A nota promissória e o cheque admitem pacto de juros? Qual o fundamento legal?

Sim, comportam juros de 6% ao ano, conforme Leis Uniformes: Decr. 57.663/66, art. 48, nº 2 (letra de câmbio e nota promissória) e Decr. 57.595/66, art.  45, nº 2 (cheque).

Quando levamos em consideração o Decreto-Lei 22.626/33, é possível notar que o pacto de juros convencionais e compensatórios está limitado ao dobro da taxa legal. A aplicação do decreto é válida para todos os contratos, com exceção do contrato de mútuo. Fora isso, você está certo em mencionar os arts. 406 e 407do Código Civil como limitante geral, inclusive para os cheques e notas promissórias, da taxas de juros, isso porque no caso dos cheques, o art. 53, II da Lei dos Cheques (lei 7.357/1985) afirma que são aplicados os juros legais (o que se presume: os juros previstos no Código Civil), o que prevê também o art. 38, I e II da lei das notas promissórias (lei 2.044/1908)