Na seleção negativa, os timócitos que reconhecem fortemente os antígenos próprios apresentados pelas células epiteliais do timo, através das moléculas do MHC, são induzidos a morrer por apoptose. Esse processo é crucial para a tolerância central, pois elimina os linfócitos T que poderiam causar autoimunidade, garantindo que os linfócitos T maduros que saem do timo sejam menos propensos a atacar os tecidos do próprio organismo. Assim, a seleção negativa ajuda a manter a homeostase imunológica e a prevenir reações autoimunes.