As desvantagens da mecânica molecular (MM) incluem: 1. Aproximações simplificadas: A MM utiliza aproximações que podem não capturar todos os efeitos eletrônicos e interações intermoleculares de forma precisa. 2. Limitações em sistemas complexos: Em sistemas biológicos complexos, como proteínas e ácidos nucleicos, a MM pode não ser suficiente para descrever adequadamente as interações. 3. Dependência de parâmetros: A precisão da MM depende da qualidade dos parâmetros utilizados, que podem variar entre diferentes sistemas e não serem sempre bem definidos. 4. Dificuldade em descrever estados excitados: A MM é menos eficaz na descrição de estados excitados e reações químicas que envolvem mudanças significativas na estrutura eletrônica. 5. Não considera efeitos quânticos: A MM não leva em conta os efeitos quânticos que podem ser importantes em escalas atômicas, limitando sua aplicabilidade em certos contextos. Essas desvantagens devem ser consideradas ao escolher métodos de modelagem para investigações em química farmacêutica.