O alinhamento local de sequências é uma técnica utilizada para identificar regiões de similaridade entre sequências biológicas que podem não ser globalmente semelhantes. Ao contrário do alinhamento global, que tenta alinhar toda a extensão das sequências, o alinhamento local foca em encontrar os melhores segmentos que apresentam maior similaridade. Essa abordagem é especialmente útil para comparar sequências que podem ter partes conservadas e outras que são muito diferentes, permitindo a identificação de domínios funcionais ou motivos conservados em proteínas, por exemplo.