A colonização bacteriana inicial é caracterizada por espécies tardias como Treponema denticola e Tannerella forsythia. A microbiota de sítios periodontais saudáveis é dominada por cocos e bacilos gram-positivos facultativos, enquanto a periodontite está associada a bacilos gram-negativos anaeróbios. A microbiota não desempenha papel determinante no desenvolvimento da periodontite, sendo considerada apenas consequência da inflamação gengival. As bactérias predominantemente associadas à saúde periodontal são gram-negativas anaeróbias estritas, como Porphyromonas gingivalis. As bactérias do chamado "complexo vermelho" (como P. gingivalis, T. forsythia e T. denticola) estão principalmente associadas à gengivite reversível.