Em testes de paternidade, os marcadores genéticos mais comumente utilizados são os STRs (Short Tandem Repeats), que são sequências curtas de DNA que se repetem. Esses marcadores são altamente polimórficos, o que significa que variam muito entre indivíduos, tornando-os úteis para a comparação de perfis genéticos. Além dos STRs, também podem ser utilizados SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), que são variações em um único nucleotídeo no DNA. A análise desses marcadores permite confirmar ou excluir a paternidade com alta precisão.