Os principais tipos de unidades organizacionais encontradas em genomas procarióticos são: - Motivos - Repetições - Genes - Operons - Ilhas - Domínios Os motivos são sequências curtas de nucleotídeos, geralmente de dois a algumas dezenas de pares de bases de comprimento, que podem ser relativamente comuns em genomas procarióticos. As sequências repetidas, embora muito mais abundantes em genomas eucarióticos, também estão presentes em genomas procarióticos. Diferentes famílias de sequências repetidas estão presentes em genomas procarióticos, com números de cópias que podem variar de menos de 5 a várias centenas ou até milhares por genoma. Os genes são as unidades funcionais básicas dos genomas, codificando proteínas ou RNA. Os operons são unidades organizacionais encontradas apenas em genomas procarióticos, consistindo em um conjunto de genes relacionados que são transcritos juntos sob o controle de um único promotor. As ilhas são segmentos de DNA que foram adquiridos por transferência horizontal e muitas vezes estão associados a virulência ou outros traços adaptativos. Os domínios são as maiores unidades organizacionais dos genomas procarióticos, consistindo em segmentos cromossômicos inteiros ou até mesmo cromossomos inteiros.
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