Embora as condições acima estejam preenchidas, a lei processual vedou, expressamente, o ANPP em algumas situações, são elas:
a) Se for cabível transação penal de competência dos Juizados Especiais Criminais, pois ela é melhor para o investigado e terá preferência, impedindo a realização do ANPP.
b) se o investigado for reincidente ou se houver elementos probatórios que indiquem conduta criminal habitual, reiterada ou profissional, exceto se insignificantes as infrações penais pretéritas.
c) ter sido o agente beneficiado nos cinco anos anteriores ao cometimento da infração, em acordo de não persecução penal, transação penal ou suspensão condicional do processo.
d) nos crimes praticados no âmbito de violência doméstica ou familiar, ou praticados contra a mulher por razões da condição de sexo feminino, em favor do agressor.
No tocante à formalização do acordo, necessário mencionar que o juiz dele não participa, sob pena de nulidade. Sua participação será apenas na homologação. Assim, tal negociação deve ser feita entre o Ministério Público, o investigado e seu advogado. Importante, também, mencionar aqui que a falta da defesa técnica (advogado) conduz à nulidade do acordo.
A mencionada homologação do acordo será, necessariamente, feita em uma audiência. Nela o Magistrado verificará a voluntariedade do investigado – que necessariamente deverá estar presente – e observará a legalidade do acordo.
No caso de o juiz se negar a homologar o acordo, é possível a interposição de recurso em sentido estrito (RESE), na forma do previsto no art. 581, XXV, do CPP.
Uma vez homologado judicialmente o acordo, este será devolvido ao Ministério Público para que o execute no juízo das Execuções.