A diferença entre as bactérias Gram positivas e Gram negativas é que as Gram positivas possuem uma parede celular composta por uma espessa camada de peptideoglicanos, que permite que o lugol auxilie na fixação do cristal violeta, corando as bactérias de roxo. Já as Gram negativas possuem uma parede celular mais fina e uma camada externa composta por lipopolissacarídeos (LPS), que não tem capacidade de reter o complexo primário de cristal violeta/lugol após o tratamento com o álcool.
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