Existem dois tipos de associações entre microrganismos e plantas: simbiose e patogenicidade. A simbiose é uma associação benéfica entre microrganismos e plantas, onde ambos os organismos se beneficiam. Um exemplo disso é a associação entre bactérias fixadoras de nitrogênio e plantas, onde as bactérias fornecem nitrogênio para as plantas e, em troca, as plantas fornecem carboidratos para as bactérias. Outro exemplo é a associação entre fungos micorrízicos e plantas, onde os fungos auxiliam na absorção de nutrientes pelas plantas. Já a patogenicidade é uma associação prejudicial entre microrganismos e plantas, onde os microrganismos causam doenças nas plantas. Fungos, bactérias e vírus são exemplos de microrganismos patogênicos que podem causar doenças nas plantas, comprometendo seu crescimento, desenvolvimento e produção.
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