O principal antígeno reconhecido pelo sistema imune do receptor em transplantes, que pode causar a rejeição do enxerto, são os antígenos do complexo principal de histocompatibilidade (MHC), também conhecidos como antígenos HLA (Human Leukocyte Antigens) em humanos. A incompatibilidade desses antígenos entre doador e receptor é um dos principais fatores que levam à rejeição do transplante.