O método mais comum para amostragem de macrófitas aquáticas em ecossistemas aquáticos dulcícolas é a utilização de quadrantes ou transectos. Esse método permite a coleta de dados sobre a diversidade e a abundância das macrófitas em diferentes áreas do ambiente aquático, facilitando a análise da composição das espécies e a avaliação da saúde do ecossistema.