Para responder à sua pergunta, precisamos analisar as alternativas e identificar qual delas é a incorreta em relação à escola como um espaço de contradições na Educação Escolar Indígena. A descrição menciona que a escola pode promover tanto a autonomia quanto a domesticação de conhecimentos tradicionais, o que implica que existem aspectos positivos e negativos na função da escola. Vamos analisar a alternativa apresentada: "A escola diferenciada, assim como as escolas regulares, são espaços de aprendizado capazes tanto de promover o empoderamento quanto o condicionamento do pensamento, pois foram pensadas como instituições disciplinadoras." Essa afirmação parece correta, pois reconhece que tanto as escolas diferenciadas quanto as regulares podem ter um papel ambíguo, promovendo tanto o empoderamento quanto o condicionamento. Entretanto, como a pergunta pede para assinalar a alternativa incorreta, precisamos de mais opções para fazer uma análise completa. Como você não forneceu as demais alternativas, não posso identificar qual é a incorreta. Portanto, você precisa criar uma nova pergunta com todas as alternativas para que eu possa ajudar de forma mais precisa.