Os ciclos do ácido cítrico e da ureia estão interconectados através do ciclo da ureia, que é responsável pela eliminação de amônia do organismo. O ciclo da ureia ocorre no citosol e no fígado, enquanto o ciclo do ácido cítrico ocorre nas mitocôndrias das células. O intermediário do ciclo da ureia, o carbamoil-fosfato, é produzido a partir da amônia e do dióxido de carbono, e é utilizado no ciclo do ácido cítrico para produzir o aspartato. O aspartato é então transportado para o citosol, onde é utilizado no ciclo da ureia para produzir a arginina. A arginina é então convertida em ureia, que é eliminada do organismo através da urina. A vantagem desse vínculo é que ele permite que o organismo elimine a amônia, que é tóxica em altas concentrações, de forma eficiente. Além disso, o ciclo do ácido cítrico produz intermediários que são utilizados em outras vias metabólicas, como a síntese de aminoácidos e a produção de energia.
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