Constada a nulidade da cláusula do contrato de trabalho relativo à jornada, a nulidade fulmina o contrato?

Não. Neste caso irá ser utilizado o Princípio da Realidade, desta forma, atrvés do depoimento pessoal do empregado e de testemunhas ficará caracterizado como contrato realmente como, onde e em que condições o empregado esta/estava trabalhando. 

De acordo com o artigo 468 da CLT as alterações no contrato de trabalho devem ser de mútuo consentimento entre as partes, todavia, caso a alteração seja maléfica ao empregado, mesmo com o seu consentimento, está não prevalecerá. 

A parte final do artigo afirma as alterações nulas apenas afetam às clásulas que prejudiquem o empregado, não contaminando todo o contrato.