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A interação entre proteínas e o DNA é de extrema importância na genômica funcional, especialmente pelo fato de que diversas proteínas são reguladoras da expressão gênica. Com base nas técnicas utilizadas para identificar os locais de interação, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
( ) A MNase (nuclease microcócica), uma nuclease específica, capaz de clivar o DNA em pequenos fragmentos, é modificada com a adição de uma proteína, a proteína A (pA) no sequenciamento CUT & RUN.
( ) A MNase modificada com a pA forma regiões de interação entre a proteína e o DNA que podem ser imunoprecipitadas, formando uma amostra rica de precipitados de regiões de interação da proteína de interesse com o DNA.
( ) No sequenciamento ChIP, a proteína de interesse é reticulada ao DNA, ou seja, são formadas ligações covalentes entre a proteína e o DNA por meio da adição de anticorpos específicos para essa proteína.
A V - V - F.
B V - F - V.
C F - V - F.
D F - F - V.
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Desafios para Aprender

há 2 anos

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ano passado

Vamos analisar cada uma das afirmações sobre as técnicas utilizadas para identificar os locais de interação entre proteínas e DNA: ( ) A MNase (nuclease microcócica), uma nuclease específica, capaz de clivar o DNA em pequenos fragmentos, é modificada com a adição de uma proteína, a proteína A (pA) no sequenciamento CUT & RUN. É verdadeira (V). A MNase é utilizada no método CUT & RUN para clivar o DNA em regiões específicas onde a proteína de interesse está ligada. ( ) A MNase modificada com a pA forma regiões de interação entre a proteína e o DNA que podem ser imunoprecipitadas, formando uma amostra rica de precipitados de regiões de interação da proteína de interesse com o DNA. É verdadeira (V). A MNase modificada permite a captura das regiões de interação, que podem ser isoladas por imunoprecipitação. ( ) No sequenciamento ChIP, a proteína de interesse é reticulada ao DNA, ou seja, são formadas ligações covalentes entre a proteína e o DNA por meio da adição de anticorpos específicos para essa proteína. É falsa (F). No ChIP, a proteína de interesse é ligada ao DNA, mas não necessariamente por ligações covalentes; a ligação é geralmente por interações não covalentes, e os anticorpos são usados para precipitar a proteína ligada ao DNA, mas não para formar ligações covalentes. Portanto, a sequência correta é: V - V - F. A alternativa que apresenta essa sequência é a) A.

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há 2 anos

Vamos analisar cada afirmação sobre as técnicas utilizadas para identificar os locais de interação entre proteínas e DNA: ( ) A MNase (nuclease microcócica), uma nuclease específica, capaz de clivar o DNA em pequenos fragmentos, é modificada com a adição de uma proteína, a proteína A (pA) no sequenciamento CUT & RUN. Verdadeiro (V). A técnica CUT & RUN envolve a modificação da MNase com a proteína A para clivar o DNA em regiões de interação proteína-DNA. ( ) A MNase modificada com a pA forma regiões de interação entre a proteína e o DNA que podem ser imunoprecipitadas, formando uma amostra rica de precipitados de regiões de interação da proteína de interesse com o DNA. Falso (F). Na técnica CUT & RUN, as regiões de interação não são imunoprecipitadas, mas sim clivadas pela MNase modificada para posterior sequenciamento. ( ) No sequenciamento ChIP, a proteína de interesse é reticulada ao DNA, ou seja, são formadas ligações covalentes entre a proteína e o DNA por meio da adição de anticorpos específicos para essa proteína. Verdadeiro (V). Na técnica de imunoprecipitação de cromatina (ChIP), a proteína de interesse é ligada ao DNA por meio de anticorpos específicos, permitindo a identificação dos locais de interação. Portanto, a sequência correta é V - F - V, correspondente à alternativa B) V - F - V.

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Com base na técnica CRISPR-Cas9, analise as sentenças a seguir:
I- Uma molécula de RNA guia (gRNA) é inserida em uma sequência maior de RNA. Quando em contato com o DNA, o gRNA se liga uma a sequência específica do DNA, indicando para a enzima Cas9 onde o DNA deve ser cortado.
II- Os mecanismos de reparo de DNA presentes na célula é ativado e utilizado para a inserção, exclusão de pares de bases do DNA ou para efetuar a substituição de segmentos inteiros de DNA por segmentos de DNA personalizados.
III- Os efeitos da edição do genoma em células e animais experimentais, pois essa ferramenta se mostra bastante promissora para o tratamento de doenças relacionadas a determinados genes, como a fibrose cística e a hemofilia, e para auxiliar no tratamento de outras doenças, como o câncer.
A Somente a sentença II está correta.
B Somente a sentença I está correta.
C As sentenças I, II e III estão corretas.
D Somente a sentença III está correta.

