A comparação de sequências de DNA e proteínas entre espécies é uma das evidências moleculares que suportam a teoria da evolução. Essa comparação pode revelar relações evolutivas, pois espécies mais próximas evolutivamente tendem a ter sequências de DNA e proteínas mais semelhantes. Além disso, a análise de genes homólogos em diferentes espécies também pode fornecer evidências moleculares para a evolução, pois a presença de genes homólogos em espécies diferentes sugere que essas espécies compartilham um ancestral comum. Outra evidência molecular é a presença de pseudogenes, que são genes que perderam sua função ao longo do tempo, mas ainda estão presentes no genoma de uma espécie. A presença de pseudogenes em espécies diferentes pode indicar que essas espécies compartilham um ancestral comum que possuía esse gene funcional.
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