Se o analista confundir a solução alcoólica com uma solução aquosa, o resultado da coloração de Gram pode ser afetado. A solução alcoólica é usada para desidratar as bactérias gram-negativas, tornando-as mais permeáveis à corante violeta cristal, enquanto as bactérias gram-positivas retêm o corante. Se a solução alcoólica for substituída por uma solução aquosa, as bactérias gram-negativas não serão desidratadas adequadamente e podem acabar retendo o corante violeta cristal, o que pode levar a um resultado falso-positivo.
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