No processo de digestão proteica são obtidas informações relativas à m/z dos diferentes peptídeos. Entretanto, também é importante que as sequências de aminoácidos da proteína sejam identificadas. A respeito da detecção da sequência dos aminoácidos de uma proteína, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
( ) Os processos de dissociação induzida por colisão (CID) ou por transferência de elétrons (ETD) formam íons de massa molecular elevada, que são aplicados ao primeiro ciclo de cromatografia líquida.
( ) No processo de fragmentação dos íons peptídicos, são utilizadas técnicas que favorecem a formação de fragmentos que sejam opostos e complementares.
( ) A sequência de aminoácidos dos peptídeos pode ser deduzida por softwares apropriados para o sequenciamento, que podem formar a sequência completa da proteína.
A F - F - V.
B V - F - F.
C F- V - V.
D V - F - V.

Por meio do Projeto Genoma Humano, criou-se dois grandes grupos de trabalho independentes, formados por 5.000 cientistas em um consórcio público e da iniciativa privada da empresa Celera Genomics, respectivamente. O intuito foi patentear os genes sequenciados. Com base nas técnicas utilizadas para o sequenciamento, analise as sentenças a seguir
I- O shotgun hierárquico sequenciava através da fragmentação do DNA total, que era clonado a partir de diferentes tamanhos de fragmentos de 2 mil, 10 mil e 130 mil pares de base.
II- O shotgun hierárquico utilizava como vetor plasmídeos bacterianos comuns, a fim de sequenciar diferentes tamanhos de fragmentos do genoma completo.
III- O shotgun de genoma inteiro formava três bibliotecas de DNA, com diferentes tamanhos de fragmentos.
A As sentenças I e II estão corretas.
B Somente a sentença III está correta.
C Somente a sentença II está correta.
D As sentenças I e III estão corretas.

A ionização/dessorção a laser assistida por matriz (MALDI) e a ionização por eletro spray (ESI) são técnicas de ionização que podem ser utilizadas em peptídeos. Sobre os processos de ionização utilizados nas análises de proteômica, assinale a alternativa CORRETA:

A A ionização ESI utiliza cristais que são bombardeados por laser, sendo sublimados (convertidos em fase gasosa) e ionizados durante o processo.
B A ionização por MALDI permite degradação de moléculas como DNA e proteínas.
C A ionização por MALDI é considerada branda, sendo aplicável a moléculas sensíveis como DNA e proteínas.
D A ionização ESI é considerada agressiva por desnaturar amostras peptídicas.

[Laboratório Virtual - Cromatografia em coluna e em camada delgada] Para realizar a cromatografia, inicialmente é necessário preparar a coluna cromatográfica. Esse preparo exige que alguns passos sejam seguidos. De acordo com o método para preparar a coluna cromatográfica, ordene os itens a seguir:
I- Colocar um algodão na bureta com o auxílio do bastão de vidro e acoplar o funil.
II- Adicionar a solução de hexano, armazenada na pisseta, no béquer contendo sílica em gel (béquer 1).
III- Com o auxílio do bastão de vidro, misture o hexano com a sílica em gel. Em seguida, transfira o conteúdo do béquer 1 para a bureta. Depois, sedimente o adsorvente da proveta com os dedos.
A III - II - I.
B I - II - III.
C II - I - III

As regiões responsáveis por codificar ou regular o DNA são conservadas entre as espécies, permitindo driblar um dos grandes desafios do Projeto Genoma Humano, ou seja, a interpretação dos dados, já que grande parte dessa informação era não codificadora. Sobre as sequências codificadoras e reguladoras de DNA, avalie as asserções a seguir e a relação proposta entre elas: I- A comparação entre espécies que são evolutivamente relacionadas, não possibilita o conhecimento de sequências codificadoras do genoma humano. PORQUE II- Assim pode-se identificar as regiões não codificadoras entre as duas espécies, representando que essas regiões estiveram menos propícias a mutações ao longo do processo evolutivo. Assinale a alternativa CORRETA:
I- A comparação entre espécies que são evolutivamente relacionadas, não possibilita o conhecimento de sequências codificadoras do genoma humano.
II- Assim pode-se identificar as regiões não codificadoras entre as duas espécies, representando que essas regiões estiveram menos propícias a mutações ao longo do processo evolutivo.
A As asserções I e II são proposições falsas.
B A asserção I é uma proposição verdadeira, e a II é uma proposição falsa.
C As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I.
D As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.

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