O alinhamento local de sequências é aquele que busca identificar regiões de alta similaridade entre duas ou mais sequências, sem se preocupar com o alinhamento completo das sequências. Esse tipo de alinhamento é útil quando se deseja identificar regiões conservadas em sequências que possuem diferenças significativas em outras regiões. O alinhamento local pode ser realizado utilizando algoritmos como o BLAST e o Smith-Waterman.
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