O diagnóstico da dispepsia funcional é feito por exclusão de outras doenças orgânicas que possam estar causando os sintomas. Para isso, é necessário realizar exames físicos e complementares, como hemograma, teste de sangue oculto nas fezes, ultrassonografia abdominal superior e endoscopia digestiva alta (em pacientes com mais de 45 anos). Se todos esses exames estiverem normais, o diagnóstico de dispepsia funcional pode ser feito.
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