Vamos analisar as alternativas para identificar a única desvantagem do uso de camadas no desenvolvimento de software: A) Torna o código mais organizado e legível. — Isso é uma vantagem, não desvantagem. B) Permite o desenvolvimento, o teste e a manutenção de cada camada isoladamente. — Também é uma vantagem. C) Permite melhor reuso do código ou dos objetos. — Vantagem. D) Permite substituir uma tecnologia que implemente uma camada de forma simples. — Vantagem. E) Aumenta o número de classes do sistema. — Isso pode ser considerado uma desvantagem, pois aumenta a complexidade e o tamanho do sistema. Portanto, a alternativa correta é: E) Aumenta o número de classes do sistema.