PCR convencional, a detecção é feita após a amplificação, geralmente por eletroforese em gel, onde os produtos amplificados são separados por tamanho. Já na PCR em tempo real, a detecção ocorre durante a amplificação, utilizando sondas fluorescentes ou corantes intercalantes que se ligam ao DNA amplificado. Isso permite a monitoração em tempo real da amplificação, possibilitando a quantificação precisa dos produtos amplificados. Além disso, a PCR em tempo real permite a análise multiplex, ou seja, a detecção de múltiplos alvos em uma única reação, o que não é possível na PCR convencional.
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