O diagnóstico de úlcera péptica é feito por meio de endoscopia digestiva alta. A classificação de Sakita é utilizada para avaliar a atividade, cicatrização e cicatriz da úlcera. O controle da úlcera gástrica é obrigatório por meio de endoscopia digestiva alta, enquanto que no caso de úlcera duodenal, o controle por EDA é opcional. A dosagem de gastrina e o teste de secretina são realizados para suspeita de síndrome de Zollinger-Ellison (níveis> 1000 pg/ml).
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