Vamos analisar as alternativas uma a uma: A) Porque a análise de microrganismos substitui a análise química do solo. - Essa afirmação não é correta, pois a análise de microrganismos complementa a análise química, mas não a substitui. B) Porque os microrganismos são essenciais para a ciclagem de nutrientes e para o crescimento das plantas. - Esta alternativa está correta, pois os microrganismos desempenham um papel fundamental na fertilidade do solo e na saúde das plantas. C) Porque os microrganismos compactam o solo, melhorando sua estrutura física. - Essa afirmação é incorreta, já que os microrganismos não compactam o solo; na verdade, eles ajudam a melhorar a estrutura do solo de outras maneiras. D) Porque a presença de microrganismos indica, invariavelmente, contaminação do solo. - Essa afirmação também é falsa, pois a presença de microrganismos não indica necessariamente contaminação; muitos microrganismos são benéficos. Portanto, a alternativa correta é: B) Porque os microrganismos são essenciais para a ciclagem de nutrientes e para o crescimento das plantas.