Durante uma análise Markov Chain Monte Carlo (MCMC), a transição de uma cadeia de uma árvore atual para uma nova árvore é determinada pela probabilidade de aceitação da nova árvore. Essa probabilidade é calculada com base na função de verossimilhança dos dados e na distribuição a priori dos parâmetros do modelo. A cadeia se move para a nova árvore se a probabilidade de aceitação for maior do que um valor aleatório gerado entre 0 e 1. Caso contrário, a cadeia permanece na árvore atual.
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