As possíveis causas da deficiência intelectual podem ser divididas em três categorias: causas pré-natais, causas perinatais e causas pós-natais. Causas pré-natais incluem fatores genéticos, como síndromes genéticas, anomalias cromossômicas e mutações genéticas. Outros fatores pré-natais incluem infecções maternas, exposição a drogas, álcool e tabaco durante a gravidez, desnutrição materna e complicações durante a gravidez. Causas perinatais incluem falta de oxigênio durante o parto, trauma craniano durante o parto, prematuridade e baixo peso ao nascer. Causas pós-natais incluem infecções cerebrais, como meningite e encefalite, traumatismo craniano, exposição a toxinas, como chumbo e mercúrio, desnutrição, falta de estimulação cognitiva e emocional e abuso físico ou emocional.
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