Vamos analisar cada afirmativa: I. A empresa pode utilizar a invenção de João, desde que pague uma taxa de licenciamento, dispensando acordos. Falso. Para utilizar a invenção, a empresa deve firmar um acordo de licenciamento com João, não apenas pagar uma taxa. A formalização do acordo é necessária. II. O direito de uso da invenção de João deve ser transferido para a empresa, pois a invenção foi divulgada publicamente antes de ser registrada. Falso. A divulgação pública antes do registro pode prejudicar a possibilidade de patentear a invenção, mas não transfere automaticamente o direito de uso para a empresa. III. O pedido de patente concede a João o direito exclusivo sobre a invenção por um tempo determinado, permitindo que o direito de uso possa ser licenciado. Verdadeiro. Essa afirmativa está correta, pois a patente garante a João o direito exclusivo de exploração da invenção por um período determinado, e ele pode licenciar esse direito. IV. João pode buscar judicialmente a interrupção da comercialização do produto similar, além de exigir uma indenização pelos prejuízos causados pela infração da patente. Verdadeiro. Essa afirmativa também está correta, pois João tem o direito de proteger sua invenção e pode buscar reparação judicial em caso de infração. Com base nas análises, as afirmativas verdadeiras são III e IV. Portanto, a alternativa correta é: E) III e IV, apenas.